纽约 - 研究人员已经开发了传感器，以测量基础编辑效率，目标是能够在癌症联系基因中表征单变形核苷酸。
基因组研究在一系列基因中染成了癌症风险的变体，但一些这些变体的影响尚不清楚。作为基本编辑可以引入SNV，该方法可用于确定这些变化的功能效果。然而，Weill Cornell Medicine的Lukas Dow在电子邮件中注明，可以难以确定哪个单引导RNA是基本编辑最有效的，并且在处理多种变体或汇集屏幕时变得更加困难。
他和他的同事报道自然生物技术vwin德赢ac米兰合作周一，它们开发了传感器来衡量基础编辑的效率，它们应用于200,000多个SGRNA-Base编辑器组合。通过这一点，他们建立了用于检查模型系统中的癌症链接SNV的资源，然后它们用于表征有助于癌症发育和增殖的未知突变体TP53等位基因。
“我们使用基础编辑酶过去五年的经验是 - 与基于CAS9的编辑不同 - 很难预测哪些SGRNA将有效地工作，”Dow在电子邮件中写道。“确定目标效率和抵押品编辑（编辑除预期目标之外的基础）需要一个逐个序列验证。对于个别目标，这是可行的，但对于大量的变体或汇集屏幕，它变得非常难的。”
它们的模块化碱基编辑传感器包括与其同源目标部位相关联的SGRNACIS.。这样，可以通过PCR扩增和传感器盒的测序来确定SGRNA驱动链接传感器目标站点和编辑效率的编辑。通过他们的工具，研究人员可以在基础编辑器和细胞系的不同组合中获得最佳SGRNA。
当他们在人类和小鼠细胞系中测试其方法时，他们发现基础编辑器传感器库报告了基础编辑器的已知功能，表明其可靠性。
研究人员还通过高通量筛选方法耦合其基础编辑传感器库。这样，他们可以通过平行检查癌症链接SNV的功能效果。它们使用鼠标底座编辑器传感器库筛选了小鼠胰腺细胞系，以查找显着富集的SGRNA。他们发现了150名SGRNA，似乎促进或抑制细胞系增殖。它们特别关注TP53，并注意到许多畸形和无意义突变的富集，包括TRP-R213。
进一步的分析显示，改变导致在相邻的胞嘧啶上进行编辑，产生T211i突变，在人类癌症中观察到的研究人员。移植这些细胞的小鼠发育疾病并死亡，表明该变体是胰腺癌小鼠模型中的驾驶员突变。
研究人员建议的研究员可以用于表征癌症相关的SNV体内并帮助确定他们的效果。
“该技术非vwin德赢ac米兰合作常强大，了解特定的癌症相关的突变可能影响对癌症治疗的反应，”道德。“使用已建立的泛癌SGRNA文库，或通过癌症特异性或基因特异性突变文库的发展，了解基因变异对疾病进展和治疗反应的贡献可能有助于指导改善基于精确的基于药物的患者分层方法和癌症治疗。“
他和他的同事还开发了一种管道被称为带注释的突变的核苷酸基本编辑器SGRNA搜索或胺类搜索，以生成来自基因组数据的基础编辑传感器库，并开发了一个名为Be-Scan的Web应用程序，用于传感器验证的癌症 -相关的突变，其他科学家可以通过物种，目标等选择SGRNA来选择SGRNA。