纽约-精确肿瘤学初创公司oncwerna Therapeutics(前身为Oncologie)旨在临床验证其RNA测序肿瘤微环境(TME) Xerna平台在几种实体癌症中的使用，希望开发一种泛癌症检测方法来指导实体肿瘤的精确治疗。
这家总部位于波士顿的公司最近与计算精确医学公司Genialis合作，改进其100基因Xerna TME面板，并分享了新的数据，表明该面板可以帮助指导结直肠癌(CRC)的两种已获许可的研究疗法。
oncerna首席执行官兼创始人劳拉·本杰明解释说，她最初在礼来担任肿瘤学副总裁时开发了Xerna平台背后的基本概念。在发表了早期的临床前的概念研究在癌症研究2016年的一项研究强调了利用RNA来观察肿瘤微环境，本杰明离开礼来公司来充实基因表达平台。
2018年，Benjamin以Oncologie的名义成立了这家初创公司，该公司与Avid Bioservices签署了一项资产和购买协议bavituximab，其研究性免疫调节单克隆抗体。这种药物的目标是磷脂酰丝氨酸，这是一种抑制免疫细胞识别和对抗肿瘤能力的磷脂。
那年晚些时候，onckerna与高温凝胶分子诊断为其免疫肿瘤候选药物开发生物标志物。
2020年1月，Oncologie与Mereo Biopharma签署了研究药物navicixizumab的全球许可协议，Benjamin指出，这是一种旨在抑制Notch癌症干细胞通路中的δ样配体4以及血管内皮生长因子的抗体。
她补充说，该药物已被证明对使用贝伐珠单抗(Genentech公司的Avastin)进展的卵巢癌患者具有抗肿瘤活性。oncwerna现在将该药物瞄准了主要肿瘤生物学由血管生成驱动的患者。
然后公司合作与莫菲特癌症中心2020年2月，开发针对胃癌肿瘤微环境的肿瘤治疗方法。
去年秋天，该公司更名为onccerna，因为旧名称面临商标挑战，并在基于rna的面板上反映新兴的临床数据。
Xerna平台的工作流程包括收集4到6片福尔马林固定石蜡包埋组织(FFPE)，这些组织最初是从患者的肿瘤活检组织中提取的，然后使用Illumina公司的NextSeq仪器对提取的样本进行rna测序。
oncwerna将专有算法应用于该小组测量的约100个基因，然后将组织分为四种表型类别之一:血管生成、免疫抑制、免疫活跃或免疫缺失。oncwerna表示，生物特征反映了患者基质生物学的血管生成和免疫原性，可以帮助确定哪些患者将从巴维妥昔单抗、navicixiumab和检查点抑制剂等其他类别的药物(包括pembrolizumab(默克的Keytruda))治疗中获益最大。．
本杰明说，她的团队通过选择“对所有肿瘤都表现良好”的基因，建立了TME小组。oncener最初选择胃癌，是因为它是巴维妥昔单抗的主要适应症，而且胃癌在亚洲人群中患病率很高。她的团队还选择了卵巢和CRCs作为“非常不同”的肿瘤类型，她认为这将适用于该公司的治疗组合。
优化卵巢癌和结肠癌的专有生物特征，onccerna开始工作与Genialis在2019年。Benjamin说，Genialis提供人工智能专业知识，可以改进其生物标志物算法。
Genialis联合创始人兼首席执行官Rafael Rosengarten解释说:“我们已经证明，基因签名与onccerna的内部卵巢癌项目合作良好，CRC是下一个明显的迹象。”“这是一种异质性癌症，对于转移性结直肠癌，免疫检查点抑制剂(如阿瓦斯丁)在所有人群中都不起作用。所以它需要分层的方法，你需要确定哪些患者会受益。”
AACR结果
本月早些时候，两家公司在美国癌症研究协会虚拟年会上分享了一项关于CRC治疗的初步研究结果。
在这项研究中，本杰明的团队探索了是否可以将TME面板与共识分子亚型模型，它代表了CRC及其微环境的基因表达数据，将CRC患者分为总生存预后和无进展生存的组。
研究人员使用两个数据集回顾性地探讨了该检测方法对结直肠癌的预后潜力:一个公共数据集，包括566个I-IV期结直肠癌患者的肿瘤样本，收集自法国国家癌症协会的肿瘤鉴定卡;以及92例转移性结直肠癌患者的样本，这些患者在伍德哈德逊癌症研究实验室手术后接受了各种方案的治疗，包括靶向治疗。RNA表达数据的鉴定卡Tumeurs数据集以前是使用基于阵列的方法生成的，并且是共识分子亚群模型使用的数据之一。对于Woods Hudson样本，通过RNA-seq测量基因表达，并对每个样本进行组织学评估。
TME小组利用机器学习捕获了血管生成和免疫基因组特性之间的相互作用，将患者分为四种TME表型之一。大多数患者被分类为免疫抑制或免疫缺失，研究作者指出，这与CRC具有“冷”肿瘤微环境的想法是一致的。
在结直肠癌中发现的TME组的患病率与研究人员之前检查的癌症(胃癌和卵巢癌)相一致，并且该组对结直肠癌的无复发和总生存期也有预后影响。
研究小组还发现，TME小组的表型也反映了基于疾病阶段、远端/近端和共识分子亚型的已知CRC分子特征的预期生物学。
