Illumina公司目前，该公司在整个测序市场的份额约为66%，但根据最近对150人的调查，该公司在桌面市场的份额被Life Technologies的Ion Torrent PGM平分按顺序读者。
这项与投资公司瑞穗证券合作进行的调查发现，Illumina公司的HiSeq 2000、GA IIx和MiSeq总共占据了测序市场的66%——分别为42%、10%和11%。
与此同时，Life Technologies占据了23%的市场份额，其中SOLiD 5500xl占9%，Ion Torrent PGM占12%。罗氏的市场份额约为8%，太平洋生物科学公司的市场份额略高于2%。
〇调查按顺序这是该公司对测序市场的第五次评估，强调了随着Illumina和Ion Torrent桌面系统的推出，该行业在去年发生了多么迅速的变化。我们之前的调查发表于2011年1月(是1/25/2011)的调查发现，Illumina的市场份额与之相似，为60%，但三分之一的受访者得分为454或SOLiD。
虽然我们之前的调查发现，大约一半的受访者认为PacBio将带来测序领域的“下一个大飞跃”，但这项荣誉今年只属于牛津纳米孔技术公司。
以下是对调查结果的高层分析。完整的结果可在a补充文件在此．
台式电脑抢占市场份额
调查邀请于8月底通过电子邮件发送给按顺序用户和回复通过SurveyMonkey收集。瑞穗证券(Mizuho Securities)分析师劳森(Peter Lawson)和克里斯库洛(Eric Criscuolo)整理了调查结果。
在150名受访者中，约60%在学术机构或研究机构工作，26%在学术医疗中心工作，9%在政府实验室或机构工作，3%是商业服务提供商。
约63%的受访者来自北美，30%来自欧洲，7%来自亚洲。
调查结果清楚地表明，台式测序仪对市场动态产生了可衡量的影响。虽然目前只有23%的测序仪是台式机(11%的MiSeq, 12%的Ion PGM)，但55%的受访者表示，他们计划在未来12个月内购买台式机系统。
就这一领域的竞争而言，离子激流似乎有优势。约18%的受访者表示，他们将购买MiSeq，同样数量的受访者表示，他们将购买Ion Proton。另有7%的受访者表示，他们会购买PGM。
有趣的是，25%的受访者表示他们正在考虑购买牛津纳米孔测序仪——12%的人购买GridIon测序仪，13%的人购买MinIon测序仪——尽管该公司自2月份在基因组生物学和技术进展会议上宣布这些系统以来，一直没有提供发布这些系统的最新消息。vwin德赢ac米兰合作是2/21/2012）.
Illumina公司的HiSeq目前以42%的市场份额领先，在受访者的下一次测序购买中获得了约14%的投票。
PacBio RS和Roche/454 GS Junior分别在一名受访者的购买清单上，而没有人表示他们计划在明年购买Roche/454 GS FLX或FLX+。
只有24%的受访者表示，他们不打算在未来12个月内购买测序仪。
与此同时，由于HiSeq的升级，Illumina公司的GAIIx是过去12个月里最常见的退役仪器。约36%的受访者表示，他们在去年让GAIIx退休。
约26%的受访者表示，他们在过去12个月里退休了SOLiD系统，而22%的人退休了Roche/454系统。
会议的期望
总的来说，目前大多数系统都达到了用户的预期，尽管Roche的平均水平略低于预期，而PacBio则高于预期，这主要是由于读取长度的得分很高。调查参与者被要求根据他们对给定系统的经验和期望做出回答，因此结果不适合跨平台比较。
总的来说，在“大盒子”系统中，HiSeq在吞吐量、准确性和服务方面得分很高，但在仪器和消耗品价格和运行时间方面排名很低;SOLiD在准确性和服务方面排名良好，但在数据分析的方便性和试剂价格方面排名较差;Roche在阅读长度、数据分析的便捷性和准确性方面得分较高，但在试剂价格和样品准备方面得分较低;PacBio在读取长度方面表现出色，在运行时间方面表现良好，但在可靠性和仪器价格方面排名较低(参见补充信息详细信息，包括特定仪器的性能评估)。
在台式电脑中，MiSeq在样品准备和通量方面得分很好，但在试剂价格方面排名低于预期，而PGM在通量、价格和读取长度方面排名很好，但在准确性和样品准备方面排名较差。
一些受访者报告了离子PGM均聚物读取的问题，并指出该系统的乳液PCR是一个缺点。该公司目前正在开发一种新的无乳剂化学物质，称为Avalanche (是9/18/2012)，瑞穗的劳森表示，“这应该有助于缓解围绕样品制备/均聚物的许多负面影响。”
为什么要买?
