美国临床肿瘤学会6月1日至5日在芝加哥召开年会。以下是会议上发表的关于分子诊断在癌症预后中的应用的摘要。
加拿大学术中心21基因复发评分法(Oncotype DX)对雌激素受体阳性(ER+)淋巴结阴性(pN0)乳腺癌影响的前瞻性临床应用研究
由James Ashley Davidson领导的基因组健康和不列颠哥伦比亚省癌症机构的研究人员展示了数据，显示使用基因组健康的Oncotype DX 21基因复发评分测试可以影响医生在治疗I-II期、节点阴性、ER+乳腺癌患者时的决策。
该研究衡量了Oncotype DX RS对医生对不列颠哥伦比亚省公共资助的卫生保健系统中I-II期、节点阴性、ER+疾病的乳腺癌患者的治疗建议的影响，这些患者将接受5年的他莫西芬标准治疗。
研究发现Oncotype DX RS结果“显著影响ER+淋巴结阴性乳腺癌的辅助治疗建议，”研究人员在他们的报告中写道摘要．
从2010年5月到2011年7月，该小组追踪了来自两个参与BCCA中心的150名患者，发现医生在获得45例(约占患者的30%)的复发评分后，改变了他们的化疗建议——增加或取消辅助化疗。
研究人员报告说，在获得Oncotype DX复发评分后，“医生信心的总体显著改善”和“患者决策冲突”的减少，表明该测试积极影响了患者和医生对治疗过程的信心。
该小组报告说，它将在晚些时候单独提出这项研究正在进行的卫生经济分析的结果。
在确定Oncotype DX (ODX)复发评分(RS)后，评估可能影响化疗(CT)给药的变量
来自基因组健康和Cardinal Health专业解决方案的研究人员，由乔治亚癌症专家的肿瘤专业实践Kristina Bowen领导，展示了研究结果，表明在Oncotype DX复发评分高的早期乳腺癌患者中，低于预期的化疗使用似乎与医生偏好和患者年龄有关，而与肿瘤大小或级别无关。
根据该组织的摘要在Cardinal Health专业解决方案和CareFirst Blue cross Blue Shield“临床护理路径”中，发现在Oncotype DX“高危”患者中，化疗的使用低于预期，这促使了该研究的开展。
为了研究最影响医生决定给这些患者开或不开化疗处方的变量，研究人员利用2009年至2011年的GCS患者电子医疗记录进行了一项护理模式研究。
该小组回顾性地确定了那些接受了Oncotype DX检测的早期、淋巴结阴性、ER+乳腺癌患者，并根据他们的Oncotype复发评分对患者进行分组，跟踪随后在每个类别中接受化疗的人数。研究小组根据“年龄、肿瘤大小、肿瘤分级和医生处方模式”分析了高危患者化疗的使用情况。
研究人员报告说，在1908名早期癌症患者中，288人接受了检测，其中50%属于低风险组，34%属于中等风险组，16%属于高危组。在对患者电子记录的回顾中，研究小组发现，6%的低癌、41%的中癌和83%的高危患者接受了化疗。
45岁及以下的患者100%接受了化疗，而46岁至65岁的患者只有86%接受了化疗，66岁以上的患者只有25%接受了化疗。肿瘤小于2厘米的患者接受化疗的几率为82%，肿瘤在2 - 5厘米之间的患者接受化疗的几率为86%。1级、2级和3级肿瘤患者化疗的时间分别为100%、60%和91%。在接受评估的医生之间，化疗使用模式没有显著差异。
总之，研究人员得出结论，Oncotype DX复发评分高的患者化疗使用低于预期似乎与医生偏好和患者年龄有关，但与肿瘤大小或分级无关。
EORTC 10041/BIG 3-04 (MINDACT)试验的前800名患者乳腺癌的分子亚型(BluePrint+MammaPrint)和病理亚型的比较
由意大利米兰欧洲肿瘤研究所的Giuseppe Viale领导的Agendia和一些欧洲癌症研究所的研究人员展示了Agendia MINDACT试验的前800名患者的数据。初步结果显示，该公司的MammaPrint测试定义的乳腺癌亚型与基于Ki67和其他测量方法的病理替代品测量的乳腺癌亚型之间存在一些差异。
MINDACT试验是一项前瞻性随机研究，比较了70个基因的MammaPrint签名与常见的临床-病理标准，以选择有3个阳性淋巴结的乳腺癌辅助化疗患者。在试验中，研究人员基于临床-病理风险评估或MammaPrint检测，将不一致的病例随机分组接受化疗或激素治疗。
