冷泉港，纽约(基因组网)-根据康奈尔大学的Emily Davenport的说法，没有任何患病的肠道微生物群状态。
研究人员一直在研究健康人和病人的肠道微生物群之间的差异，以确定肠道微生物群是否进入了导致疾病的失调状态。
在周六的基因组生物学会议上，达文波特描述了她和她的同事如何为数千人开发肠道微生物共生网络，其中一些人是健康的，一些人有哮喘等疾病。然而，通过他们的分析，他们发现健康人和病人的微生物网络在各种疾病中没有一致的群落差异。
达文波特说:“在肠道微生物群中，没有所谓的健康或疾病状态。”
为了研究这种失调状态，她和她的同事收集了来自英国双胞胎组的约2500人的16S rRNA数据。他们根据53种疾病状态和127种定量表型对人群进行了分层，特别是与免疫相关的，如细胞因子水平和BMI。
他们采用双管齐下的方法，研究了病人的微生物群落组成是否与健康人不同。正如达文波特指出的，研究人员推测，患病的微生物群可能是高度联系的，而健康的微生物群可能很难受到干扰。
对于每种表型，Davenport和她的同事使用了广义和线性混合模型的组合，以确定哪些微生物类群在患有各种疾病的人的肠道微生物群中更丰富，考虑到他们的队列是由双胞胎组成的。对于每180种左右的表现型，他们发现了与每种状态相关的细菌。
与此同时，研究人员使用SPAR-CC软件开发了共现网络，既适用于有疾病的人，也适用于没有疾病的人，以及处于不同病情末端的人。通过将两者合并，他们比较了健康和患病状态下的微生物网络。
达文波特说，她和她的同事希望看到，不健康人群的微生物群比健康人群的微生物群有更多的网络连接。在哮喘中，他们确实发现了这种模式，但当他们研究其他疾病和表现型时，他们并不总是看到相同的模式，这表明这并不一定是健康或疾病的标志。
达文波特补充说:“这种趋势并不一定适用于所有表现型。”
同样地，他们预计健康和患病微生物群之间的网络拓扑结构是不同的，因为患病微生物群预计不那么模块化。虽然他们确实在哮喘中发现了这一点——健康的微生物群有86条网络边，而哮喘只有48条——但这种趋势在其他疾病中并不一定存在。
根据达文波特的说法，不同疾病状态之间没有一致的模式。
不过，她也提出了一些警告。首先，他们使用的数据是在一个时间点上收集的，因此只提供了微生物组的快照。她指出，研究对象当时可能没有出现这种疾病的症状，因此疾病状态可能没有反映在他们的肠道微生物组组成中。
此外，她指出，他们专注于健康和患病状态的共同分类群，更多稀有物种可能会发挥作用。
达文波特进一步提出，分类学和宿主遗传学——肠道微生物丰度似乎部分可遗传——可能是微生物共存的更大驱动因素，而不是疾病状态。