哈佛大学的衍生公司Vizgen本周公布了其Merscope平台，这是三家利用虚拟基因组生物学与技术进展会议作为空间基因表达分析平台的初创公司之一。vwin德赢ac米兰合作
Rebus Biosystems是一家商业化专业光学技术公司的最新化身，它推出了Esper平台，而新来者Veranome Biosystems则浮出水面描述其双鱼座平台。vwin德赢ac米兰合作这三个平台都采用了多路版本的单分子荧光原位杂交一直是高灵敏度基因表达检测的标准。Vizgen和Rebus在提供给他们的会议赞助者的会议上宣传了他们的平台，而新加坡科学、技术和研究机构(A*STAR)基因组研究所的Jinyue Liu在周三的演讲中分享了Veranome平台上从人类大脑器官中生成的数据。vwin德赢ac米兰合作
周三，Vizgen首席执行官Terry Lo向与会者展示了他的电吉他系列和Merscope平台，这些产品将在今年夏天限量上市。该平台建立在哈佛大学研究员庄晓伟(音译)开发的多路错误鲁棒鱼(MERFISH)基础上，每次提供数十万个细胞中数百个基因的基因表达分析，他说，所有的都是亚细胞分辨率。
Lo在AGBT之前的一次采访中表示:“当我们观察市场时，客户似乎最感兴趣的是能够根据他们的假设锁定一定数量的目标。”“你想要高分辨率、高多路复用、高灵敏度……这是第一次出现一个平台，能够满足所有这些需求。”
Rebus公司高级产品经理Brett Cook在介绍中表示，该公司的Esper平台利用公司的RNA分析高保真分析技术，可以同时自动检测多达30个定制基因。他展示了一项对老鼠大脑的研究数据，表明只需要17个细胞类型标记基因就可以识别所有主要的细胞类型。该公司没有透露定价。
Veranome是a *STAR的衍生产品，该公司的应用主管克里斯·斯特里克(Chris Streck)说，Veranome可以同时检测双鱼座的数百个基因。他说:“我们知道我们的目标可以更高，但在现阶段，这是我们的重点。”Veranome已经提供了两年的服务，直到本周结束隐身，并向研究人员提供了几台早期访问仪器，但斯特莱克没有透露具体地点。
“这是一项突破性的技术，”贝勒医学院(Baylovwin德赢ac米兰合作r College of Medicine)的研究员陈睿(音)说，他也是Vizgen早期访问项目的客户。“一旦你完成了单细胞RNA-seq，下一步做(空间基因表达)是很自然的一步。”他的实验室是空间分析的新手，他选择从Vizgen那里购买一个测试版仪器，因为他想尽快试用它。
他说:“你要么搁置你的实验，等待更大、更好、更便宜的产品出现，要么就直接投入进去。”“当然有障碍和挑战，但我对这项技术非常兴奋。”vwin德赢ac米兰合作
这些发射表明了对空间基因组学的兴趣去年建成的随着研究人员获得更多生成数据的方法，尤其是更高分辨率的数据，这种情况只会加剧。
除了单细胞RNA-seq，高度复用的方法，如10x Genomics的Visium和NanoString的GeoMx数字空间分析器，使研究人员能够对样本中的基因表达模式有更广泛的了解。但单细胞分类的动力促使该领域寻求更高分辨率的方法。
基于fish的方法已经成为衡量其他基因表达灵敏度的金标准，一些技术提供的分辨率接近光学显微镜的物理极限。BioTechne公司的ACD RNAScope可以一次检测多达12个基因，已经使用多年，需求激增。
因此,尽管NanoString而且10倍已经宣布计划提供具有单细胞或亚细胞分辨率的新平台，那么基于smfish的技术首先出现就不足为奇了。
Vizgen于2019年成立，目的是将MERFISH商业化，目前已经在A轮融资中筹集了1400万美元，员工数量已超过20人，并计划筹集更多资金，到今年年底扩大到约60人。
罗拒绝透露Vizgen的收入，但他表示，该公司已与三家最大的制药公司启动了多个项目，但他拒绝透露是哪些公司。
