纽约(基因组网)-一项研究今天在自然遗传学提示患有三阴性乳腺癌拷贝数量的变化在肿瘤进化过程的早期，随后是更稳定的亚克隆扩展期。
德克萨斯大学MD Anderson癌症中心领导的团队对1000个细胞进行了单细胞测序，这些细胞来自12名患雌激素受体-、孕激素受体-和HER2扩增阴性乳腺癌的女性的肿瘤亚克隆样本。这种三阴性形式的疾病很难治疗，通常与生存率低有关。该团队的研究结果表明，在三阴性肿瘤中，有断点的拷贝数进化是常见的，这反驳了在大量肿瘤样本中发现的拷贝数模式是通过缓慢、连续的过程发生的观点。
MD Anderson的遗传学、生物信息学和计算生物学研究员Nicholas Navin在一份声明中说:“这个模型对我们对癌症生长动态的进化理解以及对[三阴性乳腺癌]患者的临床诊断和治疗具有重要意义。”尽管肿瘤拷贝数模式可以影响癌基因或肿瘤抑制基因的表达，他和他的合著者解释说，“大多数基因组研究都是分析来自单一时间点(活检或手术)的肿瘤样本，这使得研究肿瘤发生过程中染色体进化的自然进程变得困难。”
利用其高度多重单核测序(HM-SNS)方法，研究小组分析了从十几个患有这种疾病的三阴性乳腺癌个体中分离出的1000个癌细胞的拷贝数模式。
研究人员首先从冷冻的肿瘤样本中提取核悬浮液。在全基因组扩增步骤之前，细胞核被分选并分离到96孔板中degenerative-oligonucleotide PCR．从那里，条形码单核库汇集在HiSeq 2000上进行单端Illumina测序。
在基于拷贝数数据聚类单个细胞后，该团队发现每个肿瘤都有1到3个稳定的克隆亚群，尽管在肿瘤中也出现了一些非克隆拷贝数转移的单个细胞。随着时间的推移，这些亚克隆在更广泛的肿瘤中出现的频率或多或少取决于存在的特定拷贝数变化。同时，研究人员对单个肿瘤细胞中拷贝数变化的系统发育分析与肿瘤发展早VWIN娱乐网站期的大量拷贝数变化一致。
该研究的作者写道:“我们的单细胞拷贝数数据和数学模型表明，克隆停滞和[有符号的拷贝数进化]在[三阴性乳腺癌]患者中很常见。”“这一过程导致复杂的非整倍体拷贝数分布，在肿瘤生长过程中非常稳定，在整个肿瘤块中普遍存在。”
他们指出，基于对结肠癌、前列腺癌、肝癌和肺癌样本的初步发现，同样的标点复制数过程也可能发生在其他类型的肿瘤中。