签名基因组实验室，a华盛顿州斯波坎市这家总部位于美国的服务公司专门使用阵列比较基因组杂交技术来诊断基因异常。该公司本月将重新调整其产品，推出两款诊断芯片和一项服务，希望能吸引那些因外包检测而望而却步的细胞遗传学实验室。
Signature的总裁、联合创始人兼首席执行官丽莎·谢弗说BioArray新闻该公司计划在下个月发布两个下一代阵列，取代其SignatureChip平台:一个与SignatureChip一样，将基于细菌人工染色体;另一种是由安捷伦技术公司制造的寡核苷酸阵列，将标志着该公司的第一个寡核苷酸产品。
用于cgh诊断的低聚芯片的开发代表了Signature公司战略的转变，该公司此前认为低聚芯片的噪声太大，不适合用于常规临床诊断。谢弗表示，这一决定是基于Signature公司对其内部设计的阵列的信心，该公司认为对一些客户来说，这可能比其他供应商的寡核苷酸阵列更有用。此外，她说，此举是对竞争日益激烈的市场压力的回应。
“我们的客户想要更高的分辨率。他们从竞争对手那里听说了oligo芯片，他们认为它们更好，在某些情况下，它们更好，这取决于他们在寻找什么，”谢弗说BioArray新闻上周。“这就是为什么我认为……提供这种选择将给我们带来真正的优势。”
Signature的两款新芯片被称为SignatureChip Whole Genome，由BACs组成，以及SignatureChip Oligo Solution，本质上是用寡核苷酸制造的SignatureChip WG。根据Signature提供的营销材料，该公司认为每种产品对于特定客户都有各自的优点和缺点。
SignatureChip WG包含超过4700个BAC克隆，覆盖150多个染色体综合征和克隆的contigs在每个波段在850波段分辨率。它不太可能检测到临床意义不明确的变化，Signature认为这一特性将有助于为客户做出更高的诊断，但可能会使其姐妹阵列对某些病例更具吸引力。
另一方面，SignatureChip OS每个阵列包含105,000个特征，每个临床目标平均有50个oligos，与SignatureChip WG相同的综合征覆盖范围。数组也有每35kb就有一个寡核苷酸的主干。据该公司称，它的优势在于能够检测出BACs无法检测到的基因改变。然而，一个潜在的缺点是，它可能不可能用荧光来证实这一发现原位混合动力车，该公司表示。
Shaffer表示，该公司将于11月1日推出SignatureChip WG，而Signature OS目前正在进行验证，预计将在一个月后推出。Signature将继续提供Signature MarkerChip，它可以分析染色体周围区域，以识别染色体起源，并进一步描述标记染色体不平衡的程度，以及专门为产前诊断设计的PrenatalChip，没有任何变化。
通过SignatureChip WG，“我们瞄准了我们认为对(人类)发展至关重要的所有途径，”谢弗说。“最终我们创造了4700多个克隆版本。我们对每一个克隆都进行了fish验证，”这是“值得付出的努力，因为这对我们的客户来说是一个巨大的资源。”
对于SignatureChip操作系统，公司使用了WG作为模板，Shaffer说。她补充说:“我们能够介绍这种芯片的原因是WG的构建正确，其次，现在我们有了对应于我们FISH库中所有位点的FISH探针，这有助于确认诊断。”
Oligos vs. BACs Redux
Signature提供基于寡核苷酸芯片的举动呼应了贝勒医学院医学遗传学实验室在4月份做出的类似决定，该实验室提供安捷伦制造的寡核苷酸阵列，用于产前以外的所有诊断(见禁止4/3/2007）.
市场上的其他公司，如BlueGnome、Empire Genomics和CombiMatrix Molecular Diagnostics，仍在继续销售BAC阵列。今年9月，Blue Gnome的工程副总裁Graham Snudden表示，从技术上讲，Blue Gnome可以提供基于寡核苷酸的CytoChip版本，但BAC平台是“最能为患者群体服务的”禁止9/11/2007）.
其他进入市场的人不同意这种说法。例如，牛津基因科技公司的研发总监约翰·安森说vwin德赢ac米兰合作BioArray新闻在6月的报告中指出，“寡核苷酸提供了更大的探针密度和更大的数据安全性和置信度”，并且更适合常规诊断使用所必需的大规模制造(见禁止6/26/2007）.
