佛罗里达大学学术健康中心(Academic Health Center)本周推出了一项新的个性化医疗计划，所有到其导尿实验室的患者都将接受一项多基因测试，用于判断他们是否可能对抗血小板药物氯吡格雷(Plavix)和其他治疗药物有反应。
佛罗里达大学个性化医疗项目的研究人员已经开发了一种基于Life Technologies公司的QuantStudio实时PCR平台和OpenArray技术的定制芯片，他们相信这将使他们能够比大多数商用Plavix PGx测试更快、更便宜地对患者样本进行基因分型。vwin德赢ac米兰合作此外，这种定制芯片是与斯坦福大学合作开发的，它不仅可以检测与Plavix反应相关的7个CYP2C19 snp，还可以检测与许多心脏相关疾病和治疗相关的249个snp。
UF已获得CLIA认证，可以分析与Plavix反应相关的CYP2C19等位基因，作为实验室开发的测试的一部分。该大学正在努力获得CLIA认证，以运行额外的snp。
Plavix反应的基因分型结果将存储在佛罗里达大学的健康IT系统中，并成为患者电子病历的一部分。如果患者的基因型表明对Plavix的反应降低，医生在开处方时将在患者的EMR中收到“最佳实践咨询警报”。
佛罗里达大学个性化医疗项目主任朱莉·约翰逊(Julie Johnson)说，该建议的设置方式是“临床医生不能忽视它”PGx记者．根据系统生成的建议，医生必须点击特定的治疗策略。尽管医生可以选择对CYP2C19等位基因功能丧失的患者使用低剂量的氯吡格雷，但“他们必须告诉我们原因，”她指出。“所以，我们允许医生做他们想做的事，但我们也不容易忽视警报。”
在患者同意的情况下，其他249个基因变异的检测结果将存储在一个安全的数据库中，以供研究使用。佛罗里达大学的药学和治疗学委员会将评估文献，并决定除了7个CYP2C19等位基因之外，哪些snp已准备好用于指导医疗决策。在PGx数据的帮助下，佛罗里达大学的基因测试项目未来可能会个性化华法林和他汀类药物。
只有当委员会正式将某些snp从研究转移到临床环境时，这些snp的基因型数据才会成为患者电子医疗记录的一部分。如果患者不同意仅用于研究用途的SNPs测试，那么该信息将不会保存在佛罗里达大学的研究数据库中。
佛罗里达大学正试图通过采用工具和策略来区分其个性化医疗项目，这些工具和策略可能不是今天的标准护理，但将在几年内成为标准护理。约翰逊说:“我们选择了开发多基因定制芯片的路线，而不是单一的CYP2C19测试，因为我们觉得‘一次一个测试’(模式)不是未来的发展方向。”
佛罗里达大学团队在确定了成本、操作时间和其他基因分型选择的周转时间等方面的限制后，决定开发一种定制芯片。“例如，Illumina (VeraCode ADME面板)拥有32个样本。这对研究很有帮助，”约翰逊说。然而，“如果你想每天进行基因分型，而你没有一个每天运行32个病人的导管室，而大多数人都没有，那么你最终要么不得不批量处理这些病人，因此不能及时周转，要么你会浪费大量的位置，这让它变得更加昂贵。”
佛罗里达大学的定制芯片每个芯片分析12个样本，这大约是学术中心预计每天运行的样本数量。该测试大约在5小时内得出结果，而该芯片运行单个样本的成本为30美元。约翰逊估计:“这大约是商用PGx芯片成本的六分之一到十分之一。”此外，一旦人工因素纳入价格，由于“实际操作时间很少”，UF测试的总成本将低于或类似于目前市场上的测试，她补充说。
基因检测结果的漫长周转时间阻碍了医生采用PGx检测来为某些急性疾病的治疗策略提供信息。在大多数情况下，佛罗里达大学承诺将在24小时内为患者提供检测结果。约翰逊说:“病人在导管室里待得很晚，第二天可能就拿不到他们的基因分型结果了。”
尽管目前商用CYP2C19基因分型测试的周转时间长达一周，但一些诊断开发人员正在开发更快的测试。例如，Quest子公司Focus正在与斯克里普斯转化科学研究所和斯克里普斯健康中心的科学家合作开发CYP2C19基因分型测试，该测试可以在不到一个小时内返回结果(PCR内幕2011年3月17日)．另外，Spartan和Nanosphere正在开发即时CYP2C19测试(PGx记者8/11/2010)．
筛选策略
佛罗里达大学项目的另一个不同点是，它正在实施基因检测，作为一种筛查与疾病或治疗反应相关的多种突变的方法，在所有在导管室治疗的患者中，不管这些信息是否具有即时的临床效用。
“我们正在生成所有到导管室就诊的患者的基因型数据。他们最终是否服用氯吡格雷并不一定重要，”约翰逊解释道。“这是一个临床实验室，所以(基因检测)已经被确定为(导尿程序)之前标准实验室测试的一部分。”
尽管保险公司并不支持将基因检测作为筛查策略的一部分广泛实施，但某些疾病环境下的医疗保健提供者已经开始在患者的治疗模式的早期进行基因检测，因此，如果他们的疾病进展，他们的PGx数据是可用的。例如，最近的一项调查显示，肿瘤学家开始在患者被诊断为黑色素瘤时检测BRAF突变，而不是等到疾病已经转移时才进行PGx测试。PGx记者5月16日2012)．