研究人员观察了试验中的前800名患者，将Agendia的BluePrint和MammaPrint测试测量的乳腺癌亚型与基于ER、PR、HER2和Ki67测量的病理替代品进行了比较摘要．
在分析的621个肿瘤中，研究人员发现，除了一个被认为是基础型的病理病例外，所有的病例根据BluePrint也是基础型的。在所有blueprint指定的基础病例中，15例在病理上未被定义为基础病例。1例为A腔，11例为B腔，3例为HER2腔。
总之，研究人员发现，在这前800名患者中，大多数不一致的病例都是在管腔亚型中出现的，这表明Ki67对管腔A和B的区分与MammaPrint不同。
这表明“对治疗决策的潜在重要影响”，研究人员希望持续进行的MINDACT试验将有助于更好地描述这一点。
验证基因组分类器(colopprint)预测II期结肠癌患者T3-MSS亚组的预后
Agendia的研究人员和由西班牙巴塞罗那Català D´肿瘤学研究所的Ramon Salazar领导的一组欧洲研究所的研究人员分享了一项研究的数据，该研究验证了Agendia的18基因ColoPrint签名，用于识别复发风险较高的早期结肠癌患者。小组在报告中总结道摘要将该试验与临床和病理措施相结合，对II期患者以及T3和MSS表型亚组“显著提高预后准确性”。
作者写道:“colopprint结合已有的临床病理因素和MSI，显著提高了预后的准确性，从而有助于识别可能需要额外治疗的高风险患者。”
根据该小组的摘要，“辅助治疗不适用于被认为疾病复发风险低的MSI-H状态的(II期结直肠癌)患者。然而，这使得大多数患者的风险仍未确定。”
研究小组对320例II期患者和227例T3/MSS表型患者进行了单因素和多因素分析。
根据研究人员的说法，colopprint将2 / 3的II期患者分类为风险较低的患者。数据显示，低风险患者的三年无复发生存率为91%，高风险患者为74%。
与此同时，根据美国临床肿瘤学会和国家综合癌症网络指南推荐的临床病理参数，“并不能预测高危患者的差异结果，”该小组说。
在T3/MSS表型的亚组患者中，colopprint将61%的患者风险较低，3年RFS为91%，39%的患者风险较高，3年RFS为73%。研究人员报告说，在这个亚组中，没有临床参数对预后有显著影响。
PARSC试验，一项使用colopprint评估II期结肠癌患者复发风险的前瞻性研究
在会议上，来自Agendia和多个机构的研究人员强调发布这是一项盲法前瞻性试验，以验证colopprint评估II期结肠癌患者是否会在3年内复发的能力。
在对II期结肠癌患者复发风险评估的前瞻性研究(PARSC)中，由西班牙巴塞罗那Catala d’肿瘤学研究所Ramon Salazar领导的研究人员将colopprint的风险评估与研究人员使用ASCO标准对患者疾病风险的判断进行了比较。研究人员还将研究患者的治疗是否扰乱了colopprint评估复发风险的能力，以及该测试是否可以评估III期结肠癌患者的复发风险。
PARSC于2008年9月启动，正在招募患有腺癌、既往未接受新辅助治疗和无同步肿瘤的II期和III期结肠癌患者。在知情同意后，参与者将提交一份新的肿瘤样本。医生可以自由选择他们认为合适的国家综合癌症网络批准的方案或可接受的替代方案来治疗患者。
到目前为止，有340名II期和280名III期患者参加了试验。研究人员的目标是招募575名II期患者。
使用proonc测定法(Prometheus)测量HER2阴性转移性乳腺癌(MBC)妇女循环肿瘤细胞(CTCs)中HER2过表达/激活:Sarah Cannon研究所(SCRI)的一项试验
田纳西州Sarah Cannon研究所的John Hainsworth领导的研究人员使用多重免疫分析法，在57个HER2阴性乳腺癌妇女的肿瘤样本中测量循环肿瘤细胞中HER2蛋白和其他信号转导分子的表达和激活。通过PRO Onc实验，研究人员希望提高乳腺癌患者HER2状态测定的准确性，这对确定正确的治疗策略至关重要。
根据一份摘要在会议上，PRO Onc检测“可以检测HER2的过表达和激活(磷酸化)，具有单一CTC水平的灵敏度。”肿瘤样本取自正在接受标准化疗并通过荧光原位杂交(32例)或免疫组化(25例)评估HER2状态的HER2阴性妇女。据估计，在小容量实验室中，IHC和基于fish的HER2结果之间的不一致可能高达20%，尽管在处理大样本量的中心实验室中，检测结果不一致的情况可能不那么普遍。
