分子诊断初创公司GeneCentric Therapeutics即将与华盛顿大学圣路易斯分校启动一项II期验证研究,作为其商业化hpv阴性头颈部鳞状癌(HNSCC)伴诊方法的一部分,该伴诊方法具有预后和预测作用。
位于北卡罗来纳州的Research Triangle Park公司正在开发一种检测间充质细胞基因突变的靶向生物标志物面板,目的是为那些能从早期干预中获益的患者提供药物治疗指导。
2012年,田纳西大学(University of Tennessee)病理学教授大卫·海斯(David Hayes)和北卡罗来纳大学教堂山分校(University of North Carolina, Chapel Hill)癌症研究员查尔斯·佩鲁(Charles Perou)共同创立了GeneCentric研究人员“最初发现与肺癌亚型相关的分子特征其他类型的癌症.
据GeneCentric公司总裁兼首席执行官迈克·米尔本介绍,研究人员正在开发的hpv阴性亚型测试是该公司头颈癌亚型分析器的改良版本,该分析器检测了大约1000个基因。该公司最初的癌症亚型平台(CSP)基于海耶斯在北卡罗来纳大学的实验室授权的知识产权,检查了公开可用的基因表达数据集,以创建定义癌症亚型的狭窄基因集。通过测试和验证与每种癌症相关的基因,GeneCentric开发了肿瘤特异性临床分析。
在发现用于特定检测的基因集之后,GeneCentric的团队将观察该基因集在患者FFPE肿瘤上的表现,这可能会导致根据基因组定义的癌症亚型进行药物开发。Milburn认为FFPE是最“容易获得的样本类型,为我们的子类型测试提供了最准确的信息”。
在收集患者的FFPE样本后,GeneCentric团队使用许多商业RNA分离方法和试剂盒提取RNA。然后,研究人员使用全转录组测序或RNA-seq来发现特定的基因签名或基因集。然而,米尔本指出,研究人员也可以应用各种技术平台,如定量PCR来测量与特定癌症相关的基因生物标记物的存在。vwin德赢ac米兰合作
2017年,GeneCentric与Hayes和WUSTL副教授Jose Zevallos合作,在国家癌症研究所资助的一个5年、多阶段、39万美元的项目中,开发、验证并商业化hpv阴性HNSCC的四类分子亚型诊断。该团队正试图将特定HNSCC亚型的分子标记和临床特征数据联系起来,以产生一种临床相关的检测方法,该公司相信这将为指导癌症患者护理提供更好的预后和预测结果。
在研究的第一阶段,研究小组定义了与四种hpv阴性HNSCC亚型相关的144个基因标记:基础亚型、经典亚型(CL)、间充质亚型(MS)和非典型亚型。根据米尔本的说法,研究人员想要找到较小的基因集的可重复性和准确性。每种亚型在细胞来源、肿瘤驱动因子、增殖、预后和宿主免疫应答方面表现出明显的差异。
米尔本说:“现在我们想利用这些信息,看看它的表现如何,并确定某些在商业化方面更具有医学相关性的亚型。”
在今年第一季度完成I期研究后,Zevallos的团队开始为II期研究收集患者样本。研究人员将研究使用MS细胞监测HNSCC进展的潜力,因为他们相信这种亚型更具侵略性,与更高的转移可能性有关。
米尔本解释说:“通过确定癌症亚型,并与制药公司合作,开发具有更好临床效用的[生物标记物],然后将其商业化,我们可以指导更好的药物治疗,使患者从早期干预中受益。”
从大约400份HNSCC患者的FFPE样本中提取RNA后,研究小组将使用全转录组测序发现并开发HNSCC亚型的靶向基因签名。
II期研究的主要目标是识别MS亚型的隐匿性淋巴结转移患者,以及观察HNSCC CL亚型的病例是否与放疗耐药有关。米尔本预计,该团队将在2020年初完成样品测序。
完成II期研究后,研究人员将通过在临床癌症患者队列中实施靶向检测开始III期研究。Milburn表示,该团队将首先在一个已选定用于研究的未指定平台上开发分析方法,然后分析II期样本和使用目标诊断平台新收集的样本,并与发现数据集进行性能比较.然后,该团队将在新的检测样本上独立验证hpv阴性HNSCC检测方法,并确定其检测性能特征。
GeneCentric公司计划与一家生物技术或制药公司合作,进一步开发并商业化一个小组,用于指导多发性硬化症亚型HNSCC的患者特异性治疗。GeneCentric之前与LabCorp而且百时美施贵宝开发有针对性的癌症伴生诊断试剂盒,两家公司随后都对该公司进行了股权投资。Milburn认为,这两家公司都将是未来进行HNSCC亚型分析的潜在候选者。
除了HNSCC, GeneCentric还提供或正在开发肺的伴生诊断方法,胰腺,膀胱癌症。
米尔本说:“我们相信,制药或生物技术集团可以将这些亚型分析作为他们药物开发项目的生物标志物工具,这将是我们继续开发分析器的一大重点。”“我们看到了为药物(开发)和伴生诊断(行业)开发晚期化合物的机会。”
GeneCentric今天还宣布,它已经收购了位于北卡罗来纳州教堂山的Select ImmunoGenomics,作为其扩大基因组解决方案业务目标的一部分。此次收购将为合并后的公司提供基于rna的集成工具,通过识别合适的肿瘤药物患者来加强药物开发,提高反应率和持久性以及最终的患者结果。
协议的财务细节尚未披露。米尔本补充说,此次收购将与公司正在进行的HNSCC研究产生“巨大”协同效应。