Vizgen的Merscope在MERFISH的基础上进行了一些改进，包括一个更大的摄像头，将分析区域增加到1厘米2-从而提高吞吐量-和化学更新，以减少背景自发荧光，提高试剂的稳定性，并使其适用于更广泛的样品类型。
“我们可以研究任何类型的样本，几乎任何类型的老鼠和人类组织，”Lo说。唯一的限制来自于RNA本身。“降解的RNA是有问题的。这取决于样本本身的RNA质量。”
Vizgen在去年夏天启动了早期使用项目，但贝勒大学的研究员陈说，他的仪器只使用了大约六个星期。到目前为止，他的实验室只能在小鼠大脑中进行验证实验，针对不到200个基因，但“结果相当不错，”他说。“我们对这台机器的性能非常有信心。”他希望很快就能得到眼组织细胞类型的空间地图。
除了分辨率，陈对Merscope的细胞吞吐量感到兴奋，他说，这使得它比基于液滴的测序更能负担得起单细胞分析的入口。“每个细胞的成本要低得多，可能是十倍甚至更多，”他说，主要是因为它不会增加下一代测序的成本。
陈说他花了17万美元买了这个仪器，这是一个alpha版本，不会像商业发射时的那个。Vizgen尚未确定最终价格，但罗说，安装Merscope的成本将低于30万美元，包括任何必要的计算基础设施。他说:“这不仅仅是一个核心实验室平台，它的价格在研究实验室的其他资本设备的价格范围内。”他指出，每个样本的定价取决于面板的大小，但定价将类似于单细胞测序运行。
雷布斯，刚从2000万美元B轮融资在2020年11月，可能终于找到了其光学技术的杀手级应用。vwin德赢ac米兰合作这家公司的前身是光速基因组学此前，该公司曾试图解决下一代测序问题。
通过使用激光和算法，该公司能够创建具有宽视野的高分辨率图像，视野可达4厘米2库克在AGBT的演讲中说，这使它能够在两天内一次分析数十万个细胞。
在AGBT的一篇海报中，来自雷布斯和加州大学旧金山分校的研究人员指出:“根据mRNA外显子的长度，每个mRNA靶合成了33到96个主探针与每个靶转录本杂交。”二次荧光读出探针可以结合每个主探针，并用于揭示基因的位置。
斯特莱克说，Veranome利用半导体行业的专业知识快速拍摄高分辨率图像。双鱼座平台包括定制面板和一套软件，使研究人员能够根据RNA数据确定细胞类型，然后将细胞群和组织结构重现到图像上。斯特莱克说，它已被证明对小鼠和人类组织、类器官、球状体和一些已建立和原代细胞系的细胞培养有效。
刘在演讲中说，她能够在15毫米大的区域内分析557个基因2其中包含超过110万个细胞。斯特莱克指出，Veranome还没有决定将其最大分析面积扩大到多大。
Streck拒绝透露每个样本的成本，这取决于项目的不同，但他说公司的目标是提供比单细胞测序更低的每个样本成本。
这三个平台都将用于多组学分析，Veranome的平台已经能够分析蛋白质。
“使用MERFISH的一大优势是，我们可以使用细胞类型的锚基因将其他多组学数据集投射到空间转录组图上(例如，RNA和ATAC数据)，”华盛顿大学圣路易斯分校的研究员Benjamin Humphreys说，他也是Vizgen实验室服务业务的客户。
库克说，雷布斯将在第二季度的高保真度检测中加入蛋白质免疫荧光检测，并将在今年晚些时候发布一种试剂盒，用于处理福尔马林固定的石蜡包埋样品。他说，明年DNA将加入RNA的行列，成为分析物。在未来，雷布斯希望能够同时检测出数十种蛋白质和数千种基因。
对于Vizgen来说，更高的多路复用是当务之急。“在发布时，我们将在500个基因的范围内感到舒适，”罗说，在某些面板中有多达1000个基因，但他想进一步。他补充说，提高样本吞吐量对于打开临床或转化研究市场非常重要。目前，用这种仪器成像500个基因面板需要一天多一点的时间。Lo指出:“临床研究是否需要同样数量的基因靶点、成像面积和高分辨率，仍需由市场和研究界来确定。”
当然，还有Merscope的产品发布会要准备。罗说:“我们正在扩建和扩大设施，以满足商业发布的能力。”