纽约 - 解码遗传学首席执行官KáriStefánsson本周开始了欧洲人类遗传学会议，概述了冰岛公司如何将蛋白质组学和基因组学推出其内部疾病研究计划。
由于正在进行的Covid-19大流行，最初计划在维也纳举行的会议迁至虚拟平台。
基于Reykjavik的解码一直在使用SomaLogic的Somascan平台来测量来自其BioRepository的个体中近5,000个蛋白质的水平，并一直将这些测量与与疾病和其他特征相关的序列变体数据相关联。到目前为止，公司有鉴定与骨关节炎和自身免疫性甲状腺疾病相关的标记，正在开发一个计算器，以预测五年的死亡率风险。
根据Stefánsson，使用像微阵列和下一代测序等工具的人类基因组的二十年来导致发现与不同临床表型相关的序列变体的软件。然而，将变体与表型连接仍然是挑战性，研究等离子体蛋白质组可能有助于弥合这种间隙。
“蛋白质组在转录组上具有优势，在该体内所有蛋白质中的所有蛋白质都使其变成血液，”Stefánsson说。他指出，血浆蛋白质的研究可以使研究人员能够在表型背后寻找因果基因，并随着蛋白质水平上升和随着时间的推移，它们提供了疾病回归和进展的时间。
审问蛋白质组的科学家需要以假设独立的方式这样做，但他强调，通过蛋白质 - 概括平台的可用性，如博尔德，基于科罗拉多州的微调，或乌普萨拉，瑞典的Olink，这是一种方法。
Stefánsson指出，Olink目前使用其接近延伸测定技术来测量约1,500蛋白，其使用Illumina测序进行读出。vwin德赢ac米兰合作相比之下，Somalogic的测定依赖于蛋白质捕获试剂来测量蛋白质，然后使用杂交微阵列进行定量。
Stefánsson指出，在解码的研究时，Omascan的大部分蛋白质都没有在Olink上提供，尽管他补充说，两家公司最近升级了他们的产品，有点升级了7,000个蛋白质，而Olink将能够在未来几周内测量约3,000个蛋白质。
解码先前已经确定了大约265,000个遗传变异的关联，约4,700例患有373个疾病和其他特征，并且约80％的蛋白质不包括在Olink上，因此该公司选择使用索马虎。他指出，大多数工作解码在索摩亚平台上使用了早期的一代测定，以测量了5,000个蛋白质，而本公司以前宣布过与Somalogic协议2018年和在2020.。
“你看的蛋白质越多，你需要依靠先验的假设所需的越少，”他说。
作为其研究的一部分，在大约36,000件冰兰德斯的植物中解码了Somascan蛋白质测量，然后将这些蛋白质的水平与373个疾病和其他表型进行了比较。他们也匹配了大约2700万次序列变体。过去20年来收集了使用的队列解码，而大约80％的冰岛仍然居住，20％以来已经过去了。
一些新发现是骨关节炎，自身免疫性甲状腺疾病和死亡率预测。
对于骨关节炎，Stefánsson指出，有“绝望需要疾病和进展的良好生物标志物”。他说，解码的科学家发现，蛋白质编码基因Crtac1的水平与许多类型的疾病密切相关。
此外，解码发现蛋白质的浓度越高，受试者在给定的时间范围内更可能发生联合替代。Stefánsson认为标记可以作为疾病进展的指标。“当涉及疾病潜在治疗的临床发展时，这可能具有很大的用途，”他说。
他还在50,000样本的Biobank中讨论了冰岛和英国科目的自身免疫性甲状腺疾病的荟萃分析。分析涵盖大约30,000例和725,000种对照，导致鉴定99个序列变体和93个基因座，其中84个是新的。他说，内含内肠道变异FLT3是“最强烈的打击”，进一步研究显示了变异FLT3与类风湿性关节炎，乳糜泻和全身性红斑狼疮的关联。他补充说，该变体也增加了急性髓性白血病的风险。
大约20％的队列在研究中被招聘以来已经死亡，解码的科学家们还看着蛋白质测量数据，看看蛋白质的组合是否可以让他们能够死亡。
通过与其他风险因素信息的约100个蛋白质的数据配对数据，解码能够预测60至80岁的人民在五年内死亡的50％大约有90％，而5％的概率非常低死亡。
“这是一个强大的计算器，以预测五年的死亡率风险，”Stefánsson说。
在承认这类死亡率计算器的表面上“看起来”看起来，他表示，该公司已经将计算器应用于临床试验，可以显示那些活跃的药物的临床试验，这些试验有一个更长的预测寿命，而那些已经收到安慰剂的人。“这实际上可能是有用作为可用于各种临床发展的测试，”Stefánsson说。
在一封后续电子邮件中，他表示，解码尚未发布这些调查结果，但目前正在审查一份文件的出版物。Stefánsson在1996年Cofound解码遗传学，而Amgen2012年收购了公司4.15亿美元。