芝加哥-欧盟委员会标准化下一代测序工作流程的项目，希望使精准医疗成为肿瘤学护理标准，已进入第二阶段11合同总价值近480万欧元(510万美元)。项目协调员没有列出每个组件的价值。
该项目被称为个性化治疗的集成和标准化NGS工作流程(instand ngs4p)，旨在开发集成、标准化和分析癌症基因检测、药物基因组学测试和药物数据库数据的工作流程，以支持床边的临床决策支持。
奥地利格拉茨医科大学病理学教授Kurt Zatloukal说:“我们的目标是真正覆盖完整的诊断工作流程，从患者的样本收集到核酸分离，再到库制备、测序、生物信息学，然后再到为床边的决策提供适当的报告。”
instan - ngs4p是Horizon 2020资助的一个为期65个月的竞争前项目，始于2020年，由中欧七家医院组成的买家联盟参与，这些医院已经在使用NGS进行研究和诊断。该组织还包括患者倡导组织和欧洲生命科学基础设施生物信息(ELIXIR)等项目的参与者。
格拉茨医科大学是Instand-NGS4P的主要中心，Zatloukal是该项目的研究中心事实上的项目主任。该医院集团还包括意大利的佛罗伦萨大学和米兰比可卡大学;荷兰伊拉斯谟大学医学中心;德国基尔克里斯蒂安-阿尔布雷希特大学;奥地利圣安娜儿童癌症研究所;法国的Léon Bérard中心。
Zatloukal解释说，欧盟委员会呼吁进行技术创新，让更多的患者在临床而不是研究环境中使用NGS。Zatloukal补充说，委员会“还希望看到与一些欧洲罕见病参考网络的合作，他们希望看到一些标准化。”
Zatloukal证实，七家医院组成的联盟与200多个实体进行了合作，包括其他医疗保健组织、标准开发组织和患者倡导团体，正如欧盟委员会鼓励的那样，确定了合同旨在解决的未满足需求。
第一阶段是提出设计方案。目前的第二阶段是概念验证阶段，而第三阶段也是最后一个阶段将涉及技术在真实临床环境中的实施和测试。vwin德赢ac米兰合作
Congenica的首席专业服务官Alistair Johnson在第二阶段赢得了两份合同，他说第一阶段让这家英国生物信息学公司更多地思考以患者为中心和药物基因组学报告应该是什么样的，以及它应该如何与Congenica的其他技术相适应。
他说，药物基因组学的采用历史上一直很低，这不仅是因为缺乏资金或报销，还因为所提供的信息没有满足处方者的需求。约翰逊说:“这个项目和我们一直在做的其他一些工作让我们了解了如何做到这一点。”
第二阶段从2022年11月16日至2024年3月16日进行，但承包商必须在2023年底前提交交付成果，以便有时间进行评估。承包商之一BC平台(BC Platforms)医疗保健业务首席商务官亨里克•普莱姆-福谢尔(Henrik Plym-Forshell)表示，6月份将进行中期评估。
总部位于瑞士苏黎世的BC平台成立了一个与Euformatics和Oncompass医药公司合作去争取他们一起赢得的两份合同。这一合作项目被称为“EU Onco-Platform”，取自这三家公司的名称。
Zatloukal表示，以graza公司为首的采购联盟将向承包商提供可用性反馈，以及该技术在常规诊断工作流程中的整合程度。vwin德赢ac米兰合作
这11份新合同涵盖了四个“批次”:预测序、测序、生物信息学分析和综合报告。然而，根据Zatloukal的说法，没有测序奖，因为买家小组在第二阶段只收到了一份测序批申请，而欧盟委员会要求在竞争前项目中至少有两份申请。
Horizon 2020要求至少一半的研发活动在欧洲进行，大多数主要的测序公司的总部都在美国。Zatloukal说，他对英国牛津纳米孔技术公司没有竞标Instand-NGS4P合同感到“惊讶”，但他指出，该项目紧凑的时间表更适合中小型企业，而不是决策过程官僚主义的大公司。
Zatloukal说，这七家医院已经有了测序平台——主要来自Illumina和赛默飞世尔科技公司——足以测试Instand-NGS4P其他三个类别的创新。
约翰逊表示，第三部分，即生物信息学的组成部分，是关于“提供与基于肿瘤分子结构的适当治疗相关的信息”，希望能够转向靶向治疗，而不是将化疗和放疗作为一线选择。
