亚特兰大(基因组网)——本周，Guardant Health分享了他们在早期癌症检测和监测中验证基于血液检测的新数据，报告了一项对结直肠癌患者样本的研究，该研究应用了体细胞和表观遗传分析的组合，将样本分为肿瘤存在的阳性或阴性。
目前，该公司已经投入了几个月的时间，推出了首个用于早期癌症检测的商业化、仅供研究使用的检测方法LUNAR。目前，该测试只结合突变和甲基化分析。但据Guardant公司昨天在美国癌症研究协会(American Association for Cancer research)年会上的介绍，该公司所谓的碎片组学也正在成为内部研究的一个重要焦点。
考虑到Guardant上周宣布了这一消息，这个时机非常重要收购了华盛顿大学的衍生产品Bellwether Bio．
领头羊成立推进华盛顿大学教授Jay Shendure实验室开发的基于血液的癌症检测方法。该公司的重点一直是通过循环DNA片段的模式来检测癌症，这种模式反映了这些分子中独特的核小体定位，就像它们曾经存在于它们的起源细胞中一样。由Shendure和他的前研究生马修·斯奈德领导的研究人员首次发表了他们关于核小体定位的发现2016年．
Guardant Health总裁兼首席运营官AmirAli Talasaz在接受采访时表示，他和Guardant公司的其他人已经认识Shendure很多年了，在决定收购Bellwether之前，该公司已经就Shendure的工作与Bellwether进行了一段时间的讨论。
Talasaz说，在更常见的体细胞突变之上，将新的癌症信号来源分层——比如核小体定位或片段组学——的潜在附加值是“惊人的”。“从科学上讲，肿瘤细胞中有大量的信号，所以如果你有正确的分析工具，你可以显著提高灵敏度和特异性，”该公司认为，它已经开始用新数据证明这一点。
Talasaz说:“很明显，(Bellwether)是先驱之一，就这种碎片组学方法而言，我们认为他们是先驱，他们在2016年发表的论文是一个里程碑。”他补充说:“对我们来说，联合起来真的很有意义，对他们来说是一个很好的机会，因为他们真的很热衷于将这项技术应用于临床。”vwin德赢ac米兰合作
与此同时，Guardant已经开始提供证据，证明将fragmentomcis和核小体定位与Bellwether结合可能会增加其早期检测和监测分析。
在周日的演讲中，Talasaz描述了一项联合方法的研究——包括循环肿瘤DNA测序、甲基化分析和片段组学——在早期至晚期结直肠癌患者和年龄匹配的对照组的小病例对照队列中进行。
总的来说，该公司的检测方法能够在89%的特异性下产生90%的灵敏度。设置更高的特异性临界值，分别为94%和98%，敏感性分别为88%和79%。
重要的是，研究人员还按癌症阶段对数据进行了细分。在89%的特异性下，IV期样本的敏感性为100%，III期为95%，II期为90%，I期为84%。
在94%的特异性下，I期肿瘤的敏感性下降到76%。当特异性为98%时，灵敏度为64%。
有趣的是，该公司还计算了如果仅限于ctDNA序列，在这些不同的临界值下的检测灵敏度，与联合检测在早期患者中所能达到的检测水平相比，检测水平下降了近50%。
在Guardant公司在癌症早期检测领域的竞争对手中，有几家公司也展示了结直肠癌的数据，在某些情况下还结合了突变检测和甲基化。
在去年美国胃肠病学会年会上发表的一项研究中，Freenome调查人员分享了数据约800个CRC样本，其中大多数代表早期疾病(至II期)。
在Guardant的研究中，对早期癌症的敏感性较低，降至80%以下，但对II期和III期癌症的敏感性接近82%，对晚期癌症的敏感性接近100%。
Grail之前报道过该方法可以检测出69%的I期和II期CRC病例，将III期和IV期肿瘤的检出率提高到85%。
Talasaz说，Guardant公司认为，多种信号的分层，在其案例中，体细胞突变、甲基化和现在的片段组学，都有利于敏感性和特异性。他补充说，至少到目前为止，这些信号似乎并不多余。
该公司并不是唯一一家认识到在检测早期癌症这一困难项目中，多模式策略的必要性和价值的公司。在那些提倡综合方法的人中，约翰霍普金斯大学的研究人员已经证明例如，蛋白质标记也可能提供附加价值。
作为Guardant CRC结果展示的一部分，Talasaz分享了一张幻灯片，该幻灯片通过表观基因组肿瘤部分与体细胞肿瘤部分绘制了研究中的每个样本，展示了大量明确的癌症阳性，包括癌症的表观基因组和突变信号。然而，也有明确的群体，其中要么只有表观遗传信号，要么只有体细胞信号。有趣的是，所有的检测假阳性似乎都出现在这些单阳性亚群中的任何一个，尽管对于相当数量的早期癌症也是如此。
根据Talasaz的说法，Guardant认为目前研究中的敏感性和特异性数字——即使在I期癌症中，在90%的特异性临界值下，也接近90%的敏感性——考虑到目前可用的临床工具的性能，将具有竞争力。
对于其他癌症的其他筛查应用，CRC提供的临床模式不同(结肠镜检查是一种现成的诊断随访)，该公司可能需要进一步提高性能。
与其他这类研究一样，根据Guardant试验的假阳性个体的状况仍然存在问题。如果随访时间更长，这些可能没有癌症的个体，尽管在某种程度上有体细胞或表观遗传的癌症信号，但可能会显示出肿瘤的迹象。
Talasaz表示，Guardant公司正在对此进行调查，并希望在未来能分享更多的信息。