在54个发现CTCs的样本中，有31个进行了PRO Onc检测。其中，PRO Onc在6个样本中发现HER2过表达，而4个样本有HER2激活但没有过表达。
然而，经PRO Onc鉴定为HER2激活或过表达的10例患者中，有7例经FISH检测为HER2阴性，3例经IHC检测为HER2阴性。基于IHC和FISH检测结果，这10例患者接受了3种化疗方案的中位数。
“当存在ctc时，PRO Onc分析在31%的HER2阴性MBC女性中发现HER2过表达或激活。这一发现的治疗意义尚不清楚，”研究人员在摘要中总结道。“由于超过了(大于或等于)10% HER2-阳性检测结果的预定阈值，该试验将进行计划中的第二部分，其中HER2-阴性转移性乳腺癌(通过FISH检测)和在CTCs中HER2过表达或激活的妇女将接受HER2-靶向治疗试验。”
位于圣地亚哥的普罗米修斯实验室开发了PRO Onc检测技术。Hainsworth告诉PGx记者该测试需要进一步评估，“以证明这些发现具有临床相关性。”这些研究目前正在进行中，将在未来12至24个月内完成。
使用基于增殖的mRNA信号预测早期非小细胞肺腺癌的预后
Myriad Genetics和其他几家机构的研究人员在两组样本中调查了46个基因mRNA表达谱的预后能力:一组是外科切除的肺腺癌的公共微阵列数据集，另一组是从MD Anderson癌症中心和欧洲肿瘤研究所的肺癌患者中收集的福尔马林固定石蜡包埋样本。
“早期肺腺癌患者的辅助治疗是基于术后病理分期和患者的表现状态，”MD Anderson癌症中心的Carmen Behrens领导的研究人员在《柳叶刀》杂志中写道摘要在会议上提出。“每个分期组的不同结果表明，额外的预后标记物可以提高我们对风险-收益的理解，并可能导致更好的治疗决策。”
Myriad表示，该公司正在对一项肺癌测试进行临床验证，以指导诊断为I期或II期腺癌患者的治疗决定(PGx记者2012年5月2日）.
公开表达数据采用Affymetrix HG-U133A阵列，临床FFPE样本采用定量PCR分析。研究人员使用31个细胞周期基因和15个管家基因计算细胞周期进展评分，然后评估评分对I期和II期肺癌患者预后的评估能力。
在256例公众表达数据队列中，“在单变量和多变量分析中，使用年龄、阶段、性别、吸烟状况和治疗作为协变量，CCP评分是死亡的一个重要预测因子，”研究人员在摘要中报道。在第二个204个样本的数据集中，“CCP得分(也)与死亡高度相关。”
当同样的标记应用于381例FFPE肺腺癌患者的样本，随访的中位时间为5年，CCP评分仍然是“最重要的死亡预测因子”，存在临床协变量，如肿瘤大小和胸膜浸润。
研究人员总结说:“46基因mRNA信号是早期肺腺癌疾病相关死亡的一个重要预测因子，在临床变量存在的情况下提供独立的预后价值。”研究人员指出，同样的信号将进一步评估其对临床决策的影响。
贝伦斯透露，他收到了Myriad公司的研究资金。Myriad的其他几名调查人员透露，他们拥有该公司的股票。
用高灵敏度血液BRAF试验预测BRAF V600E黑色素瘤患者的早期复发
来自马萨诸塞总医院癌症中心、贝斯以色列女Deaconess医疗中心和Dana-Farber癌症研究所的研究人员开发了一种检测方法，可以在40万外周血淋巴细胞中检测出一个BRAF突变黑色素瘤细胞。他们希望这种分子诊断将能够识别哪些患者可能经历进展性疾病，尽管BRAF抑制剂治疗早于影像学允许。
“许多使用BRAF抑制剂进展的转移性黑色素瘤患者病情发展迅速，这很难控制，”由马萨诸塞州总医院癌症中心的Ryan Sullivan领导的研究人员在《柳叶刀》杂志上说摘要在会议上提出。对进展性疾病的早期标记的识别可以在临床恶化之前进行治疗干预。
Sullivan和他的同事们的目的是调查他们的检测在跟踪braf突变黑色素瘤患者中的效用，这些患者要么接受单药vemurafenib(由罗氏基因泰克公司上市，名为Zelboraf)，要么接受darrafenib和trametinib的联合治疗，这是葛兰素史克正在开发的两种研究药物。参加试验的患者在开始BRAF抑制剂治疗之前，通过实验室测试确定了他们的BRAF V600E突变状态。在治疗后的不同时间点，BRAF突变状态也通过研究人员的专有测定进行评估，并与他们的治疗反应和疾病进展相关。
