最初发表于11月1日。
引用Myriad Genetics的专有数据库基因变异是对患者有害的行业做法的主要例子，而且基因组医学也在进步，政策和法律专家提出了一些建议，以确保生命科学公司共享关于基因和疾病之间关系的数据。
Myriad运营着一个内部数据库，其中包含与乳腺癌或卵巢癌风险相关的数千种BRCA变体的信息。虽然该公司直到2004年底才向公共资源提供这些不同的数据，但它在第二年决定将这些信息作为商业机密收集起来。
在一个纸本周出版于欧洲人类遗传学杂志杜克大学的罗伯特·库克-迪根;北卡罗来纳大学教堂山分校的詹姆斯·埃文斯;Robinson, Bradshaw & Hinson律师事务所的律师约翰•康利和丹尼尔•沃豪斯声称，Myriad公司通过运营基因与疾病关联的专有数据库，剥夺了研究人员、医生和患者获取“基本科学和医学信息”的权利，而这些信息可以提高他们对与癌症相关的变异的认识，从而实现更准确的诊断。
Myriad是美国唯一一家提供乳腺癌和卵巢癌易感性BRCA检测的公司，这主要是因为它在检测方法和与疾病相关的BRCA突变本身方面拥有独家专利。在世界其他地区，如欧盟，该公司的专利地位不像在美国那么强大，但其BRACAnalysis测试仍是最畅销的产品。
特别是在缺乏专利保护的市场，Myriad宣称其专有的变异数据库比竞争对手的BRCA测试更有优势。Myriad今年早些时候在欧洲一次重要会议上展示了数据，强调其实验室报告的未知意义的变异率约为3%，而其他欧洲BRCA测试实验室的VUS率高达30%。PGx记者6/27/2012)．VUS是与疾病有不明确关联的制造者。
Myriad的专有数据库“可能是解释该公司能够比其他公司更成功地解释VUS结果的主要因素，”EJHG论文的作者断言。鉴于Myriad目前正试图进一步渗透到欧洲地区，Cook-Deegan和同事们认为，这些国家的付款人和监管机构采取政策，要求公司向公共数据库提交不同的数据和任何解释算法的时机已经成熟。
“我不是一个痛恨万魔的人。我认为他们以合理的价格做了很好的测试，他们在获得第三方报销方面做得很好，写了清晰的报告，并且有一个可靠的临床工作人员。我也不认为他们在做任何违法的事情。”Cook-Deegan说PGx记者通过电子邮件。
“我认为令人不安的是，大多数医生和病人都不知道Myriad保存着他们的病人数据，而且没有公开分享。2004年底，该公司一直实行共享政策，但后来改变了政策。但它并没有告诉医生或他们的病人这个变化，”他继续说。“在我看来，他们的公开立场是故意不真诚的，我预计这篇文章真的会是他们第一次被专门指责。”
的作者EJHG论文推荐科学期刊;政府运营的数据库，如国立卫生研究院的基因检测登记处;科学组织;医疗小组;特别是作为国家卫生系统一部分的支付方和监管机构，应该制定新的政策或执行他们已经存在的法规，要求公司报告任何能够独立验证其检测的数据。作者建议:“首先，(国家卫生系统)可以要求检测公司自愿采取政策，公开分享突变数据。”“其次，除非临床相关数据共享，并接受解释的准确性和有效性的独立验证，否则付款人可以拒绝付款。”
相比之下，在美国，作者声称，在付款人和测试开发者之间“已经签署了数百份(覆盖)协议”，根据这些协议，保险公司没有要求公司披露有利于公众健康的关键基因解释数据。他们表示:“欧洲、南美、亚洲和其他市场的支付人和监管机构不必如此被动。”
论文中提出的另一种更昂贵的选择是，通过建立收集基因组和临床数据的大规模注册中心，让国家和国际机构在专有数据库中重新创建数据。最后，国家付款人可以提出激励措施，比如企业在将基因组标记信息存入公共数据库时可以提交的付款代码，以鼓励行业内的这种行为。
作者认为，这些类型的政策变化对于促进加快全基因组测序研究分子数据解读所必需的协作环境是必要的，这将发现大量具有不确定或未知疾病关联的变异。
