纽约——一项新的研究表明，蛋白质基因组分析可能能够匹配hpv阴性的头颈部鳞状细胞癌亚型和潜在的治疗方法。
头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)在美国每年影响约53000人，尽管一些靶向疗法如EGFR单克隆抗体和PD-1抑制剂治疗已被批准用于治疗头颈部鳞状细胞癌，但有效率并不高。
通过结合基因组学、转录组学和蛋白质组学的方法，贝勒医学院领导的研究团队对100多例hpv阴性鼻部鳞癌进行了表征，目的是确定癌症样本中基因组改变的功能影响。当他们报道称，癌症细胞在美国，研究人员确定了hpv阴性鼻咽癌的分子亚型，这些亚型可能易受CDK抑制剂、抗egfr抗体或免疫治疗的影响。
BCM分子和人类遗传学教授张兵(Bing Zhang)在一封电子邮件中说:“从这项研究中产生的治疗假设可能作为未来的临床前研究和临床试验的基础，以分子引导的精确治疗hpv阴性鼻鼻癌。”
他和他的同事们收集了108名未经治疗的hpv阴性鼻窦鳞癌患者的肿瘤，并将其血液或正常组织样本进行了匹配，以进行分子分析。他们进行了外显子组、全基因组和rna测序分析，以及甲基化分析、蛋白质组和磷蛋白质组分析等，以创建一个复制数变化的目录，蛋白质和磷酸位点的改变，以及其他与头颈鳞癌相关的突变。
无监督聚类分析将肿瘤分为三种亚型，这些亚型与先前确定的基于转录组的HNSCC亚型重叠。但通过蛋白质基因组学分析，研究人员将这三种亚型与已批准的鼻咽癌药物或正在研究的药物联系起来。
研究人员指出，目前，在鼻咽癌中，EGFR扩增或过表达是对EGFR单克隆抗体治疗反应的较差预测因子。相反，他们的分析表明，EGFR配体丰度可能是一个更好的生物标志物，患者可能对EGFR单克隆抗体治疗有反应，因为具有高EGFR扩增的肿瘤不一定有高水平的EGFR配体——这表明配体是激活EGFR通路和治疗反应的有限因素。
此外，研究人员发现Rb的磷酸化状态可能是更好的衡量鼻咽癌是否对CDK4/6抑制剂治疗有反应的指标。他们发现，单独的基因组或转录组标记不足以衡量CDK4/6活性，但Rb磷酸化状态结合CCND1/CDKN2A基因组改变可作为考虑CDK4/6抑制剂治疗的生物标志物。
研究人员发现，鼻咽癌细胞癌的免疫环境也可以指示它们是否对免疫疗法有反应。然而，他们注意到PD-L1高表达水平的肿瘤也倾向于有更高的其他免疫检查点基因表达水平，这可能解释了免疫治疗成功率低的原因。他们的研究结果表明，使用PD-L1抑制剂治疗这种免疫热肿瘤可能不会有效，除非与其他免疫疗法联合使用。
与此同时，他们注意到免疫冷肿瘤并不是免疫治疗的良好候选者。
“我们发现了头颈部鳞状细胞癌的三种亚型，每一种亚型都可能是不同类型治疗的良好候选药物——EGFR抑制剂、CDK抑制剂或免疫疗法，”张说。“我们还确定了候选生物标记物，可以用于将患者与有效的疗法或临床试验相匹配。”
他在一封电子邮件中补充说，他和他的同事有兴趣与临床医生和制药公司进行下一步合作，以检验他们的研究结果提出的假设。