柏林(基因组网)-欧洲、加拿大和日本的11个机构的实验室已经测试了赛默飞世尔科学公司的Oncomine Lung cfDNA检测方法，发现它可以检测循环游离DNA对照样本中的低水平突变，具有高灵敏度和特异性。
昨天在柏林举行的分子病理学协会AMP全球大会上，Charité柏林大学医学院病理学研究所的Claudia Vollbrecht展示了这项研究的结果，该研究是由OncoNetwork联盟(一个由Thermo组织的研究人员网络)进行的。
Vollbrecht解释说，能够检测出肺癌中的低频可操作突变是很重要的，但这很困难，因为大约四分之一的肺癌患者没有可用的组织样本。例如，EGFR T790M突变的晚期非小细胞肺癌患者可以使用酪氨酸激酶抑制剂Tagrisso(奥西替尼)进行治疗，该药物一年前获得了欧洲药品管理局的批准。
作为组织分析的另一种选择，可以从肺癌患者的血浆中确定无细胞循环肿瘤DNA的突变，但这种DNA的浓度通常很低，并且包含等位基因频率为5%或更低的突变。这种检测方法还可以用于无创监测正在接受治疗的患者的微小残留疾病的发展，她说，这种情况已经在乳腺癌中得到证实。
为了测试Thermo公司的Oncomine cfDNA肺检测是否符合要求，Charité实验室加入了OncoNetwork联盟，用Horizon Discovery公司的一些参考标准DNA样本对其进行评估。
实验中，Thermo去年夏天推出的寻找来自11个基因的35个扩增子中的169个热点突变，包括EGFR的激活和抗性突变。它使用分子条形码来标记样本中的每个DNA分子，因此可以区分在扩增过程中引入的假阳性突变善意的样本中的突变。为了达到0.1%的检测限，该试验需要20毫微克输入cfDNA。
该联盟实验室在Horizon Dx cfDNA参考标准样本上测试了该方法，该样本包含来自人类细胞系的DNA，其碎片平均大小为160个碱基对，因此类似于来自人类血浆的cfDNA。该标准在四个基因(EGFR、KRAS、NRAS和PIK3CA)中有8个突变，等位基因频率分别为5%、1%和0.1%，以及野生型DNA。它被运送到所有11个参与的实验室，这些实验室使用Oncomine分析和Ion Chef准备了库，并对每个样本进行两次测序，使用Ion PGM或Ion S5测序器，然后使用Torrent Server软件调用变体。
实验室能够检测到三种等位基因频率下的所有8个突变，平均灵敏度为94.8%，平均特异性为99.8%。重要的是，在0.1%的等位基因频率下，所有实验室都能够检测到EGFR T790M突变，这是Tagrisso敏感性的标记。
Vollbrecht说，她的实验室还没有将这种检测方法与其他方法进行比较，例如数字PCR，但计划这样做。她说，由于检测成本高，她的实验室目前没有对所有肺癌样本进行Oncomine肺cfDNA检测，而是最初使用结肠和肺癌面板，这是为FFPE样本设计的，并将Oncomine检测作为二次检测。