纽约(GenomeWeb) -一项使用单细胞测序分析化疗耐药三阴性乳腺癌进化的初步研究表明，耐药来自已有的具有基因突变的克隆。然而，与癌症亚型相关的转录谱可以通过对化疗的反应进行重编程来发展。
这项研究是发表今天在细胞由德克萨斯大学MD安德森癌症中心和瑞典卡罗林斯卡研究所的研究人员完成。他们写道，研究结果对这种癌症亚型的诊断、预后和治疗具有临床意义。
作者写道:“在这项研究中，我们调查了三阴性乳腺癌患者对新辅助化疗的反应中肿瘤细胞的基因组和表型进化，揭示了两种不同的克隆动态:灭绝和持久性。”
在一些患者中，化疗消除了所有的肿瘤细胞，但研究人员发现其他患者有残留的肿瘤细胞，他们的基因型和表型在治疗后发生了改变。
由MD Anderson的资深作者Nicholas Navin和卡罗林斯卡学院的Theodoros Foukakis领导的研究人员使用单细胞DNA和RNA测序以及大体积外显子组测序对20名治疗期间的患者进行了分析。在10例患者中，Illumina公司的深外显子组测序发现克隆消失，而在另外10例患者中，肿瘤细胞持续存在。对于其中的8例，研究人员进行了额外的单细胞分析。
特别是，他们使用Becton Dickinson FACSAria II流式细胞仪对单细胞进行排序，并使用集合文库和Illumina下一代测序对其进行分析。他们总共用DNA测序分析了900个单细胞，用RNA测序分析了近7000个单细胞，结果显示拷贝数畸变正在出现对化疗的反应是预先存在的和自适应选择的，而表达谱是通过转录重编程获得的。
三阴性乳腺癌是一种侵袭性亚型，定义为缺乏雌激素、孕激素和HER2受体，使其对某些治疗无反应。它占所有乳腺癌的10%到15%。这些肿瘤可能对新辅助化疗有反应，但通常会产生耐药性。此前对不同肿瘤类型的研究表明，化疗耐药可能通过对已有突变的选择或在治疗过程中获得新的基因组突变而产生。作者写道，此前关于三阴性乳腺癌患者化疗耐药的研究“基于靶向标记物或大体积基因组组织谱，在化疗期间重建克隆进化的能力有限”。
“我们的数据进一步表明，新辅助化疗选择的一小部分基因型在治疗前已准备好进行转录重编程，并有耐化疗基因的亚组表达，”他们指出，并补充说，虽然他们的研究样本量小，但它对临床有重要的意义。
他们写道:“在(化疗)实施之前，可能有诊断机会在三阴性乳腺癌患者中检测耐化疗克隆，从而预测哪些患者可能从化疗中受益。”“第二，分层……将患者分为克隆消退组和克隆持续组可能在组织病理学技术之外的患者预后或生存率方面有应用。第三，我们关于耐药表型的数据提高了克服耐药的治疗策略的可能性。”
未来的研究将包括对匹配的原发肿瘤和转移性肿瘤的分析，以了解耐药克隆在转移中的作用。他们写道，随着单细胞DNA测序的吞吐量增加、成本下降，以及同一细胞中的单细胞DNA和RNA谱分析变得可行，这样的项目将变得更加可行。