不断增长的需求用于检测肿瘤拷贝数变化的阵列正吸引更多芯片制造商为癌症研究量身定制工具。
Ambry Genetics是最新推出基于阵列比较基因组杂交的癌症筛查服务的公司。但有竞争力的产品即将出现，Signature Genomics和Oxford Gene Technology等公司有望推出新产品。vwin德赢ac米兰合作
总部位于加州的Ambry公司上周宣布了CancerArray的可用性。由安捷伦技术公司制造，并通过Ambry的临床实验室提供服务，180,000探针阵列提供全基因组探针覆盖，平均分辨率为20千碱基，在400多个已知癌症相关基因中具有更高的密度覆盖。
该阵列部分包括来自维康信托基金会桑格研究所的癌症基因普查的内容，这是一个与癌症有因果关系的突变的基因目录。
迄今为止，Ambry已经提供了主题阵列，旨在确定遗传疾病的原因，并用于干细胞研究。虽然它为癌症研究人员提供了CGH阵列目录，但它从未提供过肿瘤学主题的产品。
直到现在。Ambry的业务发展副总裁Ardy Arianpour说，Ambry决定将业务扩展到肿瘤研究领域，因为CGH平台“越来越完善”，加上更便宜的阵列，对基于CGH的癌症研究的“需求不断增加”。
“由于我们为基因组服务运行了很多癌症(阵列CGH)，我们知道研究人员需要并有兴趣运行这些阵列，”Arianpour说BioArray新闻这个星期。“我们的许多客户都在寻找一小部分癌症基因的畸变，但由于没有其他选择，他们使用的是标准目录阵列。
他补充说:“有了聚焦阵列，我们现在可以在选定的癌症基因中检测到单外显子变异，以及整个基因组中更大的异常。”
Ambry在癌症领域的首次亮相恰逢新工具在同一市场的大量涌现，而大多数参与其中的公司都遵循了同样的路线:从提供基因结构阵列到为肿瘤研究提供芯片。
“自然发展”
Ambry的entrée紧随许多公司之后，并领先于其他专注于基于cgh的癌症检测的公司。仅在过去一年，Signature Genomics、BlueGnome和iKaryos Diagnostics等公司就推出了以肿瘤为主题的阵列，希望能从需求中分得一杯羹。
与此同时，牛津基因技术公司承诺在今年年底前vwin德赢ac米兰合作推出自己的癌症专用芯片。
斯波坎,洗。今年1月，总部位于美国的Signature Genomics在其临床实验室推出了肿瘤检测服务。在其网站上，该供应商表示，它提供高分辨率微阵列分析，旨在检测与血液系统恶性肿瘤相关的染色体异常，包括增加、损失和平衡易位。
Signature自2010年起成为珀金埃尔默的一个业务部门，依赖于罗氏nimblegen制造的OncoChip阵列，包括135,000个探针，靶向1,800个已知或潜在与癌症相关的基因。
Signature公司表示，他们的芯片可以在目标区域检测到低至10千碱基的拷贝数异常，在基因组主干中检测到低至140千碱基的拷贝数异常。
除了OncoChip之外，Signature还推出了9个拷贝号评估小组，每个小组都专注于特定的血液恶性肿瘤。它还评估了一组平衡易位-由非同源染色体之间的部分重排引起的染色体异常-在特定的癌症类型中可以看到。
迄今为止，Signature已经推出了急性髓系白血病、b细胞急性淋巴细胞白血病、慢性淋巴细胞白血病、慢性髓系白血病、t细胞急性淋巴细胞白血病和多发性骨髓瘤的治疗小组。
Signature联合创始人、现任珀金埃尔默分子诊断业务首席科学官的丽莎·谢弗告诉记者BioArray新闻本周，Signature的癌症阵列检测菜单“与其他任何公司都大不相同”，并且“受到肿瘤学界的好评”。她没有详细说明。
谢弗说，尽管Signature之前的产品单包括血液系统恶性肿瘤的检测，但最近推出了多发性骨髓瘤的检测小组，这“引起了很多人的兴奋”。她补充说，这种疾病“尤其难以用传统的[细胞遗传学]方法诊断，因为需要检查浆细胞。”
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谢弗说:“我们的工作已经证明，对于所有的血液病，尤其是多发性骨髓瘤，这种检测方法优于传统方法。”他还补充说，Signature将在下个月在蒙特利尔举行的美国人类遗传学学会年会上提供有关该检测的更多信息。
