新奥尔良 - 美国癌症研究协会的项目精灵将呼吁新机构加入开放式临床基因组注册表，目的是增加服务不足，多元化社区的数据。
在AACR年度会议上，多伦多公主玛格丽特癌症中心的医学肿瘤学家菲利普·贝达德（Philippe Bedard），吉妮（Genie）指导委员会的成员表示，该协会希望改善精灵数据中代表的少数族裔患者和来自农村人群的比例。美国和美国以外的机构可以申请。AACR将从5月1日至6月15日开始接受申请，并在今年冬季宣布新成员。
AACR推出了项目Genie，这是一个国际，开源现实世界的数据分享努力，2015年。超过六年，努力从北美和欧洲的八到18个机构癌症中心增长，每六个月贡献了躯体DNA数据来自使用下一代测序板的患者进行肿瘤的患者。它们还分享结构化表型数据，包括有关测序患者肿瘤类型，组织学，人口统计学和基本生命和生存状态的信息。
该注册表包含来自121,000例110种主要癌症患者的大约136,000个序列肿瘤的数据。测试后一年，对测序患者的数据可公开获得。除了18个机构合作伙伴外，Sage Bionetworks和Cbioportal是技术战略合作伙伴。vwin德赢ac米兰合作
到目前为止，已经发行了11个数据，基因组和临床数据已经产生了9个出版物。已有10,000多名用户注册，将数据用于自己的研究。贝德德（Bedard）强调了精灵的成就列表，即安根（Amgen）使用Genie的数据来支持其对Lumakras（Sotorasib）的监管申请，该公司在晚期的KRAS G12C突变的非小细胞肺癌中。
尽管注册处的内容和效用的增长，但目前超过80％的临床和基因组数据来自白色患者，而7％来自黑人患者，6％来自亚洲患者。AACR认识到，这些人口统计数据不反映参加参与精灵的机构治疗的患者，“我们的主要优先事项之一是扩大Genie内的多样性，”贝德德说。
在AACR的年度会议上，Genie的伴侣癌症中心的研究人员描述了其他努力，提升了注册处内的数据，因此研究人员可以开始对遗传，祖先和环境暴露之间的复杂相互解象进行解作，并更详细地探索患者根据治疗的票价如何征用癌症生物标志物。
添加当地血统
纪念斯隆·凯特林（Memorial Sloan Kettering）是向精灵提交数据的癌症机构之一，它积累了50,000名黑色癌症患者的数据，这些患者已使用其MSK-Impact NGS平台进行了分析。在MSK进行癌症研究的助理教授兼数据科学家Jian Carrot-Zhang指出，与白人癌症患者相比，黑人癌症患者的结局仍然较差。
虽然在游戏中显然存在其他遗传和非遗传因素，但可以解释这种结果差异，“种族，躯体突变和临床结果之间的复杂关系仍然没有完全理解，”胡萝卜 - 张说。“缺乏对人口之间的躯体差异的知识是为服务不足的人口实施精确药物的主要障碍。”
当研究人员试图研究和理解医疗保健差异的多因素原因时，他们遇到了一些挑战。种族或种族通常不会记录在现实世界中的护理环境中。她说，使事情变得更加复杂的事实是，在美国，非裔美国人和西班牙裔人群混合了祖先，不能轻易地分成离散的群体。尽管自我识别的种族可以跟踪人群之间健康的某些共享社会决定因素，但它并不能解释遗传复杂性。
为了解决其中一些挑战，MSK利用了NGS面板的特征，即他们最终分析了目标区域外的随机DNA区域。“我们已经开发了将这些偏离目标的计算方法转化为有关遗传血统的丰富信息，”胡萝卜 - 张说。
大多数Genie样本没有匹配的正常组织样本匹配数据，因此MSK研究人员证实，他们的血症推断方法使用肿瘤的测序数据准确。“我们的方法没有平台依赖，”胡萝卜 - 张补充道。“我们可以通过在不同机构执行的平台上”参与精灵的序列“平台进行准确的祖先呼叫。
为了确定祖先推断方法的表现，她的团队用它来推断334,000例由基础医学测序的患者肿瘤样本的祖先，这些肿瘤样本缺乏任何相关的祖先或种族数据。该方法推断出大多数（大约四分之三）样本的欧洲血统，但也将非欧洲血统分配给了很大一部分样本。
