旧金山(基因组网)-斯坦福大学和Intermountain Healthcare的研究人员已经使用10x Genomics的链接阅读技术，从一个不能被传统测序分析的单一患者中分离出胃癌转移的复杂重排列。vwin德赢ac米兰合作
Intermountain公司精准医学和精准基因组学执行董事林肯·纳德(Lincoln Nadauld)说，这项主要证明研究最近发表在基因组医学，强调了利用远程序列信息评估癌症基因组的潜在好处。例如，他说，发现的改变包括一种已知的胃癌基因FGFR2的扩增，对此有多种治疗方案。
他说:“这是这项技术更广泛应用的一个例子——分析在世患者的肿瘤，寻找可能改变他们治疗方式的复杂的大型结构事件。”vwin德赢ac米兰合作
研究人员现在正计划使用10x基因组技术进行更多的研究，包括评估其他癌症患者的肿瘤。vwin德赢ac米兰合作此外，他说，他们目前正在用它来评估一个家庭，该家庭的临床症状和结果暗示有遗传性癌症，但测序未能发现致病变异。纳德说，Intermountain的基因组学团队也在与心脏病学团队合作，评估来自极端心血管疾病表型患者的样本，看看结构变异是否可以解释这种表型。
最终，如果研究人员证明该技术具有临床效用并且经济上可行，他们将考虑将其纳入现有的临床工作流程。vwin德赢ac米兰合作山间医疗中心提供了一种定向测序测试叫做ICG100对晚期癌症患者来说已经有好几年了。它还开发了一个基因融合小组、另一个靶向测序泛癌症小组、一个急性髓系白血病小组和一个全基因组测序方案，所有这些都在各种研究项目中运行。
为基因组医学Nadauld与斯坦福大学的研究人员合作，该研究由Ji Hanlee的实验室领导。斯坦福和Intermountain达成协议斯坦福基因组技术中心(Stanford Genome Technology Center)的研究人员将与Intermountain合作，将尖端基因组技术引入转化和临床研究。vwin德赢ac米兰合作
在这项研究中，研究人员决定分析一名卵巢癌转移患者的样本中的体细胞变化。纳道尔德说，他们选择这个病例是因为这种癌症非常“不寻常”，导致研究人员怀疑这是一种复杂的结构变异。
“识别癌症重组是我们面临的最艰巨的任务之一，”季勇说。他说:“使用基因组测序方法的许多问题源于这样一个事实:在标准制剂中，你失去了有助于检测这些重排的基因组连续性。”
Ji补充说，该团队决定使用10x技术，一方面是因为它可以分析大约50千碱基大小的DNA大分子，vwin德赢ac米兰合作另一方面是因为DNA输入要求足够小，可以用于临床癌症样本。他说，只需要大约1纳米克的DNA，这“可以从活检样本中进行分析”。
研究人员对转移性肿瘤和匹配的正常组织进行了链接阅读全基因组测序。来自原发肿瘤的DNA质量太低，无法进行链读测序，但研究人员对原发肿瘤和转移性肿瘤进行了常规测序。
研究人员在两个转移性肿瘤样本中都发现FGFR2基因周围区域的扩增，但在原发肿瘤样本中没有，这一发现被ddPCR证实。
虽然传统的全基因组测序能够识别一些结构变异事件，但它不能识别所有的变异事件，也不能提供足够的细节来重建导致FGFR2扩增的一系列事件。
相比之下，链接读取的数据获得了扩增的更细粒度的细节，包括每个转移性肿瘤特有的结构变异事件，使研究人员能够对变异进行分期，并将导致重排的过程拼凑在一起。
分析发现每个转移性肿瘤都有不同的断点，这表明重排是独立发生的。研究人员还能够利用链接读取数据对结构变化事件进行阶段性分析。在一个转移性肿瘤中，他们评估了一个重复、一个缺失和一个倒置，发现它们都发生在同一个单倍型上。
对于第二个转移性肿瘤，链接读取数据发现了5个不同的结构变异——2个重复，2个缺失和1个倒置——并再次发现它们都是相同的单倍型。
研究人员接下来通过组装FGFR2区域来验证这种重新排列新创．他们还进行了功能研究，确认了FGFR2在患者转移性疾病中的驱动作用。
“我们意识到，传统的全基因组测序被认为是正常的扩增，但当我们深入到结构中时，发现了一系列复杂的事件，”季说。
这些发现可能对治疗或预后有影响。例如，他说，扩增存在的环境可能会影响患者对特定的靶向治疗是否有反应。
他说，他的团队现在正在使用10x技术来评估其他胃肠道恶性肿瘤，并“非常一致地看到了其他vwin德赢ac米兰合作方法无法识别的事件”。
在未来，他设想有可能将这项技术应用于临床。vwin德赢ac米兰合作他说，在癌症应用方面，一种可能是该技术可以取代传统的细胞遗传学或荧光技术vwin德赢ac米兰合作原位杂交试验，用来检测白血病的特定结构变异。用10x技术取代基于fish的测试的优点是，它将提高分辨率，并提供结构变异信息和点突变。vwin德赢ac米兰合作而且，由于链读测序将提供关于结构变异的全基因组信息，它将使研究人员能够评估已知的具有预测和预后相关性的变异，以及肿瘤的一般稳定性，Ji说。
Nadauld补充说，为了在临床工作流程中使用10x基因组技术，必须进行研究，以证明其临床效用和成本效益vwin德赢ac米兰合作，类似于该小组为ICG100小组所演示的。