另一家希望在以cgh为基础的癌症检测市场上开拓利基市场的公司是OGT。这家总部位于英国牛津的公司的临床和基因组解决方案副总裁詹姆斯·克拉夫告诉记者BioArray新闻本周，由于微阵列已被广泛应用于体质遗传学，“将这种强大的技术应用于……癌症是一个自然的进展。”
他说，多年来，OGT一直通过定制阵列设计服务于肿瘤市场，与癌症专家合作开发符合其规格的癌症阵列。
虽然这些阵列还没有作为目录产品推出，但“希望设计自己定制阵列的研究人员可以使用经过验证的探针，”Clough说。
现在，该公司正准备为癌症提供目录阵列。Clough说，OGT正在与一些癌症专家和组织合作开发这种芯片，这种芯片将在“2011年底”通过OGT的CytoSure Services设施提供。
虽然Signature产品的一个特点是能够检测平衡易位，但Clough说，OGT的与众不同之处在于它可以在其CGH阵列中包含SNP内容，这使用户能够检测杂合度缺失的区域。
Clough说:“LOH在癌症中特别常见，它的检测可以进一步阐明癌症进展的机制。”OGT的癌症阵列目前正在接受早期客户的测试。他说，来自OGT客户的反馈也使公司的CytoSure口译软件得到了改进。
共识的设计
对这种工具市场产生影响的一个组织是细胞基因组癌症微阵列联盟，由一群临床细胞遗传学家、分子病理学家和分子遗传学家于2009年组成，他们对将微阵列技术应用于癌症诊断和癌症研究感兴趣。
CCMC已经制定了癌症微阵列设计标准，促使至少两家公司基于其目前的癌症主题阵列共识设计开发新产品(禁止11/30/2010)．
第一个是总部位于英国剑桥的BlueGnome，该公司于2010年12月推出了CytoChip Cancer。为此，该公司将CCMC的设计与自己的数据库和分析软件(禁止12/21/2010)．
BlueGnome自2008年推出CytoChip Focus血液学面板以来，已经进入市场，该面板可以筛查与已知血液系统恶性肿瘤相关的50多个基因组区域。禁止9/2/2008)．这两款芯片都是安捷伦制造的。
第二个是CombiMatrix，该公司在今年早些时候推出了基于CCMC设计的DNAarray Oligo 180K血红素轮廓阵列。与Ambry、OGT和BlueGnome的芯片一样，CombiMatrix的阵列由安捷伦(Agilent)制造。
和BlueGnome一样，CombiMatrix也很早就推出了肿瘤学产品目录。2007年，该公司推出了HemeScan测试。该公司还提供用于乳腺癌患者HER2分析的HERScan测试，以及基于阵列的前列腺切除术后前列腺癌分层分析(禁止4/12/2011)．
另一家在市场上提供癌症检测服务多年的公司是内布拉斯加州奥马哈市的iKaryos Diagnostics。这项服务于2009年推出，称为虚拟核型，使用Affymetrix snp -基因分型阵列为肿瘤学家和病理学家提供拷贝数和LOH信息，以帮助指导患者治疗(禁止11/17/2009)．
Arianpour将Ambry的产品与市场上的其他阵列进行了比较，他说该公司的CancerArray与CombiMatrix的芯片“相似”，因为它是在安捷伦的180K平台上制造的目标阵列。
不过，他指出了Ambry的产品与目前其他产品的不同之处。例如，他说，CombiMatrix的HemeProfile阵列“似乎更针对特定的癌症类型”，而Signature的OncoChip“在NimbleGen 135K平台上，在目标区域的分辨率只有10 kb，这意味着它很难检测到像橱柜CancerArray这样的单外显子事件。”
关于SNP阵列，Arianpour认为，虽然这样的平台“有利于检测LOH，但你的分辨率通常是有限的，因为你只能在SNP所在的地方放置探针，因此这些阵列通常不是靶向的，而是平铺阵列。”
虽然Ambry表示，它预计CancerArray的需求将会增加，但它对提供其他肿瘤主题阵列持开放态度，以保持竞争力。阿里安普尔说:“我们一直在研发新产品，并有一些计划来帮助肿瘤市场。”“拭目以待吧。”
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