本文已更新，以澄清OncoPrism合并免疫细胞量化和t细胞子类型化。
纽约- Cofactor Genomics的OncoPrism平台，结合了免疫细胞量化和t细胞亚型分型，作为一种识别对免疫治疗有反应的癌症患者的方法，其PD-L1测试的表现优于PD-L1测试。
这家总部位于旧金山的公司的平台在PREDAPT试验中表明，在通过免疫组织化学识别哪些患者对免疫治疗有反应方面，该平台的准确性是PD-L1的两倍。在本月早些时候的一次科学会议上，Cofactor报告了OncoPrism与头颈癌、非小细胞肺癌和黑色素瘤患者标准PD-L1 IHC检测的试验数据。
Cofactor的首席执行官杰瑞特·格拉斯科克说:“我们一次又一次地从医生采访中听到，人们对所使用的基于ihc的PD-L1检测不太满意。”“这些医生说，他们实际上不会向患者展示PD-L1检测的结果，因为他们觉得这些结果非常不准确，没有设定现实的期望。”基于这些反馈，Cofactor知道需要更好的诊断方法来指导免疫治疗决策。
检查点抑制剂最近的试验结果和批准增加了关于PD-L1表达是一种不可靠的生物标志物来预测对这些药物的反应。例如，百时美施贵宝的免疫疗法组合Opdualag(nivolumab和relatlimab)最近在美国被批准用于所有黑色素瘤人群，但仅限于pd - l1 -低黑色素瘤人群欧洲。欧盟委员会依靠PD-L1低组关键研究中的探索性生物标志物分析来做出决定，但FDA使用了初步分析来批准更广泛的指征。
格拉科克说:“大约五年前，免疫治疗领域如火如荼，但我们看到的是，用于识别对这些治疗有反应的患者的诊断真的很落后。”“我们使用的是有100年历史的技术，为了让免疫治疗领域真vwin德赢ac米兰合作正实践精准医疗，(诊断领域)将不得不发挥追赶作用。”
为此，Cofactor在2021年启动了PREDAPT(通过分析治疗前肿瘤活检预测免疫治疗效果)试验。该研究的目标是招募1650名患有各种实体肿瘤的参与者，以评估OncoPrism与PD-L1检测的区别，尽管它最初主要关注头颈部癌症患者。
研究中的患者采用OncoPrism和PD-L1 IHC进行筛选。OncoPrism检测分析t细胞亚型，并给患者从0到100分;得分46分及以上的患者被认为是潜在的应答者。该研究还根据PD-L1表达对患者进行了分层。然后对符合条件的患者进行抗pd -1抑制剂治疗，如默克公司的Keytruda(派姆单抗)，并随访评估临床结果。
在9月份AGBT精准健康会议上提交的初始数据中，OncoPrism在预测哪些患者会有反应方面比PD-L1 IHC检测具有更高的准确性。预测对OncoPrism免疫治疗有反应的患者的中位总生存期为374天，而OncoPrism预测无反应的患者的中位总生存期为197天。相比之下，使用PD-L1试验预测有反应的患者在总生存期上没有表现出显著差异。PD-L1联合阳性评分(CPS)大于或等于20(一个更好的反应的潜在指标)的患者的中位总生存期为222天，而PD-L1 CPS小于20的患者的中位生存期为289天。
OncoPrism测试使用RNA-seq模型从肿瘤组织样本中描述了5种t细胞亚型的丰度。该方法测量了与特定t细胞亚型相关的基因表达:naïve、激活、耗尽、效应记忆和中央记忆。测量与每个t细胞亚型相关的基因表达量，并将其发展成从0到100的分数。
在之前的研究发表在自然科学报告今年1月，Cofactor研究人员验证了该测试预测多种肿瘤类型反应的能力。例如，在头颈部癌症中，他们发现免疫治疗应答者的肿瘤中效应记忆T细胞更丰富，应答者的整体T细胞浸润更高。基于这一发现，他们利用机器学习构建了一种多分析物生物标志物，可以预测免疫治疗反应的概率。然后，他们分析了来自NSCLC和黑色素瘤的样本，以开发类似的生物标记物。
Glasscock说:“我们开始走这条路，将RNA表达与肿瘤的免疫图谱联系起来。”“如果我们能更全面地报告免疫成分，更定量，我们的论点是，我们可以更好地预测潜在的应答者。”
Glasscock说，该公司希望创造一种比PD-L1检测更具特异性的检测方法来识别免疫治疗反应者。在AGBT会议上展示的数据中，OncoPrism对PD-L1 IHC检测的特异性为72%，而对PD-L1 IHC检测的特异性为59%。OncoPrism的阳性预测值为59%，PD-L1的阳性预测值为46%。
基于PREDAPT结果，OncoPrism在预测头颈癌检查点抑制剂潜在应答者方面的准确率为75%，而PD-L1 IHC的准确率为42%。它的假阳性率也比PD-L1 IHC低，分别为28%和41%。两种检测方法的假阴性率和阴性预测值相似。
PREDAPT试验预计将持续到2023年。Glasscock说，该研究目前正在20个试验点登记11种不同肿瘤类型的患者。Cofactor最初的重点是头颈部癌症，Glasscock预计该公司将在2023年将OncoPrism作为实验室开发的测试，假设数据继续显示出PD-L1测试的改进。他预计，Cofactor将研究的下一个LDT指征将是NSCLC。
除了这两种肿瘤类型，Cofactor还在PREDAPT研究中研究OncoPrism作为小细胞肺癌、尿路上皮癌、胃癌、宫颈癌、食道癌、三阴性乳腺癌、肝癌、肾癌和结直肠癌的预测免疫治疗反应试验。
他说:“我们把这些碎片放在一起，来定义有反应的患者样本队列和无反应的患者队列的免疫概况是什么样子的?”“我们希望这些分布不会重叠，存在明显的差异，这就是我们在工作中所做的。当我们说我们有75%的准确性时，这表明在我们的技术背景下，这两组人群之间存在明显的差异。”vwin德赢ac米兰合作
Glasscock说，基于OncoPrism的积极数据，该公司也开始了与在临床试验中有免疫疗法的制药商的试点研究，但拒绝透露Cofactor正在与哪些公司合作。“鉴于预测诊断在确定将受益于免疫疗法的人群子集方面的重要性日益增加，这是有意义的。由于缺少这一组成部分，许多试验都失败了，”他补充说。
随着Cofactor对OncoPrism商业化的推进，它不得不与许多医院实验室容易获得的免疫组化和相对较低的成本进行竞争。在目前的研究中，OncoPrism的周转时间约为10天，Glasscock指出，这“与Foundation Medicine、Genomic Health和Exact Sciences等其他高复杂性ldt不相上下”。相比之下，2019年的真实世界数据研究发现免疫组化检测结果平均在3天左右返回给患者。
至于成本，2016年纸发现在美国，每个样本的免疫组化检测平均成本为90美元。格拉科克承认，虽然像OncoPrism这样的RNA-seq检测更贵，但该公司正在与健康保险公司合作，以更好地了解其检测如何获得报销。
虽然该公司仍在报销细节和支撑支持医药在临床试验中,该公司将明确的肿瘤学家对其测试的需求。Glasscock说:“我们与美国各地的医生密切合作，包括与Cofactor合作的20家医院系统的医生，以及更广泛地了解他们的需求。”“我们一直听到的信息是，OncoPrism的周转时间和成本完全符合他们的患者护理标准，将使他们能够为患者做出极大改善的治疗选择。”