我们询问受访者为什么他们购买现有的测序仪。在大盒系统中，准确性和吞吐量是Illumina和SOLiD购买决策的最重要因素，而读取长度是Roche和PacBio最重要的因素。
在最不重要的购买决策方面，仪器价格是Illumina仪器排名最低的因素，而数据分析的易用性对SOLiD用户来说是最不重要的因素。对罗氏客户来说，试剂价格是最不重要的因素，而对PacBio客户来说，仪器价格是最不重要的因素。
在桌面端，准确性和读取长度是购买MiSeq的最高排名因素，而可靠性和试剂价格是最不重要的考虑因素。
对于Ion PGM，运行时间和吞吐量是购买决策中最重要的因素，而可靠性和数据分析的便利性是最不重要的因素。
任务和项目
调查结果表明，用户发现某些测序平台更适合于特定的任务和项目，这表明满足各种研究需求的不同类型的系统可能有很大的空间。
例如，绝大多数受访者使用solid和Illumina HiSeq和GAIIx系统进行外显子组测序、RNA-seq和全基因组测序，超过70%的受访者表示他们使用这些系统进行这些任务(详细信息可参见补充信息）.
与此同时，约71%的受访者表示，他们使用罗氏进行靶向/扩增子测序，而62%的人使用该平台进行测序新创全基因组测序和宏基因组测序。
劳森说，罗氏的用途新创排序并不奇怪，因为系统的长读取使它非常适合这个目的。然而，他说:“与HiSeq和SOLiD平台相比，吞吐量的缺乏限制了这一点新创测序到基因组较小的生物体，或者填补空白，并对准Illumina或SOLiD的读数。”
同样，受访者表示，他们主要使用PacBio新创全基因组测序和靶向/扩增子测序。
受访者使用Ion PGM和MiSeq主要用于靶向/扩增子测序——78%的MiSeq用户和93%的PGM用户表示他们使用他们的系统用于这一目的。然而，Lawson指出，反馈表明MiSeq被用于“相对于Ion Torrent更广泛的应用程序”。
他补充说，Ion“可能专注于更有针对性的测序应用，在这些领域，均聚物/精度不是什么问题。”
就使用这些系统的项目类型而言，现有系统中有一个明确的分类:Illumina和Life Tech的“大盒子”系统主要用于人类基因组的基础研究;罗氏(Roche)和PacBio系统在微生物学领域找到了一席之地;MiSeq和PGM被发现用于临床或诊断应用(见补充信息详情)。
约37%的受访者表示，他们目前正在进行临床测序。在这些受访者中，毛细管电泳仍然是最常见的平台，34%的受访者表示他们使用CE来实现这一目的。Ion PGM紧随其后，占28%的受访者，其次是HiSeq和GAIIx，占17%，MiSeq占11%，SOLiD占6%，454占2%。
然而，临床测序格局将在明年发生变化，因为30%的受访者表示，他们计划在未来12个月内购买MiSeq用于临床。其次是24%的人表示他们将为该应用购买HiSeq, 22%的人将购买Ion Torrent PGM或Proton，只有13%的人计划购买新的CE仪器用于临床测序。约5%的人表示他们计划购买454用于临床测序，3%的人表示购买SOLiD。
样品准备和富集
劳森说，总体而言，受访者认为Illumina是DNA样本准备技术的最佳供应商，47%的受访者认为该公司在这一类别中排名最高，“可能是受Nextera样本准vwin德赢ac米兰合作备套件和MiSeq上的车载集群生成的推动。”
安捷伦紧随其后，40%的受访者称该公司是为下一代测序提供DNA样本准备的最佳供应商。
就DNA富集技术的市场份额而言，安捷伦拥有约32%的市场份额，Illumina以24%的vwin德赢ac米兰合作市场份额紧随其后。约19%的受访者表示，他们仍然使用传统的PCR方法进行DNA选择。
样本准备被认为是下一代测序所需的最重要改进，其次是数据准确性、读取长度和耗材成本。受访者将较低的仪器成本列为该领域最不重要的改进。
下一个大飞跃
约70%的受访者认为牛津纳米孔公司最有可能提供测序技术的“下一个大飞跃”，其次是Ion Torrent公司，获得了约31%的反馈，Illumina公司获得了23%的反馈。vwin德赢ac米兰合作
在一些新兴技术中，GnuBio获得了5%的回答;454/IBM获得4%;Intelligent Bio-Systems/Qiagen、LaserGen、Genia、NabSys和Quantapore各占2%;454/DNA电子和noble legen各占1%。