第3批包含了一套相当详细的Instand-NGS4P要求，plymm - forshell称，与欧盟Onco-Platform合作伙伴之前满足的要求相比，这一要求“相当紧张”。
普莱姆-福谢尔说，虽然这些公司可以在现有技术的基础上构建，以支持格拉茨领导的团队所呼吁的工作流程，vwin德赢ac米兰合作但“在我们已经拥有的商业产品基础上，还需要大量的研发工作来实现这一目标。”
第4批与第3批协同工作，涉及临床决策支持(药物基因组学报告和其他建议)的交付，以改善患者预后为目标。约翰逊说:“虽然在该计划的实际原则中没有明确提出，但成本效益也必须是考虑的一部分。”
由于信息学和综合报告是如此交织在一起，一些获奖者赢得了这两个批次的合同，包括BC平台，Congenica和西班牙巴塞罗那的基因组调控中心。
根据两份合同，Congenica正在构建一个用于变体调用和分类的自动化二级管道，然后是一个自动报告应用程序，以在床边提供治疗指导。
约翰逊表示，Congenica一直在研究精准医疗单一应用程序的“基础组件”，并将于下个月提供早期访问计划，希望在2023年中期之前进行商业推出。
约翰逊说，vwin德赢ac米兰合作这项技术旨在使小型医院和癌症中心更容易获得和负担得起精准医疗。
约翰逊说，最初，报告将继续交给病理学家，而不是床边医生，部分原因是这是目前的护理标准，但也因为目前的Congenica技术还没有针对药物基因组学进行优化。vwin德赢ac米兰合作instan - ngs4p正在资助一些必要的工作流程变更，以改善如何将技术基因组数据转化为一线临床医生可操作的建议。
Johnson表示，至关重要的是，Congenica和其他承包商确保分析和报告部分的兼容性和互操作性，以防任何供应商在他们的Instand-NGS4P工作中没有完全成功。
约翰逊说:“我们必须注意与其他报告平台互联互通的要求。”“但我们正在构建的原则是，这是一个端到端系统，可以在同一个实现中完成所有这些部分。”
根据Zatloukal的说法，买方集团承诺共同出资10%的预期开发成本，因此医院希望承包商开发他们和其他医院未来想要购买的技术。由于该技术将用于临床环境vwin德赢ac米兰合作，因此必须符合欧盟的规定在体外诊断规则(IVDR)．
承包商希望他们在该项目的参数范围内的发展将帮助他们实现IVDR合规。
Zatloukal说，在第一阶段，买家小组发现对全外显子组和全基因组测序的需求不断增加，因为在诊断许多罕见疾病时，基因面板不够广泛。
此外，他说，技术开发人员不太可能希望对只检测罕见疾病的技术进行CE vwin德赢ac米兰合作IVD标记。Zatloukal说:“我们总是需要一个足够开放的解决方案，让它也能被用作实验室开发的罕见疾病测试。”
IVDR要求申请人提供临床证据以获得批准，这对于全基因组序列来说是一项艰巨的任务，因为许多变异仍然具有未知的意义。Zatloukal说:“因此，我们提出了一种方法，我们用临床证据充分建立的变异的全基因组序列生成虚拟面板。”
plymm - forshell说，IVDR“将给医院带来更大的压力，反过来，医院可能会转向供应商，要求他们拥有预先批准的协同工作流程。”但获得认证可能会为这些新产品打开市场，让那些想要购买经过标准审查的技术的医院进入市场。vwin德赢ac米兰合作
约翰逊表示，欧洲约有240家机构“对Instand-NGS4P的成果表示了兴趣”，因此它们代表了潜在的客户。
他说，欧盟的计划促使Congenica寻求更多的自动化分析，从而提高可用性。
约翰逊说:“基因诊断的整体范式是围绕发现展开的，因此，基础是围绕遗传疾病展开的。”但约翰逊表示，采购联盟正在寻找关于“已知已知”的信息，因此以策划形式的人为干预就不那么必要了。
约翰逊说:“我们正在把这一点应用到我们所有的服务中。”“例如，如果我们考虑罕见疾病诊断，我们非常关注如何将诊断过程自动化。”
Johnson说，Instand-NGS4P通过以临床医生和患者能够理解并在实践中使用的格式生成信息，代表了“基因组医学的未来……和精准医疗的未来”。