纽约 - NEC Oncoimmunity开发了一种叫做Neooncohla的计算人白细胞抗原打字工具，用于指导个性化癌症免疫疗法。
该公司已将NeoCoHLA集成到其NEC免疫分析器平台中，以便在持续的研究项目中使用，计划在未来的癌症免疫治疗临床试验中部署它。一个人独特的HLA基因型可以预测免疫检查点抑制剂治疗的反应。
在一个论文中最近发表了在HLA免疫应答遗传学该公司证明，NeoonCOHLA改善了模拟实验中HLA体细胞变异的检测，并发现了一种新型I类HLA等位基因。
该算法旨在通过将数据库匹配与全外壳测序（WES）的Growline和Somatic Variant呼叫组合，以及新的HLA序列重建来采用更全面的方法来对HLA打字进行更全面的方法。意图是能够高度的准确性和发现新的HLA等位基因和肿瘤特异性变体的能力。
“NEOCCOHLA在[A]的方式中，通过集成丰富的WES数据，计算突变识别方法和不断增加的HLA序列参考库来利用新的HLA发现的力量，”NEC OncoImmunity的Trevor Clancy，CoSoImmunity通过电子邮件来表示。
该算法首先将正常或肿瘤WES读取或肿瘤RNA-SEQ读取到IPD-IMGT / HLA数据库中最接近匹配的HLA等位基因，并通过整数线性编程算法识别它们。生成的处理对齐文件成为多个变体调用工具的输入，除了减少误报，还可以帮助促进新的等位基因发现。
在该研究中，该研究与挪威癌症疫苗生物技术Ultimovacs合作进行，研究人员将NeoonCohla应用于来自10例转移性黑素瘤患者的WES。它们通过Illumina Hiseq 4000系统对至少一种候选HLA种系变体检测到至少一个候选HLA种系变体的患者进行靶向NGS测序的结果。
Neooncohla在HLA键入中显示出100％的重叠，序列和蛋白质编码水平，并给出了91％的总体体内变化的检测精度。
Neooncohla分析还在一个患者中发现了一种新型I类HLA等位基因，其被WES和靶向NGS确认，并命名为HLA-B * 44：02：01：52。
NeoonCohla是HLA键入研究的最新添加。其他方法，例如Arcashla和Polysolver，通过略微不同的方法寻求主要相同的任务。
在哥伦比亚大学开发，Arcashla.Infers来自RNA-SEQ数据的HLA类型，并在I类基因的两场分辨率下施用100％的三种精度率，同二级以上99.7％。
单独依赖RNA-SEQ数据的一个潜在限制是错过低覆盖和/或低表达变体的可能性更大，或者在非转录的股线上发现的潜力更大。
相比之下，Clancy解释说，“NeoonCohla可以应用于所有类型的NGS数据。”
多硅手，在广泛的研究所开发，Infers来自WES数据的三个主要MHC类基因的等位基因。该方法以广泛的类似方式运作到NeoonCohla，主要以两种方式不同。
首先，NeoonCoHLA使用IPD-IMGT / HLA数据库中可用的所有等位基因来对齐NGS读数，包括古典I类等级的古典I类，古典二级和非古典等位基因。其次，PolySolver只使用一种变体呼叫算法来检测躯体变体，与NeoonCohla更严格地寻求来自多个变体调用工具的共识呼叫的更严格的方法。
当前版本的NeoonCohla的一个轻微缺点是，尽管它能够推断出新的等位基因，但其对已知序列信息的依赖仍然很大限地限制了对古典I类等位基因的测试，其全长序列是最广泛的序列是最广泛的编目。
“我们希望在II类和非经典等位基因上基准测试这种方法，因为全长HLA基因序列越来越多地将这些组提交到IPD-IMGT / HLA数据库中，”作者在他们的研究中写道。
NEC OncoImmunity已将Neooncohla纳入其免疫分析器平台，用于人工智能驱动的HLA-结合新尼太符的预测肿瘤细胞表面上的患者。该公司正在研究项目和临床试验中使用该平台，没有计划在任何其他平台中商业化NeoonCohla，或作为独立产品。
商业HLA键入工具可从其他公司提供，例如personal，通过其免疫下一个平台进行HLA打字。
其他公司，如ngenebio.和基因组诊断，为器官和干细胞移植提供CE-IVD标记的HLA键入测定。
NEC OncoImmunity及其合作者在研究中，Ultimovacs是奥斯陆癌症集群的成员，挪威癌症研究中心，并在过去几年的几个项目中合作。
“我们的合作的主要目标是利用彼此的生物信息学，免疫学和癌症的科学专业知识，以获得免疫疗法的进一步见解，Ultimovacs的科学顾问通过电子邮件表示。“在这种情况下，Neooncohla可能是一般的重要工具，允许鉴定可能的肿瘤反应或抵抗机制。”
公司还正在合作开发Ultimovacs的候选癌症疫苗UV1，目前正在在I / II阶段试验中进行测试，其临时结果是去年癌症会议的免疫疗法的年度学会中提出癌症免疫疗程。