“对每个进入导管室的人都这样做的理由是，我们知道只有一部分(患者)会接受干预，最终使用氯吡格雷。但我们也知道，那些来到导管室，现在没有进行干预的人，在某种程度上可能会需要氯吡格雷。”约翰逊解释道。“到那时，他们的CYP2C19基因型信息将根据需要在电子医疗记录中提供给他们。”
在佛罗里达大学进行的Plavix PGx测试的保险覆盖范围不是该中心立即关注的问题，但这是大学未来将努力获得的东西。目前，PGx测试将由美国国立卫生研究院(National Institutes of Health)资助。
国家促进转化科学中心通过其临床和转化科学奖励计划提供50万美元，用于资助佛罗里达大学个性化医疗计划及其与斯坦福大学的合作，斯坦福大学将于下个月推出类似的PGx测试计划。佛罗里达大学的项目通过NIH药物基因组学研究网络获得了额外的35万美元。
约翰逊说:“我们的病理部门非常、非常积极地参与……他们致力于实现可计费的检测……我们希望在第一年实现这一过渡。”“有一名实验室专业人员参与这个层面的工作，有望提供一些机会，让他们更多地与保险提供商接触，了解如果他们不报销检测费用会有哪些障碍，并最终努力克服这些障碍。”
与佛罗里达大学的Plavix PGx测试项目相反，斯克里普斯健康公司只对接受过支架手术的患者进行PGx测试，以实现药物的个性化治疗。临床证据证实CYP2C19功能缺失等位基因与Plavix反应降低之间的相关性，在该患者亚群中最强。
斯克里普斯健康中心的首席学术官埃里克·托波尔告诉记者PGx记者南加州非营利卫生系统的临床医生目前正在评估不同的快速基因分型分析，周转时间约为20分钟。Topol说:“我们已经完成了外显子组测序，以确定其他基因组的相互作用，并计划在未来的某个时候[使用]多基因小组，但现在还不是时候。”
超越Plavix PGx
在今年失去专利保护之前，氯吡格雷的品牌名为Plavix，由百时美施贵宝(Bristol-Myers Squibb)销售。美国食品和药物管理局于2009年首次更新了Plavix的标签，以告知医生CYP2C19代谢不良者对药物的反应减弱，PGx测试可用于识别与不同治疗反应相关的基因型。然后，在2010年，FDA在Plavix的标签上增加了一个“黑框”警告，以强调代谢不良者或CYP2C19*2/*2基因型患者“在急性冠脉综合征或经皮冠状动脉介入治疗后，比CYP2C19功能正常的患者表现出更高的心血管事件发生率。”（PGx记者2010年3月17日）
尽管FDA对某些CYP2C19功能丧失等位基因与Plavix反应降低之间的关联投了信任票，但医疗保健提供者对这种环境下的PGx测试是否准备好广泛实施存在分歧。
斯克里普斯健康公司是Plavix PGx测试的早期采用者。2009年，斯克里普斯健康公司(Scripps Health)和Quest诊断公司(Quest Diagnostics)签署协议，为接受支架手术的患者提供CYP2C19检测，许多医生认为，鉴于科学的不断发展，该项目还为时过早。PGx记者10/28/2009)．争论只会变得更有争议，因为几个发表的荟萃分析得出了相互矛盾的结果，基因型和药物反应之间的联系的有效性(PGx记者2012年3月28日)．
FDA坚持认为，现有证据支持其对Plavix的基因检测建议。在这方面，这也许是合适的，一个前瞻性的基因检测项目Plavix正在佛罗里达大学启动。Lawrence Lesko是FDA药物评估和研究中心临床药理学办公室的前主任，他在将PGx信息添加到Plavix的标签中发挥了领导作用，目前领导着佛罗里达大学的药物计量学和系统药理学中心，并在大学的个性化药物活动中发挥领导作用。
根据Johnson的说法，佛罗里达大学推出了Plavix PGx测试的个性化药物项目，因为药物标签上的黑框警告为实施此类测试提供了监管支持。此外，“你可能会通过测试影响的事情，比如主要的心血管事件，在临床上是重要的，”她补充说。“我们还认为，由于cyp2c19 -氯吡格雷在经皮冠状动脉介入治疗后的患者中效果最强，这将使我们能够专注于非常小的患者群体和少数医生。”
虽然佛罗里达大学的基因检测项目目前主要针对可能使用Plavix治疗的心脏病患者，但该大学有更大的个性化药物计划。约翰逊说:“当我们开始为心脏病患者推出其他药物基因组学适应症时，我们也将从导管实验室转向心力衰竭或电生理诊所。”他补充说，该大学打算最终为胃肠病患者实施基因检测项目。
她说:“CYP2C19 Plavix测试只是我们的起点，所以我们可以真正解决问题，弄清楚如何教育临床医生，弄清楚在相对有限的环境中存在的障碍。”“但实际上，我们的目标是在每个向医疗系统提交报告的人身上运行这种芯片。”