随着基于血液的结直肠癌筛查测试的验证和商业化，多组学公司Freenome正在将其核心平台推广到癌症治疗的其他领域。
在今年4月举行的美国癌症研究协会年会上，该公司展示了一项研究的结果，该公司的ctDNA测序和信息学管道可以识别在黑素瘤、肺癌和肾癌中一致出现的免疫治疗反应的预测特征，并具有用于患者分层和监测的潜力。
新数据补充了该公司的数据此前进入晚期早期和晚期癌症生物标志物的发现，包括2020年在AACR上提出的一项研究，探索术前无细胞DNA和循环蛋白是否可以预测非小细胞肺癌患者术后的进展，以及去年美国临床肿瘤学会年会上的一份摘要，寻找与癌症免疫疗法nivolumab(百时美施贵宝的Opdivo)反应相关的生物标志物。
Freenome的首席科学官Jimmy Lin在本周的一次采访中表示，虽然公司的首要重点仍然是癌症早期检测和筛查，但“制药和生物科技公司对将我们的整体多组学平台用于其他目的有很大兴趣。”
最近的AACR研究是探索性的，在一个小队列中进行:21名肾癌患者，14名黑色素瘤患者，91名肺癌患者。因此，林说，这应该被视为一个概念的证明，需要在更大的队列中进一步验证。
与此同时，他说，这些数据主要描绘了Freenome的无细胞DNA测序和人工智能平台如何收集新的生物标志物，并推动免疫肿瘤学等重大兴趣领域的新型临床诊断的发展。
他说:“我们所展示的是，我们能够从细胞游离DNA的全基因组测序开始，实际上对基因激活进行估计，然后查看潜在的签名。”
这种方法扩展了Freenome开发了一段时间的技术，该公vwin德赢ac米兰合作司的研究人员在2019年报告了一种基于细胞游离DNA碎片模式的基因表达建模策略——收集在任何时候将DNA释放到血液中的细胞的转录状态。
当时，研究人员对利用这种技术帮助早期癌症检测的潜力很感兴趣。但林在本周表示，该公司平台的好处之一是，它不仅可以分析癌症信号，还可以分析无细胞DNA的整个图景，包括肿瘤源性和非肿瘤源性DNA。
尽管目前可用的免疫治疗反应预测的临床测试主要关注与肿瘤本身相关的信号，但精密肿瘤学研究团体长期以来一直假设，因为免疫治疗反应依赖于肿瘤和免疫系统之间的复杂相互作用，因此需要结合测量肿瘤相关和先天免疫因子的方法，以尽可能高的准确性预测患者反应。
免疫检查点抑制已经改善了多种癌症的临床结果，包括Freenome关注的三种肿瘤类型，但尽管取得了成功，大量患者没有强烈反应或根本没有反应。与此同时，尽管目前的生物标志物如PD-L1表达和肿瘤突变负担的预测能力足以满足临床应用的阈值，但它们只能解释反应差异的部分原因。
“因为我们使用的是无细胞DNA的全基因组测序，我们实际上几乎可以进行一种估计的表达分析，通过观察哪些基因实际上在血液中，哪些基因受到保护，因此没有被表达。然后我们就可以研究这些与免疫检查点抑制反应相关的潜在免疫或基质信号，”林在描述Freenome的方法时说。
在这项研究中，该公司确定了13个转录因子和269个基因，他们将126名患者队列中存在的与ICI治疗耐药和反应相关的基因联系起来。这些信号表明通过JAK/STAT信号的潜在耐药途径和与上皮-间质转化相关的可能反应特征。
“这显然是一项探索性研究，所以下一步是在更大的队列中复制，并进行一项前瞻性研究，以验证这些结果，”林说。
实际上，开发这样的诊断方法可能需要等待Freenome在早期结直肠癌检测方面的努力完成，而Freenome目前正处于这个阶段赛车几个竞争对手包括Guardant Health和Exact Sciences。
据林说，该公司未来的PREEMPT试验，旨在支持申请美国食品和药物管理局的批准，进展顺利。他说:“我们仍在招聘，但当然在内部，我们也在加大努力，不仅为宣读试验，而且为测试的商业推广做好准备。”
该公司在今年早些时候的ASCO-GI会议上分享了AI-EMERGE试验的一些数据，表明其基于血液的测试不仅可以检测早期结肠肿瘤，还可以检测在结肠镜检查中发现并切除的高危癌前病变。
研究人员分析了结肠镜证实的晚期腺瘤和阴性对照的血液样本，应用其分析管道获得信号来区分两者。作者写道，由此产生的预测结果显示41%的敏感性和90%的特异性，其性能可与现有的基于粪便的测试相媲美。
Freenome首席执行官加布里埃尔·奥特此前曾表示，该公司预计将在2021年底完成PREEMPT试验的目标，林表示，随着这一途径的巩固，有新的能量在多个新领域发展。
他说:“我们将公司打造为基于平台的公司，这意味着我们可以将[我们的技术]应用于早期癌症筛查，但我们也可以将其应用于许多其他适应症，无论是像我们vwin德赢ac米兰合作现在展示的反应预测，还是在整个患者过程中的其他方式……所以我们非常高兴[继续展示]该平台的灵活性和健壮性，可以应用于CRC早期检测之外的多种不同问题。”