纽约- Paragon Genomics已经开发了新的目标富集分析，使用其基于CleanPlex多重pcr的技术，以及一种新的基因融合检测技术。vwin德赢ac米兰合作
这家总部位于加州海沃德的公司最近推出了一种囊性纤维化靶向重测序试验。它还发布了与Admera Health和RareCyte使用定制目标富集试剂盒合作的结果。
典范的旗舰CleanPlex目标富集溶液涉及多重PCR技术，允许研究人员在一个单一反应中多重复制超过20,000个扩增子。vwin德赢ac米兰合作Paragon公司业务运营总监Dawn Casey表示，该方法通常在2到6小时内生成测序库，并与下游仪器(如Illumina公司的MiSeq、Thermo Fisher Scientific公司的Ion Torrent)一起工作，以及MGI的测序平台。
本月早些时候，Paragon的新CleanPlex在马里兰州巴尔的摩举行的2019年分子病理学协会会议上发布囊性纤维化跨膜传导调节器(CFTR)小组评估了CFTR基因的体细胞和种系变异。Casey说，Paragon选择囊肿性纤维化是因为客户的要求。
虽然CFTR面板通常使用1到10ng的DNA，但凯西说，它也可以使用从颊细胞或血细胞中分离出来的或多或少的基因组DNA。
“到目前为止，由于背景噪声、引物二聚体、非特异性读数和非均匀性，人们一直对放大子方法存有偏见，”Casey解释说。“但由于我们的(还原)技术背景和专有设计算法，我们已经能够消除这些问题。”vwin德赢ac米兰合作
Paragon还表示，它将很快开始其CleanPlex融合检测方法的早期访问项目，该方法寻找已知和新的基因融合，并使用与其他CleanPlex检测不同的背景清洗方法。
Paragon CEO兼联合创始人陈涛解释说，该方法包括在开始时进行模板切换，将RNA反向转录为cDNA，在cDNA的3'端添加通用序列。在第二个PCR步骤中，使用一个通用引物和一个目标特异性引物来扩增目标基因，使研究人员能够检测到新的融合。
然而，由于该公司目前正在向美国专利商标局申请相关知识产权，陈拒绝透露有关融合方法的更多细节。
Chen说，研究人员可以签约评估Paragon的第一个基于融合方法的面板，肺癌融合面板，该公司的目标是在今年年底推出更多具有定制融合分析设计服务的产品。他指出，Paragon之所以选择肺癌作为第一个应用，是因为这种癌症含有几种已经建立了药物治疗方法的基因融合。
Paragon希望参与融合方法早期访问项目的用户包括医院、参考实验室或“任何以肿瘤为重点的机构”，Casey说。
Paragon还提供了一个肿瘤突变负担(TMB)小组，该小组观察516个基因和27,000个扩增子，这是上个月在美国人类遗传学学会年会上作为早期访问项目的一部分推出的。由于该平台测量TMB，这通常与患者对检查点抑制剂的反应相关，使用靶向测序方法，研究人员可以运行来自血液或福尔马林固定石蜡包埋组织的基因组DNA，陈说。
因为TMB小组需要额外的循环时间来处理样本，Casey说它需要6个小时来生成下游测序库。
最近的合作伙伴
凯西指出，总部位于新泽西州南普莱恩菲尔德的Admera Health与Paragon合作，以提高其效率PGx 1 +化验。Admera的药物遗传学(PGx)试验设计使用CleanPlex，并在Illumina MiSeq平台上运行，检测72个基因中的200多个遗传变异，这些基因与300多种药物相关。
在AMP会议的Paragon研讨会上，Admera的临床服务主管Min Wei解释说，Paragon今年早些时候与该公司合作开发了一种定制的PGx面板依靠CleanPlex。陈指出，该小组的目标是180个基因和500个变异，包括难以放大的突变。
“我们与(Admera)密切合作，为设计新面板提供技术支持和咨询，”陈说。“经过几轮讨论，我们为他们提供了一种高质量、健壮的检测方法。”
