纽约-人工智能驱动的癌症检测公司Freenome本周表示，他们已经开始了一项前瞻性临床试验，以临床验证其开发的多组学和表观基因组测试，该测试用于结肠直肠癌和癌前病变的血液检测。
这项名为PREEMPT CRC的试验将纳入14000名年龄在45岁至85岁之间的无症状、平均风险的患者，进行筛查结肠镜检查，旨在支持美国食品和药物管理局(fda)的上市前批准。
Freenome的首席执行官加布里埃尔·奥特(Gabriel Otte)说，该公司认为，按照设计，这项试验最终应该是在这种背景下进行的同类试验中规模最大的。
“这是有原因的，”他补充说，那就是该公司计划寻求对45岁以上人群(而不是50岁)进行测试的批准。
奥特说:“你想要有统计意义，或者至少对你实际测试的每个年龄组都有一个信号。45岁及以上年龄组与50岁以上年龄组的最大区别是，45至50岁年龄组的发病率与50岁以上年龄组的发病率非常不同。”
他补充说:“在45岁到50岁之间患结直肠癌的人要少得多，所以为了确保我们获得足够的证据，基本上可以说‘这个测试在这个年龄组中确实如预期的那样有效’，进行(足够大的招募)是非常重要的。”
据Otte说，这不仅对FDA的批准很重要，而且对支付者和说服美国预防服务工作组接受针对这个转移的年龄组的测试也很重要。
奥特说:“虽然美国癌症协会已将标准年龄降至45岁，但大多数支付人和USPSTF仍将标准定为50岁。”“目前，还没有一项足够大的研究真正显示出在这一人群中的效用。”
Freenome还没有详细量化各种分析物或生物标记物对其癌症检测方法的贡献，但据报道，该方法依赖于从DNA测序、亚硫酸氢盐测序和蛋白质定量方法中收集的癌症源性和非癌症源性信号的组合。
今年早些时候，该公司在美国临床肿瘤学会胃肠癌症研讨会上分享的最新数据显示，总体敏感性为91%，对早期肿瘤(I期和II期)的敏感性甚至更高，为94%，特异性为94%。
值得注意的是，在宣布新的PREEMPT试验时，Freenome暗示，它还能够调整其检测算法，不仅可以检测癌症，还可以检测结直肠腺瘤:在结肠镜检查中去除癌症前体病变已被证明可以降低个人发展成结直肠癌的风险。
检测这些腺瘤是CellMax Life公司的竞争对手最近开始突出了吗以区别于Freenome和Guardant Health等潜在竞争对手。但Otte本周表示，他的公司现在也希望这种测试能灵敏地检测出癌前增生。
尽管Freenome还没有分享任何关于癌前病变检测的数据，Otte说，该公司已经开发了这种能力，并已向FDA提交了一些数据，作为与该机构持续对话的一部分。
在ASCO GI会议上，该公司提出，其内部数据反映了CellMax Life也报告过的情况:不同的生物标志物有助于检测癌前息肉和完全发展的癌症——这意味着，仅依赖特定信号的方法，如DNA甲基化或突变模式，将无法检测癌前和癌症。
Otte补充说，不同分析物的这种独特贡献也是该公司在早期和晚期癌症检测中看到的。“我们在早期阶段具有如此高的灵敏度，部分原因是这些分析物与在后期阶段给予我们高灵敏度的分析物不同。”
此外，Otte说，Freenome有信心将不同的信号结合在一起，而不会使它们彼此分散，也不会使联合检测的水变得浑浊。例如，他说:“那些在晚期给我们提供高敏感性的主要是肿瘤负担特征，而那些在早期给我们提供性能的主要是免疫驱动特征。”你可以把这些加在一起，也不会有性能损失，这与(我们对)晚期腺瘤所做的没有区别。”
“我们花了一点时间来弄清楚如何将分析物结合起来，这样就不会在敏感性和特异性之间直接权衡。但是……如果你用正确的方法，你不会看到性能下降，”他补充道。
Otte表示，尽管该公司已经锁定了其方法的某些关键变量，以便在整个试验过程中保持一致，但随着试验的进展，各种分析物的截止点可以继续调整，以在癌症阶段和癌症前期创建尽可能高的灵敏度。
“有些东西是你绝对不想改变的——例如，血液样本如何收集的协议....而被分析者本身-如果你真的想要确保你所做的试验是真实世界中测试的代表。这就是我们所做的。”“还没有完全确定的是，例如，我们正在使用的特定统计界限……因为我们在继续生成新的数据。”
Otte举例说，在公司以盲法读取ASCO GI队列后，然后将新数据输入，进一步训练检测模型。
对于癌前腺瘤，Otte说Freenome很幸运，因为它的方法是多组学的，所以即使分析物已经被锁定，它们已经包含了检测这些病变所需的信号。
Freenome没有提供PREEMPT的精确时间表，但Otte说，试验将从一些已有的招聘网站开始，目标是随着时间的推移增加更多的网站。
他补充说:“我认为我本可以在新冠疫情之前给出一个更明确的答案，但目前真的很不确定。”“是的，许多地方的避难所正在拆除。是的，选择性手术在很多诊所重新开始了。但这是否意味着人们会感到足够安全去诊所做结肠镜检查呢?那要花多长时间?我们正在搜集相关数据，但我…我们处在未知的领域。”
随着preempt的发展，Freenome面临着几个直接竞争对手，包括液体活检公司Guardant宣布了自己的10000人注册试验CellMax Life公司也表示，它还打算在数千个个体中推进其细胞捕获、甲基化和突变方法的多位点前瞻性试验。
Grail和Thrive early Detection等其他公司也采取了类似的措施，但针对的是同时筛查多种癌症的检测方法。
Otte说，Freenome认为，为一线癌症领域开发一种检测方法的一个优势是，如果它们想获得可靠的补偿，就必须通过监管审查，这意味着将有平等的、有希望的同时审查目前正在开发和在未来队列中试验的各种检测方法。基于测试之间的相对执行情况，它们可能在相对于其他测试的预期使用中受到某些限制。
Otte说:“FDA知道如何用不同程度的性能驾驭多种测试。表观基因组学及其Epi proColon检测用于结肠直肠癌筛查。“(这种检测)得到了FDA的批准，但它的标签基本上说，你必须先对其他所有检测说不。”
他补充说，在一些新一代的测试中，“我认为会发生非常类似的事情”。