到目前为止，研究人员有16例患者的初步反应数据，其中10例接受Zelbraf治疗，6例接受dabrafenib/trametinib治疗，15例患者经历了某种形式的疾病进展。
Sullivan和他的同事在ASCO上发表的一份报告中指出:“12例患者中有11例在放射学进展之前(至少43天)就发生了疾病进展，其定义为血液BRAF V600E水平的增加。”此外，数据显示BRAF V600E血药水平的降低与影像学显示的肿瘤消退是一致的。此外，“连续的BRAF V600E水平可以很容易地跟踪和预测临床结果，”他们报告说。
“我们的实验能够量化接受BRAF抑制剂治疗的BRAF突变转移性黑色素瘤患者血液中BRAF V600E水平的变化，”研究作者总结道。在这些患者中，“BRAF V600E水平在疾病初始消退时降低，在临床或影像学疾病进展前升高。”
研究人员将他们实验室开发的测试描述为“高度敏感”和“廉价”。研究人员注意到，需要进一步的研究来开发该测试的商业用途，研究人员注意到，该检测可能被用作一种工具，在影像学允许的时间之前检测疾病进展。研究人员在摘要中说，这“可能会提高下一步治疗的有效性(考虑到较低的肿瘤负担)，以及BRAF靶向治疗进展的BRAF突变疾病患者的耐药分析机制。”
研究人员没有透露任何与企业的关系。
去年，美国食品和药物管理局批准了罗氏/Plexxikon公司的BRAF抑制剂Zelboraf作为BRAF突变转移性黑色素瘤的治疗药物。fda同时批准了罗氏公司开发的BRAF突变测试，作为衡量对该药最佳反应者的工具。FDA在一份伴生诊断指南草案中指出，选择一种药物的意向治疗人群的测试需要获得该机构的批准。
葛兰素史克正在研究BRAF抑制剂dabrafenib与MEK抑制剂trametinib联合使用的III期研究(PGx记者6/62012）.
用于甲状腺癌疾病管理的分子诊断面板
Quest Diagnostics推出了一种新的分子检测面板，帮助医生确定甲状腺是否癌变，是否应该通过手术切除。该测试测量了与乳头状和滤泡型甲状腺癌相关的4个基因标记物——BRAF、RAS、RET/PTC和PAX8-PPARγ。
2009年，美国甲状腺协会建议对细针穿刺活检结果不确定的甲状腺癌患者进行分子检测，以帮助医生做出决策。
在一项研究中会上介绍来自Quest的研究人员评估了149个甲状腺FNA样本，并通过等位基因特异性PCR检测BRAF V600E和K601E突变;对RAS H, K和N突变进行焦磷酸测序;RT-PCR检测RET/PTC1和RET/PTC3重排，以及PAX8-PPARγ易位。
研究人员发现，149个FNA标本中有90个(约60%)存在新小组检测的四种标记中的一种或多种突变。奎斯特在一份声明中说:“这四种标记的存在通常是相互排斥的，这表明对组织有限的样本进行分级筛选的潜在价值。”
研究人员在大约54%的样本中发现了BRAF V600E突变，使其成为乳头状甲状腺癌中最常见的突变。研究人员没有在样本中发现任何K601E突变。
一些乳头状、滤泡腺瘤和滤泡甲状腺癌样本含有RAS突变，其中一半为NRAS Q61突变。研究人员报告了RET/PTC重排在3.5%的乳头状甲状腺癌样本中，PAX8/PPARγ易位在近19%的滤泡甲状腺癌样本中，但在滤泡腺瘤样本中没有。
研究人员发现，在七个不确定的甲状腺结节中，两个有BRAF突变，两个有RAS突变。研究人员注意到，这四种标记的存在通常不重叠，强调一个乳头状甲状腺癌样本同时发生RAS和RET/PTC1改变。
研究人员总结说:“甲状腺癌标本中BRAF、RAS、RET/PTC和PAX8/PPARγ改变的流行突出了靶向治疗策略的潜力。”“变异的互斥模式也表明，对于可用性有限的样本，需要采用分级筛选策略。”
Quest估计，在每年进行的30万例甲状腺FNA活检中，有15%到20%的活检产生不确定的结果。一个不明确的结果可能会增加一个人的甲状腺，怀疑是癌，被不必要地切除的机会。
“由于当前检测方法的局限性，摘除健康的甲状腺对许多患者来说是一个不幸的结果，”奎斯特诊断尼科尔斯研究所内分泌部门的医学主任理查德·雷茨(Richard Reitz)在一份宣布新检测启动的声明中说。该公司希望其检测将“提高甲状腺活检检测的可靠性”，并“防止许多患者不必要的摘除健康甲状腺”。