“如果能适当利用，全基因组分析将对医疗保健产生重大影响。但实施它的最大挑战是正确解释在分析任何个人基因组时发现的变异，”作者写道。“随着全基因组和全外显子组测序变得普遍，真正新颖的突变率最终将下降。然而，在可预见的未来，每个基因组测序的个体都将有大量临床意义不确定的变异。”
文件中的建议虽然受到一些人的欢迎，但可能会被许多行业参与者视为对他们的竞争利益不友好。美国食品和药物管理局基因组学前副主任菲利克斯·弗鲁赫说PGx记者分子诊断学的价值在于它们能在多大程度上告知疾病并指导治疗。认识到这一点，Frueh提出了许多建议EJHG纸张将消除企业投资复杂基因组测试的动机。
Frueh在电子邮件中说:“仅仅是一个诊断测试几乎没有什么收入，真正的价值在于对测试结果的解释，这些结果是由随着时间的推移而积累起来的数据提供的。”“如果一家公司的唯一动机是捕捉(例如)序列数据，那该怎么办?会有这样的公司吗?我们会得到必要的伴随表型信息，使这种(测序)数据对患者具有可操作性和价值吗?可能不是。”
无限期垄断的风险
这篇论文的作者，以及许多研究人员、医疗保健提供者和患者认为，缺乏鼓励向公共数据库提交数据的政策，使得Myriad垄断了乳腺癌和卵巢癌基因检测市场的很大一部分。
目前，由美国公民自由联盟和公共专利基金会代表的研究人员和患者正在挑战犹他大学持有的专利，并独家授权给Myriad。原告声称Myriad的专利无效，因为他们声称人体内的基因序列是自然存在的物质，根据美国法律不能获得专利。PGx记者8/22/2012)．
在EJHG库克-迪根及其同事在论文中指出，即使Myriad输掉这场官司，其BRACAnalysis测试的许多专利也被判无效，但这并不会影响该公司提供这种测试或保持在诊断领域的竞争力，这主要是因为所有其他专利仍然有效，以及它的专有数据库。他们写道:“在包括全基因组测序和全外显子组测序在内的新技术已经开始改变基因检测的临床实践的环境下，一个专有数据库赋予了Myriad不受专利保护的无限期排他权。”
当Myriad公司仍在向公共资源提交数据时，来自该公司和几所大学的研究人员发表了一份报告文章在美国人类遗传学杂志对1400多个意义不明的变异进行临床评估。这篇论文报告了18个有害标记和100个中性标记，但没有详细说明其余的其他变体或所使用的解释算法，这意味着其他人无法验证这些发现。该研究的作者指出:“这与国家科学院在两份报告中提出的建议形成了鲜明对比，这些报告呼吁保存足以复制和解释的数据和方法。”
作者指出，在变异数据和解释算法公开之前，其他进行BRCA测试的实验室将继续提供不那么可靠的测试。“这种不对称会产生临床影响:一位女性可能会从马拉维或马耳他的另一个实验室接受BRCA检测，在那里Myriad的BRCA专利权不生效，检测完全合法，但那个实验室将无法访问Myriad的数据，因此无法解释许多VUS结果。”
尽管在获取所有医疗产品方面存在地域上的不平等，但许多患者和医疗保健提供者在BRCA测试的案例中提出了特别的问题，因为Myriad在使用其知识产权的同时，还受益于公共数据库中的信息和纳税人资助的研究。
“商业秘密保护被用于各种形式的研究，”沃豪斯，该报告的作者之一EJHG纸，通过电子邮件说。“想想，例如，制药公司对候选药物、生物标志物等进行批准前研究和研究。其中很多从未见过天日。”作为Robinson, Bradshaw & Hinson律师事务所的律师，Vorhaus代表了许多生命科学公司的利益，并了解公司如何保护其竞争性资产。在他看来，Myriad在其商业战略如何影响患者获得基因检测方面在行业中脱颖而出。
