纽约——为了跟上DNA修复缺陷的临床检测数量的增长，非营利组织癌症研究之友正在进行一个旨在协调现有检测和为新进入者开发最佳实践的项目。
希拉里·斯泰尔斯，FOCR的监管和研究伙伴关系主任，在周六的分子病理学协会年会上展示了该小组的早期数据。通过比较现有的用于测量同源重组缺陷(HRD)的测定方法的子集，FOCR发现，这些测定方法不仅在内容和方法上存在显著差异，而且在HRD调用上也远非完全一致。
的人力资源开发协调工作遵循类似的FOCR项目的脚步，即该小组寻求对齐肿瘤突变负荷测试的类似项目。
HRD已迅速成为指导PARP抑制剂使用的关键生物标志物，也可以为具有类似DNA修复抑制作用的新药物的使用提供信息。
一些临床医生认为在美国，与TMB相比，HRD对于协调提出了更棘手的挑战，因为分析不仅在技术细节上不同，而且在如何从根本上定义HRD上也不同。
就像三甲项目在美国，FOCR试图让一系列商业分析开发人员参与进来。来自Sophia Genetics、Thermo Fisher Scientific、MD Anderson、Omniseq、Tempus、DNAnexus、Bionano Genomics、Foundation Medicine、Invitae、NeoGenomics、Amoy Diagnostics和Guardant Health的研究人员被列为AMP海报的共同作者。
Stires在会议上说:“我们知道同源重组缺陷是由几个原因定义的——HR途径中的基因失活，包括BRCA1和2——以及结果，或基因组不稳定性——反映在杂合度的丧失等方面。”但在FOCR的努力之前，HRD检测之间的方法变异性还没有被深入研究。
第一阶段的项目导致出版物在肿瘤学家今年1月描述分析之间的多样性并为下一步的努力提出了共同的语言。
Stires在会议上讨论的第二阶段是分析校准的第一步。
基于对20个测试机构的调查，FOCR得出结论，几乎所有的检测都包括BRCA 1和2失活，但没有一个检测甲基化。根据该小组的说法，基因组杂合性的丧失是大约四分之三的测试的一个特征，但大多数测试使用多因素。该团队还了解到，HRD和[杂合度损失]的得分和截止点在各个测定中都有相当大的范围。
其他非brca途径基因、端粒等位基因不平衡和大规模转变各占调查测试的一半左右。
FOCR研究人员随后比较了11个参与供应商的检测电话，他们从癌症基因组图谱(TCGA)中提供了一套约340个匹配的卵巢癌样本。
测试者通过他们自己的HRD管道运行他们的示例，并报告一个是或否的结果。他们还描述了他们做出的判断是基于BRCA突变等HRD原因，还是基于后果。
根据斯泰尔斯的说法，样本中HRD阳性的范围很广，从9%到67%，中位数为49%，平均值为44%。
为了评估分析一致性，FOCR的研究人员将两组分析呼叫进行了比较。合作者作为一个小组同意不使用参考标准，所以每个测试都与研究中的其他测试进行了比较。
“这项分析并没有告诉你一项测试比另一项更好，但它为一致性提供了方向，”斯泰尔斯说。
根据她的衡量，测试的总体一致性是“适度到高”。
该团队计算了每个检测对的一致性分数，0表示相反的结果，1表示匹配的结果，并在整个样本中求平均值。斯泰尔斯说，该小组这样做不仅是为了人力资源开发，而且是为了基于原因的一致性，特别是基于结果的一致性。
总的来说，在他们的人力资源状态电话中，测试的平均一致性约为75%，在评估原因时高达87%，在使用结果时仅为68%。
尽管关于HRD状态的分析间协议是可变的，但Stires说，这似乎并不是由特定测试呼叫中包含的因素所强烈驱动的。她说，这凸显了发展最佳做法的重要性。
FOCR的下一步是使用新鲜提取的FFPE样本进行类似的研究，目前计划于2023年初开始。
“该数据集的价值在于，由于我们有结果数据……我们也将使用(它)进行一些探索性分析，”Stires说。这应该有助于解决该小组在第一次比较中产生的任何偏差，因为许多测定方法最初都是在TCGA数据上进行训练的，并且允许对测定方法的比较进行一些初步评估，不仅在呼叫方面，而且在预测患者结果方面。