然而，研究人员认为，该检测方法对肿瘤微环境的关注可能有助于它作为对tme靶向药物(如免疫治疗和抗血管生成)反应的预测器。
本杰明解释说:“我们认为有必要了解这种特定于冒号的方法有什么重叠和不重叠。”“通过关注肿瘤微环境，[我们想知道]是否只使用TME亚型能得到更好的结果……因为你不会失去一些从这些疗法中受益的患者。”
在概念验证工作之后，Benjamin的团队计划前瞻性地调查TME小组是否可以预测CRC靶向治疗的结果，包括bavituximab和navicixizumab的试验，以及对其他临床组的更广泛的探索。
本杰明说:“这是一个有趣的问题，看看你是否能够进一步识别患者的检查点抑制剂，不仅通过了解他们是否是错配修复缺陷的结直肠癌患者，而且还通过了解他们是免疫激活的还是免疫抑制的。”
本杰明指出，精准医疗的大多数研究都集中在应用DNA来支持针对患者肿瘤中突变基因的药物。然而，她认为DNA“在某种程度上是无关紧要的”，因为分析物可能不能完全反映患者免疫系统的状态。
本杰明说:“突变越多，你的免疫系统就越有可能锁定并对肿瘤产生免疫反应，但这并不能告诉你免疫系统已经被激活了。”“与此同时，RNA表明了现在正在发生的事情，你可以看到免疫系统是否被激活，而不是它有更高的可能性被激活。”
由于oncwerna的技术分析肿瘤微环vwin德赢ac米兰合作境，Benjamin指出，该平台可以测量对bavituximab和navicixiumab等治疗的实时反应。
加州大学旧金山分校(University of California, San Francisco)的医学教授艾伦·维努克(Alan Venook)与该公司或研究无关，他也认为rna测序是一种更好的、比DNA测序“更真实地测试”患者免疫系统中“发生了什么”的方法。然而，他指出，目前测试的困境是正确执行该方法，并有足够的组织来做到这一点。
Venook说:“观察癌症患者的转录组比观察特定的突变本身更具反射性，因为这完全是身体如何反应的问题。”“一种特征可以预测胃病，也可以预测其他癌症的预后，这种想法可能对(这些)疾病很有帮助，但问题是如何将这些目标转化为行动”。
本杰明解释说，onccerna急于获得navicixizumab的许可，因为该公司一直在寻找一种治疗晚期卵巢癌的抗血管生成药物。该小组在卵巢癌IB期研究的后期发现了这种药物，并且可以从大多数患者身上获取组织。
然后，本杰明的团队将卵巢患者组织进行RNA测序，使用该小组的算法对结果进行排序，然后确定对药物反应良好的患者。她强调，该公司通过100基因疗法成功地将患者的有效率从43%提高到62%。
本杰明说:“我们跳过了发现工作，确认了生物标志物的作用，现在我们有了III期研究。”“就创造价值而言，这是一种省时高效的方法。”
虽然Venook认为增加TME小组中使用的生物特征的基因数量可能会产生更好的结果，但他认为使用共识分子亚型模型和Xerna平台等方法需要广泛验证。
他指出，像总部位于德克萨斯州欧文的Caris生命科学公司提供multiomic癌症分子分析服务，帮助医生和患者确定更精确和个性化的治疗方法。该公司的MI转录组CDx检测，去年春天提交给美国食品和药物管理局510(k)批准，使用RNA-seq检测FFPE肿瘤组织标本的基因组和转录组改变。
“读到这些海报，你会认为我们已经接近把它们投入使用了，但我们甚至还没有接近，更不用说我们还没有[共识分子亚型]的商业渠道。我们真的相信它们所代表的基因是主要基因吗?”Venook问道。“话虽如此，研究这些免疫图谱很重要，因为它们是相关的，但不幸的是，就将它们转化为行动而言，我们还有很长的时间。”
商业计划
Benjamin说，目前onccerna仅提供用于研究的TME Panel，但该公司目前正在与一位未透露姓名的合作伙伴进行讨论，最终将于今年晚些时候在合作伙伴的clia认证和cap认证的实验室中提供该检测。
onccrerna自2018年推出以来，已通过A轮和B轮融资筹集了约1亿美元。投资者包括Pivotal BioVenture Partners中国、南丰生命科学、Panacea Venture Healthcare和Korea Investment Partners。
onccerna还在上海设立了一个团队，促进其在亚洲的合作，包括与韩国首尔的三星医疗中心(Samsung Medical Center)的合作。在决定其在亚洲和欧洲市场的计划之前，该公司正在等待有关伴随诊断的最新国际监管指导。
这家初创公司已经向美国专利商标局提交了知识产权申请，其中包括Xerna平台方法及其相关产品组合。
onccerna的目标是授权肿瘤微环境产品，并在未来扩展到其他“感兴趣的生物学”。由于该公司希望对该小组进行调整，使其可以用于泛癌症检测，本杰明说她的团队正在其他癌症上测试该方法，包括黑色素瘤、乳腺癌和非小细胞肺癌。
“归根结底，我们是一家治疗公司，我们已经建立了检测来支持治疗管道，”Benjamin补充道。“我们相信，我们的主要资产将在今年晚些时候用于注册。”