他说:“麦利亚德公司所做的——获取市场上已有产品的明确临床相关信息，并将其作为商业机密——可能在某种程度上是独一无二的，因为麦利亚德公司拥有独特的专利市场地位。”“Myriad正在做的事情可能会成为一个危险的先例，值得在学术和政策文献中讨论，(例如)……可能会走上我们建议的一条道路。”
在针对ACLU和PUBPAT的辩护论据中，Myriad表示，它没有执行其专利权来限制研究，并强调了1.8万名作者发表了9000篇关于BRCA 1/2突变的论文。然而，根据Cook-Deegan的分析，Myriad对这些突变的公开知识贡献甚少。他指出:“Myriad的出版物包括440位作者(2.5%)，在这9000篇文章中只占很小的一部分。”“这些文章中的许多或大多数都不是关于临床检测的，也没有帮助提供信息，但即使是那些关于BRCA基因检测的文章，Myriad也绝不是主导(研究)力量。所以，是的，他们从公共资助的研究中受益匪浅。”
的离群值
从严格执行其独家许可和专利权，到决定将基因关联数据作为商业机密，Myriad经常被描绘成基因检测行业的恶棍。当美国公民自由联盟打算发起针对基因专利的诉讼时，它本可以挑战Myriad或Athena Diagnostics(现在是Quest的子公司)持有的知识产权，但最终决定与Myriad合作，因为Myriad的专利执行做法更加恶劣，受到了激烈的批评。
在EJHG论文中，库克-迪根和他的同事指出，Myriad是为数不多的实验室之一该公司拒绝向公众提交基因变异信息MutaDatabase资源。与此同时，大约有100个实验室(包括学术和商业实验室)向数据库提供了数据。“大多数公司以及研究实验室都非常非常支持提供数据并对其进行管理以供使用，”分子诊断公司GeneDx的董事总经理谢丽·贝尔(Sherri Bale)说。GeneDx不仅向mut数据库提供数据，而且还帮助建立其基础设施。
贝尔说:“我认为麦利亚德在这方面表现突出。”“还有一两个人告诉我们，他们认为检测患者的信息是专有的。但绝大多数人意识到，如果我们不分享这些东西，我们所有人都将处于不利地位。”GeneDx几乎已经准备好将所有数据提交到mutdatabase，如果数据库基础设施准备就绪，它计划在未来两到三个月内进行批量上传。
如果只有少数公司将基因关联数据作为商业机密，而大多数公司都在公开分享这类数据，那么这就提出了一个问题，即EJHG论文中提出的这种监管和报销政策变化是否有必要。然而，Bale认为，需要改变政策来“帮助放松”建立这类公共数据库所需的“资金”。她说:“(当)有人说，‘除非你发送数据，否则蓝十字不会为测试付费’，突然之间，就会有人出钱把数据送出去。”
库克-迪根也承认麦利亚德是一个“极端”的案例，并指出该公司能够囤积其基因关联数据，“同样是付款人、健康计划和监管机构的错，他们没有要求获取数据。”
口译的价值
在整个基因组测试行业，有许多公司将其测试的解释部分作为商业机密。例如，Genomic Health的Oncotype DX和Agendia的MammaPrint等多分析物测试的算法并不为公众所知，被认为是“黑箱”。
然而，在Cook-Deegan看来，Myriad的做法与营销基于多分析物算法的测试的公司之间的区别在于，后者对研究做出了更重要的贡献。
基于多分析算法的测试开发人员“已经建立了他们的黑盒。他们选择测量什么和测量方法。然后他们花钱进行临床研究，以验证它是否有效，”Cook-Deegan说。Myriad的目标是在自然界中找到的。他们做的临床研究相对较少。他们所拥有的数据不是用来解释他们特定的表达谱簇，而是用来解释自然界中存在的易导致癌症的突变。我承认这不是一个明显的区别，但我认为这是一个对政策很重要的区别。”
作为一般原则，Cook-Deegan认为，任何公司的商业战略都不应限制其测试方法的独立验证。“坦率地说，如果其他公司的专有策略意味着他们的结果无法被独立验证，那么他们的数据和算法不应该[原文的重音]是专有的;它们应该是公开的。”