她说，大约有32,000多名患者样本的队列中约有10％与非洲血统有关，“使其成为与非洲血统最大的肿瘤学队列之一。”“我们的祖先推论方法允许包含不同的人群，否则由于缺乏报告的信息而被忽略，并提供了实质性的统计能力来识别与祖先相关的体细胞驱动器突变。”
在基础的队列中，研究人员鉴定了14种癌症类型的165名血清基因关联。然后，使用Genie中的数据，其中有成千上万的非欧洲患者的体细胞DNA和临床数据，包括在MSK治疗和测试的患者，他们探讨了这些血症相关基因是否可以解释黑人患者的结果差异。
例如，研究人员表明，NF2突变的非裔美国人肾细胞癌患者的预后明显较差。统计分析进一步表明，非裔美国人的血统和NF2突变与结果独立相关，这表明这些体细胞突变至少可以部分解释结果差异。
MSK研究人员还使用其脱靶计算方法和仅肿瘤的面板测序数据来计算基因组中染色体段的祖先（也称为局部血统），这对于确定涉及多样化人群的人群遗传研究非常重要。
“我们可以利用当地血统来推断祖先协会的遗传力。”“我们正在与Genie合作，使当地血统呼吁所有精灵样本，并使用当地血统来识别由种系等位基因驱动的躯体和结果差异。”
她指出，将这些数据添加到Genie中的现实世界数据中可以帮助研究人员更好地了解与祖先相关基因对患者结局的影响。Carrot-Zhang说：“此外，分析祖先混合物将使我们能够反驳遗传学和社会决定因素在结果差异中的作用。”
增强临床和结果数据
另一个项目中的研究人员在Genie下，称为Biopharma协作（BPC），正在努力用结构化的医学和治疗成果的书记官中的表型数据介绍了有关疾病特异性队列的信息。
MSK胸部肿瘤科服务中临床研究副主席Gregory Riely表示，虽然Genie拥有有关癌症患者的丰富基因组数据，但相关的临床数据受到限制。他说，BPC的存在是为了获得临床数据“将使我们能够探索这些基因组发现如何转化为患者的结果。”
BPC涉及10家药物公司和四个癌症中心，他们正在使用更多详细的临床和成果数据，以标准化的方式使用更详细的临床和结果prissmm型号由Dana-Farber癌症中心开发。使用这些数据，研究人员可以根据患者的癌症部位来研究肿瘤突变的流行，甚至探讨患有某些基因组肿瘤特征的患者如何在治疗中。
Riely指出，BPC已在精神分子的基本人口统计数据的基本数据之上分层，例如患者开始并停止治疗及其现实结果，例如总体生存和无进展生存率。
例如，BPC中的转移性非小细胞癌队列含有最多五种治疗的数据。使用它，研究人员可以调查肺癌患者在常规治疗上生活，甚至说，并在精灵中使用测序数据，他们可以进一步基于第一线铂化疗的肿瘤突变进行分层结果。例如，使用Genie和BPC数据在一起，可以了解患有STK11突变的转移性NMSCLC患者与没有这些突变的人相比，具有较差的整体存活。
但是，从现实世界中提取结果数据并不容易。在会议上，Riely描述了BPC合作者如何为患者带来无进展的生存数据。策展人评估了CT扫描和肿瘤学家的患者就诊，并在患者的指数诊断日期后得分是否“改善，稳定，混合，进步或不确定”。
Riely说：“这些数据使我们能够获得两种无进展生存的口味，”基于成像报告和基于肿瘤学家注释的无进展生存-m的无进展生存-I。
然后，BPC研究人员比较了基于恢复标准（用于测量实体肿瘤患者如何对治疗方法的金标准系统）确定的无进展生存的无进展生存率的无进展生存数据的方式 - 在获得免疫检查点的NSCLC患者中抑制剂。他们发现，当策展人使用成像数据时，他们更接近恢复测量，但是当他们使用肿瘤学家的注释时，无进展的生存估计“有点滞后”。
来自BPC的一部分，已策划了来自六个癌症的8,000名患者的数据 - 肺，结直肠，乳房，胰腺，前列腺和膀胱。这些队列应在明年左右的时间内公开使用，NSCLC数据计划于本月晚些时候发布。根据Riely的说法，BPC合作者计划在其他癌症类型中策划另外18K肿瘤。