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加州大学圣克鲁斯基因组研究所,亚马逊网络服务合作伙伴加速数据分析

纽约——加州大学圣克鲁斯基因组学研究所周一表示,它正在与亚马逊网络服务合作整合Dockstore平台与新的亚马逊基因组学命令行接口。

UCSC基因组学研究所与安大略癌症研究所合作,领导开发Dockstore,这是一个开放平台,允许生物信息学研究人员共享基于docker的基因组学工作流程。它是由美国国立卫生研究院资助的,因此它必须遵循可查找、可访问、可互操作和可重用的FAIR原则。

根据该大学的说法,Dockstore与基因组学和生命科学组织的新的开源Amazon Genomics CLI的集成将允许在AWS云上快速部署Dockstore工作流。Amazon Genomics CLI也支持克伦威尔、miniWDL、Nextflow和SnakeMake工作流。

亚马逊网络服务的机器学习主管Taha Kass-Hout在一份声明中说:“我们与UCSC的新合作允许通过Dockstore存储库快速利用现有的生物信息学工作流,并将进一步增加计算生物学家在使用AWS经过验证的全球基础设施的同时快速增加新的研究方向的机会。”

UCSC基因组研究所在AWS云上运行其大部分工作流程

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