纽约-研究人员发现了一种巨噬细胞群，在复发的肾癌中似乎比那些没有复发的肾癌更常见，这表明与这些细胞相关的特征也可以用作预后标志物。
虽然原发性透明细胞肾癌可以手术治疗，但大约40%的患者会复发并发生转移，转移性透明细胞肾癌的5年生存率仅为10%。
由哥伦比亚大学的研究人员领导的团队将单细胞RNA测序与测量单细胞蛋白活性的算法相结合，以识别和表征渗透ccRCC的免疫细胞。正如他们周四报道的那样在杂志中细胞，研究人员分析了来自11名ccRCC患者的20多万个肿瘤细胞和正常细胞。他们发现，肿瘤巨噬细胞数量增加、TREM2、APOE和C1Q上调的患者更有可能复发。
“我们的研究结果表明，这些细胞的存在可以用来识别手术后疾病复发的高风险患者，这些患者可能需要更积极的治疗，”哥伦比亚大学医学兼职教授查尔斯·德雷克(Charles Drake)在一份声明中说。
Drake和他的同事试图通过对11名未接受任何治疗的患者的肿瘤和正常邻近组织中的造血细胞和非造血细胞进行单细胞RNA测序，来开发渗透ccRCC的免疫细胞图谱。基于基因表达的聚类可以将这些细胞分离成CD4和CD8淋巴细胞、自然杀伤细胞或巨噬细胞。
然而，由于基因缺失，单细胞RNA测序遗漏了低水平表达的mrna，这种方法没有捕获所有已知的细胞标记物和免疫细胞亚群。
为了解决这个问题，研究人员使用了由VIPER算法衍生而来的元VIPER算法，该算法根据相关基因的表达来预测样本中哪些基因是活跃的。通过这种方法，研究人员估计他们可以准确检测每个细胞中70%到80%的调控基因的活性。
根据基于元蝰蛇的分析，他们可以识别出额外的免疫细胞亚群。
例如，在样本中，他们注意到一个巨噬细胞亚群是肿瘤特异性的，并以TREM2、APOE和C1Q基因上调为标志。在157名患者的单独队列中，研究人员证实了这些基因的表达与肿瘤之间的联系。他们还指出，这些标记物与患者复发时间较短有关，这表明它们可以作为透明细胞肾癌复发的标志。
研究人员还发现，这些巨噬细胞可能直接与肿瘤细胞相互作用，可能是治疗的潜在靶点。
“这些数据提出了一种有趣的可能性，即这些巨噬细胞不仅是更危险疾病的标记，而且实际上可能导致疾病复发和进展，”共同第一作者、哥伦比亚大学医学博士兼博士生亚历山大·奥布拉多维奇在一份声明中说，“靶向这些细胞可以改善临床结果。”
研究人员补充说，他们的方法结合了单细胞测序和VIPER算法，也可以用于检查其他类型的癌症。