纽约-刚刚结束2.7亿美元C轮融资在美国，多组学液体活检公司Freenome表示，他们已经扩大了正在进行的结直肠癌早期检测试验，即PREEMPT，向任何符合试验标准的美国人开放招聘，无论他们位于哪里。
Freenome首席执行官Gabriel Otte表示，尽管COVID-19大流行带来了挑战，常规结肠镜检查的数量显著减少，但此举使该公司得以维持在2021年底完成试验的时间表。这直接影响了符合PREEMPT条件的患者数量，即前瞻性分析血液样本在结肠镜检查时进行，以验证Freenome试验识别早期、无症状癌症和高危癌前病变的能力。
最近筹集的资金将有助于维护新的扩展模式的试验，Otte说Freenome已经在更多的网站上建立了一个集中的病理学协议和教育系统，帮助它快速添加新的。
这意味着，如果患者想参加试验，无论他们在哪里，Freenome都可以将他们引导到一个方便的参与地点，或者，如果没有这样的地点，迅速将附近一个合适的设施纳入进来。
奥特说:“实际上，我们一直都想推出这项计划，但正如你所想象的那样，解决所有的问题需要大量的时间。”“例如，这包括集中的病理，这样我们所有的病理报告都是一致的和高质量的。这与确保诊所了解正确的协议有关，确保采血人员在正确的时间以正确的方式在正确的管道中采血有关。”
“我们抓住了……大量的团体都在那里能够在某种程度上执行这个。但我们也一直在加入新的网站，”他补充道。
随着PREEMPT的快速进展，Freenome还表示，新的资金将帮助其扩大结肠直肠癌以外的早期检测工作，并将支持使用其多组学和机器学习平台进行新的探索工作新型精准肿瘤生物标志物．
最近的两场会议报告让我们得以一窥Freenome希望通过这些更广泛的探索来实现的发现类型。
今年6月，该公司在美国癌症研究协会年会上的第二届在线会议上展示了一张海报。在与诺华的合作中，Freenome的研究人员使用该公司的技术来调查术前游离细胞DNA和循环蛋白是否可以预测非小细胞肺癌患者术后的进展。vwin德赢ac米兰合作
寻找辅助治疗和新辅助治疗的预测性生物标志物已成为晚期转移性癌症越来越感兴趣的领域。
奥特还认为，随着Freenome这样的早期检测技术在未来几年获得批准并进入临床，在早期疾病中创建个性化护理策略的必要性只会变得越来越紧迫。
“我认为Freenome和该领域的其他公司都将在一定程度上成功进行测试。对多种不同癌症类型进行多种早期检测将从根本上改变我们治疗癌症的方式。”他说。
他补充说，目前约有80%的癌症被诊断为晚期，因此治疗和诊断“真正的关键是晚期癌症”。“当我们系统地将分布转移到主要是早期检测时，市场上的所有这些检测都将不再成立。”
“我们将需要新的辅助疗法和新辅助疗法，并有自己的辅助诊断，并在早期阶段进行患者监测测试。”Otte认为，必须出现新的工具，以确保新一代的诊断不只是识别出患者，然后让他们等待。
在他们的AACR研究中，Freenome和诺华回顾性分析了24例2004年确诊的I期至III期NSCLC患者的术前血浆样本(其中16例病情进展，8例没有进展)。
研究人员对细胞游离DNA进行全基因组测序，根据cfDNA片段长度和转录起始位点数据计算基因激活的概率。他们还通过测量整个基因组中结合位点的可及性，估计了504个转录因子的转录因子活性，并同时测量了大约450个蛋白质的丰度，包括细胞因子、受体和酶。
研究人员利用统计学方法，对这些肿瘤源性和非肿瘤源性信号进行了研究，希望能找出区分进展与非进展的因素。
根据作者的说法，结果揭示了新的cfDNA关联，指出了可能与早期NSCLC进展相关的免疫调节途径。较低的IL-1RN基因激活与更有利的无进展生存期相关，而其基因产物IL-1RA蛋白丰度较低与较长的进展时间相关。
总之，研究小组写道，结果支持进一步评估IL-1RN和IL-1RA作为早期肺癌进展风险的潜在预后生物标志物。这些发现和其他发现，也可以为早期患者的新药靶点提供线索。
尽管Otte强调Freenome在早期疾病中的潜力，但该公司也将其平台应用于晚期癌症中尚未满足需求的领域。
在今年5月在网上举行的美国临床肿瘤学会年会上，该公司分享了另一项肺癌生物标志物发现研究的数据。
该公司的研究人员与巴黎Curie研究所的研究人员合作，利用Freenome平台，在晚期NSCLC患者中挖掘与癌症免疫疗法nivolumab(百时美施贵宝的Opdivo)反应相关的生物标志物。更具体地说，该研究侧重于使用cfDNA的片段大小分析来识别潜在的非肿瘤来源的生物标志物，而不是只关注循环肿瘤DNA的基因组改变。
研究小组分析了ALCINA临床试验纳入的IV期NSCLC患者在基线时和治疗第8周时的血浆。研究人员对提取的无细胞DNA进行了全基因组测序，并根据共片段模式分析估计了结果序列的细胞起源。和诺华的研究一样，他们也通过测量结合位点的可及性来估计转录因子的活性。
经过各种统计分析，作者得出结论，基线肿瘤分数不能预测免疫治疗反应，尽管，正如预期的那样，从基线到第8周的变化是。
有趣的是，在治疗的第8周，更高水平的单核细胞——根据cfDNA共碎片数据推断——也与应答和总生存率有关。
作者认为，这一结果提供了证据，证明仅测量ctDNA作为肿瘤分数的替代品可能会丢失其他可以从细胞游离DNA中收集到的重要数据。他们写道，无论从更大的cfDNA片段中添加的信息是否显著改善了预测，能够测量免疫系统的变化，“正如从cfDNA推断的细胞组成和转录活性所反映的那样”，可能至少有利于生物标志物的发现和药物靶点的识别。
Otte表示，未来的数据将有望扩展到Freenome的技术提供的更多方法，以洞察疾病过程和患者预后的多因素方面，特别是在早期疾病中。vwin德赢ac米兰合作
与此同时，该公司相信PREEMPT计划将在明年年底前完成。
作为FDA审查过程的一部分，该公司正在向FDA提供试验进展中的中期数据，Otte表示，假设试验结果是积极和充分的，FDA通常在最终提交后9到12个月才会提供批准。
他补充说，也就是说，“我们不知道这将花费更少的时间还是更长的时间。”“现在，所有事情都要花更长的时间，因为FDA的重点是更紧急的事情。”