不过，对于Signature来说，解决BACs与oligos之争的办法就是两者兼而有之。她说:“我们坚定地相信基于bac的芯片，我们感受到来自市场的巨大压力，要求我们推出寡核苷酸芯片。”
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“我们坚信基于bac的芯片，我们感受到来自市场的巨大压力，要求我们推出寡核苷酸芯片。” |
“我们是目前唯一提供选择的实验室。OS的主要优势是你可以检测到非常小的变化，比如基因的大小，”她说。“有些删除非常小;如果仅仅删除一个基因，你就有可能失去它们。操作系统会检测到。根据症状，您可能希望被识别为操作系统。”
至于制造问题，Shaffer表示，Signature通过安捷伦制造低分子芯片的成本高于自己制造BAC阵列。尽管如此，公司决定保持WG和OS服务的成本不变，在1650美元，因为它不想“让成本驱动决策”。如果有人需要寡头集团，那么我不希望资金成为他们的障碍。”谢弗说。
Genoglyphix
Signature还推出了另一项新产品，以保持其在cgh测试服务市场的地位。这项服务被称为Genoglyphix，允许细胞遗传学家分析和解释使用Signature的阵列技术生成的检测结果。vwin德赢ac米兰合作
在Genoglyphix下，客户可以选择两种服务计划:一种是纯技术服务，他们可以在线查看检测结果，并签出在Signature实验室处理的案例;或者他们可以购买Signature公司的SignatureSelect研究专用微阵列供内部使用。这两个计划都允许用户使用Signature的内部软件来可视化测试结果，浏览基因组数据库，并订购用于FISH测试的BAC克隆。
该公司希望SignatureSelect阵列能引起拥有自己细胞遗传学实验室的机构的兴趣。谢弗说:“他们更愿意自己做分析，而不是把样本送到参考实验室。”
谢弗说:“这些实验室的问题实际上是报销问题。“他们想自己做测试，这样就可以控制成本水平。”
“仅限技术”服务类似于CMDX的“仅限技术”服务。在CMDX的案例中，该公司从客户那里接收样本，进行测试，并为临床医生提供数据以供他们自己解释。根据Shaffer的说法，自3月份以来，Genoglyphix已经提供了“技术性的”，而SignatureSelect系列则在今年秋季发布。
过去，Signature在向其他实验室出售芯片时似乎有些犹豫，因为担心最终用户会出现错误。2005年10月，谢弗告诉记者BioArray新闻他说:“我不想遇到客户说‘你的芯片坏了’，然后不得不告诉他们‘好吧，它可以工作;你只是做得不对。”我可不想在全国排查300个实验室的故障。”(见禁止11/2/2005）.
谢弗上周解释说，Signature现在已经改变了立场，以满足客户的要求。她说:“我们意识到，我们的一些客户会离开我们，因为一些机构说，他们想把(检测)带入自己的细胞实验室，而我们希望让他们留在Signature家族。”“所以，是的，我们已经改变了态度。”
指数曲线
但是，是什么样的市场力量迫使Signature公司推出这样的芯片和服务呢?谢弗指出，公司成立四年来，从3名员工发展到52名员工，处理了1.4万件案件。然而，在这种增长之外，提供类似服务的实验室数量也在同步增加。
她说:“我们是第一个进入这一领域的公司，现在正面临竞争。”“现在有许多实验室、大学和公司也提供检测，”她补充说。“我们一直在这个指数曲线上，但最近因为竞争而变得平缓了一些。我可以想象，阵列CGH在全国范围内的采用是一个指数曲线，”谢弗说。
“在这一领域，不仅遗传学家，而且神经学家和儿科医生等其他从业者都广泛接受。所有医学学科通常都会将样本送去进行核型分析，现在都对这项技术感到满意。”vwin德赢ac米兰合作
她说:“我们也发表了很多文章，可能医学文献是临床医生最好的参考点。”“我认为这是因为口口相传和文学作品，人们才开始意识到这项技术。”vwin德赢ac米兰合作