随着全基因组测序技术更容易用于发现研究，共享基因关联数据可能变得更加必要，但这种解释的价值将会增加。在这种环境下，许多公司可能会选择采取商业秘密路线来保持竞争力。政策变化要求公司用自己的资金分享他们在内部发现的新基因关联，这可能会被业界视为阻碍投资一个已经存在重大监管和报销障碍的领域。
目前，还没有令人信服的理由让公司向公共存储库提交变体解释数据。根据GeneDx的Bale的说法，那些参与mutdatabase的人唯一的动机就是他们会被视为优秀的行业参与者。
贝尔认为，在美国，付款人将有最大的权力要求库克-迪根(Cook-Deegan)等人提出的那种数据共享EJHG纸。她说:“付款人会很乐意告诉我们，我们必须提交(这类)数据，否则他们就不会付款。”“这只是给了我们另一个需要跨越的障碍。”
事实上，医疗保险和医疗补助服务中心已经制定了一个名为MolDx的计划，通过该计划，医疗保险承包商Palmetto GBA正在审查分子诊断的分析有效性、临床有效性和临床效用，作为覆盖的条件。尽管提交给Palmetto进行评估的任何数据都是严格保密的，但实验室已经表示了严重的担忧，即参与该项目可能会危及专有测试数据(PGx记者2/29/2012)。
最终，公开基因检测数据的决定可能超出了监管和报销机构的授权范围，Frueh说，他最近加入了风险投资公司Third Rock Ventures，为公司提供个性化医疗方面的战略建议。在Frueh看来，基因检测的数据应该属于患者，他们应该对如何共享他们的信息有最终的发言权。
他说:“患者直接或间接地通过保险为生成数据的服务付费，因此从本质上讲，可以辩称生成的序列数据以及解释(即使是基于专有和未公开的算法)属于购买这项服务的实体，因此他们可以决定谁可以使用它。”“这也是一个隐私问题，因为可能不是所有患者都同意(即使只是部分)公开他们的基因组。”
此外，Frueh指出，在医疗保健领域，经验是有价值的，对于一家公司来说，经验在于他们长期积累的患者数据。他说:“人们当然可以争辩说，并不是所有的医疗保健专业人员或任何其他专业人员都具有同等的价值和专业知识，这至少在某种程度上是基于他们长期积累的经验(即数据)。”这“与Myriad所描述的情况以及他们在BRCA1/2检测方面的经验并没有太大不同。
而建议在EJHG论文可能会带来一些短期收益，但Frueh认为从创新的角度来看，他们是短视的。他反思道:“我们可能会失去一个刚刚开始捕捉并向患者提供我们过去20年在破译和学习人类基因组方面投入的努力的行业。”“我们必须意识到并接受的是，医疗保健的这一部分正在迅速成为信息服务业务。我们想要的是尽可能最好的信息，以便做出尽可能最好的决定。”
与此同时，Cook-Deegan等人认为，将基因解读数据囤积为商业机密的公司是目光短视的，因为这种做法限制了其他研究人员确保市场测试的准确性或以新的方式使用数据，最重要的是，阻碍了患者获得最准确的测试。
库克-迪根说:“我们根本不能让‘信任我们’测试成为常态。”“科学需要可复制和透明。”
即使实验室继续将基因关联数据作为商业机密，公众对未知意义的变异的知识“空白”也可以通过其他方式解决。Cook-Deegan建议的另一种选择可能是研究联盟，如突变种系等位基因解释的循证网络，或ENIGMA -一种从不同数据库中提取信息并应用生物信息学分析来改进VUS解释的努力。
他说:“不可否认，这些结构并不存在，或者只是处于早期阶段，但对所有进行全外显子组和全基因组测序的人来说，很明显，这样的结构是需要的。”“因此，即使实验室不关闭数据循环，公共资助的研究也可以填补空白——只要有人这样做。”
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