纽约(GenomeWeb)——一组研究人员开发了一种基于阵列的分类器，他们说这种分类器可以用来预测化疗对食管癌患者是否有效。
该测试依赖于Almac诊断公司为乳腺癌患者分层开发的一个特征，但正如研究人员所示，该特征也可以用于其他癌症。
由贝尔法斯特女王大学的科学家领导的研究小组决定在食管癌患者中测试这种分类器的使用，这种分类器被称为DNA损伤免疫反应(DDIR)签名。该杂志的一篇论文介绍了这项研究肠道上个月。
英国、爱尔兰和荷兰是欧洲食管癌发病率最高的国家。根据英国癌症研究中心的数据，2015年英国报告了大约9200例这种疾病。它占英国每年癌症病例的3%。
大多数食管癌患者接受常规治疗，即化疗缩小肿瘤，然后进行手术切除。但有些患者对化疗完全无反应，无需化疗治疗。
“在食管癌中，我们一直知道有一部分患者对化疗反应特别好，化疗完全缓解，还有一部分患者对化疗反应很少，”该论文的通讯作者、QUB临床高级讲师理查德·特克灵顿(Richard Turkington)说。
“这种测试的有用之处在于试图预测那些对化疗中DNA损伤有反应的患者。对于那些不打算回应的人，我们可以为他们提供另一种选择。”
虽然Almac的DDIR测试是最初是为乳腺癌开发的这是2014年的一篇报道JNCI纸这项44个基因的检测方法包括一些众所周知的免疫靶点和一些与炎症相关的细胞因子，这使得它适用于评估其他癌症对dna损伤化疗的病理反应。
正如论文中强调的那样，作者认为，一种可以预测对治疗的病理反应并提高生存率的检测方法，可以用来选择对dna损伤化疗最有益的患者。
“这似乎是不同癌症的共同核心生物学，”Turkington说。
Turkington及其同事与总部位于英国的Almac公司Craigavon合作进行了随后的研究，该研究还涉及通过食管癌临床和分子分层(OCCAMS)联盟获取样本和临床数据，这是一个由剑桥大学研究人员领导的cruk资助的项目。图灵顿将他的工作描述为OCCAMS的“衍生研究”。
研究人员使用Almac公司的Xcel阵列对273例固定了福尔马林的石蜡包埋的食管癌活组织切片进行了分析，该芯片是该公司针对固定了福尔马林的石蜡包埋样本进行了优化。Affymetrix现在是赛默飞世尔科技公司(Thermo Fisher Scientific)的一部分，生产这种阵列。所有样本都来自于OCCAMS联盟的四个中心在2003年至2014年期间接受过铂基新辅助治疗的患者。
在调查的273个样本中，66个(24%)为DDIR阳性。其余为DDIR阴性。DDIR阳性与较高的病理应答率以及CD8+淋巴细胞和PD-L1表达增加相关，这两者都是免疫应答的信号。基于这些发现，作者确定DDIR测定对损伤dna的新辅助化疗伴手术切除的获益具有“强预测性”。
“从本质上讲，这项测试可以提前确定谁在化疗中表现最好，”图灵顿说。
Turkington团队的下一步是在临床试验队列中验证该检测方法。他说:“这是一项非选择性的回顾性研究。”“我们希望在回顾性试验数据集中验证我们的发现，我们正在讨论如何将这种方法应用于前瞻性临床试验，并用于对患者进行分层。”图尔金顿表示，他的团队正在与多个潜在合作伙伴进行讨论，他没有透露是谁。
他说:“还有很多工作要做，但我们希望它能进入常规临床实践。”
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虽然目前研究中的数据是使用微阵列生成的，但Turkington指出，Almac已经开发了下一代基于测序的分析方法来分析FFPE样品中的DDIR特征。
Almac生物标志物开发全球副总裁Richard Kennedy证实，该公司最近已将该签名迁移到RNA外显子组测序平台，部分原因是RNA测序作为生物标志物发现和开发工具的“吸收增加”。
＂DDIR签名在微阵列发现平台和RNA外显子组传递平台之间高度一致，”Kennedy说。他说:“DDIR在RNA外显子组上的分析验证正在进行中，这被证明是一个强大的平台，适合于交付和前瞻性临床测试。”
肯尼迪补充说，Almac计划对这种检测方法进行适当的验证，这样“就可以被制药公司用于临床试验，最终有可能作为一种伴随诊断进入临床。”
除了与Turkington在QUB的团队保持合作关系外，Kennedy还指出Almac正在与DDIR签名进行各种合作，包括与一些“大型全球生物制药公司”的合作。
肯尼迪说这些研究跨越一系列肿瘤疾病适应症，包括乳腺癌、卵巢癌、结肠癌和前列腺癌。他说，这些合作伙伴关系不仅有可能进一步验证DDIR特征，以预测对dna损伤化疗的反应，而且还可以预测对更有针对性的治疗方法的反应，如免疫检查点抑制剂。肯尼迪指出，这是可能的，因为“潜在的免疫生物学定义了签名。”