在研讨会期间，Wei还指出，该方法的临床敏感性和特异性都超过99%。除了提供高一致性和高度自适应的设计算法，Wei说，CleanPlex的灵活性使她的团队可以升级PGx检测可以检测的基因数量，她的团队预计在未来将增加超过20个基因到PGx One面板。
除了Admera, Paragon还与西雅图的RareCyte修改CleanPlex协议的单细胞合并公司的CyteFinder极低样本输入的平台。作为合作的一部分，RareCyte的科学家Nolan Ericson应用Paragon的CleanPlex技术来识别单个循环肿瘤细胞(CTCs)和循环肿瘤DNA中的体细胞HER2突变vwin德赢ac米兰合作，这涉及到改变循环参数、引物浓度和清理变化。
在用免疫染色选择感兴趣的细胞后，Ericson和他的团队开始进行单个CTC测序。他指出，这个过程通常很困难，因为单个细胞只包含6pg的DNA。
“通常，人们使用全基因组扩增来将其转化为一定量的物质，”埃里克森说。“但WGA也有自己的陷阱，比如等位基因缺失或区域缺失，这会导致假阴性和放大偏差。”
因此，Ericson的研究小组使用改进的CleanPlex OncoZoom Hotspot面板对单个ctc进行测序。该方法于2017年推出，生成了一个可测序的文库，可在3小时内识别65种致癌基因的2,900多个体细胞突变。
使用单细胞非wga方法，Ericson的团队发现它可以恢复等位基因缺失，并将假阴性数量减少60%，假阳性数量减少10倍。Ericson表示，使用CyteFinder、CleanPlex技术和MiSeq仪器测序的整个工作流程可以在一周内产生结果。vwin德赢ac米兰合作
“Paragon面板真的很有用，因为它们非常适合这种绕过WGA错误的测试，并对ctc进行直接的靶向测序，”Ericson说。“与其他市面上出售的面板相比，它们还能将更多的目标放入面板中，这对我们很有用，因为它有助于检测单管血液中的目标。”
Ericson指出，他的团队计划在未来对更多的ctc和匹配的肿瘤样本进行测序。他说，他的团队将有兴趣看到Paragon可能微调其面板，以允许拷贝数变化检测。
除了新产品和合作伙伴，Paragon还推出了一个名为“ParagonDesigner”的在线门户网站，允许客户设计CleanPlex定制NGS面板。研究人员可以使用这项服务来评估覆盖他们的基因列表或确定的基因组位置所需扩增子的数量。
Chen指出，研究人员既可以搜索Paragon的预设计面板数据库，也可以提交定制面板设计请求。Paragon的科学家们然后用选定的扩增子建立一个生物信息文件，并将其发送给客户，然后由客户确定该面板是否能达到他们想要的目标覆盖率。
在客户提交购买订单后，Paragon开始制造库套件并将其运送到实验室，Casey说这需要大约两到三周的时间，这取决于放大器定制的水平。
Chen补充说，客户可以在内部平台上进行库准备和测序，也可以将这一步骤外包给第三方测序提供商。
“在最初的测试之后，客户通常决定添加或删除内容，”Casey指出。“我们不仅从设计方面提供帮助，我们还致力于减少(设计)挑战，提高速度，使我们的客户可以在更少的时间和更少的麻烦中从设计到完全优化的分析。”
虽然Paragon关于聚变方法的商业计划仍在开发中，但Chen表示，该公司将利用该技术为更多的下游客户面板提供服务。vwin德赢ac米兰合作他认为，这项技术将帮助Paragvwin德赢ac米兰合作on与需要融合检测进行癌症诊断的合作伙伴合作。
Casey说:“我们计划在TMB面板中添加更多的内容，如核聚变和[微卫星不稳定性]，并与合作者和客户合作，进一步在临床样本上验证这些面板。”“与此同时，我们可以为想要添加或删除特定内容的客户提供定制TMB面板。”
Paragon还计划扩大融合方法，以测试实体肿瘤组织，并最终开发基于血液的癌症面板。Chen设想与生物信息学和自动化行业的不同参与者合作——效仿Paragon之前的合作伙伴索菲娅遗传学-为了简化公司高通量NGS实验室的工作流程。