纽约——一名分子细胞生物学家和一名计算生物学家合力提出了一种在实验室中追踪细胞系的新方法，希望提高研究的可重复性。
通过一种新的软件工具，Find Genomics的联合创始人索菲·扎伊杰(Sophie Zaaijer)和泰勒·约瑟夫(Tyler Joseph)的目标是让研究人员改善他们的实验室工作流程，更容易地跟踪他们的细胞系，包括细胞中发生的基因变化。
对研究结果可重复性的担忧，特别是在临床前领域，已经存在多年。这些担忧不仅引发了复制关键论文发现的努力，而且还引起了人们对协议和可能影响研究结果的微生物菌株之间的细微差异的注意。
细胞系一直是一个特别令人担忧的来源，因为18%到36%的普通细胞系被怀疑被错误标记或污染。此外，新的细胞谱系可能由于实验室中的选择而形成——无论是有意识的还是无意识的——以及通过基因修饰，如CRISPR。
这家位于纽约的初创公司的首席执行官Zaaijer表示，通过更好地跟踪细胞系和限制对协议的轻微偏离，这些问题可以部分避免。
她说:“我们想要解决的一个问题是，没有一种很好的方法来真正记录、监测和降低实验的风险。”“这是我们看到的一个机会，可以真正帮助生物医学发展得更快，这也是为什么我们的使命变成了通过基于可复制细胞的科学来加速生物医学。”
在一个最近的文章自然生物技术vwin德赢ac米兰合作Zaaijer、纽约大学的Simon Groen以及纽约大学和纽约基因组中心的Neville Sanjana指出，实验室中细胞系之间的谱系形成是不可避免的。许多问题可以追溯到常见的实验室实践，例如细胞系本身的建立，因为细胞必须适应二维环境，以及传代协议和冻融频率。
“你无法阻止进化。但你可以跟踪它，并了解何时发生错误或更改。”Zaaijer补充道。
上个月推出的Find Cell工具就是为了做到这一点。这是一个安全的、基于云计算的软件程序，研究人员可以使用图形表示来跟踪他们的细胞系。起初，一个单细胞系用一个圆来表示——一个培养皿——但当研究人员注意到它们已经通过了它们的细胞系时，两个圆就出现了，这些圆最终形成了类似于细胞系系谱树的东西。下一代细胞系的测序数据也可以用于确认细胞系的身份和稳定性。
Zaaijer说，研究人员可以在自己的实验室和其他地方与合作者进一步分享这种细胞系信息。
桑迪·沃格特(Sandy Vogt)是纽约大学的博士生，也是“找到细胞”的beta测试员，她使用这个程序来跟踪她正在研究的胰腺癌和成纤维细胞系及其相关协议。她说，该工具可以帮助研究人员更容易地注意到他们何时解冻新细胞系或何时传代它们，从而提高研究的可重复性。
沃格特说:“特别是对于癌细胞，如果你让它们在培养液中培养太久，它们可能会获得新的突变或以一种不受欢迎的方式发生基因转移，这可能会影响你的实验结果。”
通过密切跟踪细胞系，何时冻结，何时测试支原体如果污染被排除，研究人员也许能在出现问题时挽救更多的工作。扎伊杰说:“也许错误发生在上周，那么你基本上只能追溯到一周前，而不必追溯到五年前，因为你没有任何来源信息。”
她补充说，这不仅节省了时间，而且还节省了工资和试剂成本。
目前，学术实验室可以使用Find Cell免费管理他们的细胞系。Zaaijer指出，该公司正在向学术研究人员提供该工具，因为他们帮助公司建立和测试它，而且他们的目标之一是支持学术生物医学研究。然而，制药公司需要订阅，根据公司的规模价格不同。
Find Genomics位于纽约市罗斯福岛的康奈尔理工学院，目前已经获得了天使投资者的资金，由Zaaijer、Joseph和帮助开发和运营的兼职承包商组成。
Zaaijer补充说，公司正在根据用户的反馈继续优化它的工具，虽然它专注于Find Cell，但计划开发其他工具，因为它的目标是成为所有与细胞系相关的工具的来源。