纽约转座因子(TE)启动子在癌细胞中被重新激活可导致一项新的研究发现，嵌合转录物涉及蛋白质编码基因的部分，导致癌症特异性细胞表面抗原。这些发现指出了潜在的新的治疗策略，包括免疫疗法和泛癌症疫苗。
TEs也被称为跳跃基因，占人类基因组的近50%，但通常不再主动转座。先前的研究表明，癌细胞中TEs的表观遗传失调可导致隐性启动子的再激活——这一过程被称为启动子突异——可上调许多癌基因。
从TEs开始的转录本也可以剪接到附近的蛋白质编码基因中，导致嵌合转录本被翻译成独特的肿瘤特异性肽，并可在癌细胞的细胞表面呈现。
该研究的作者对这些te嵌合转录本进行了系统的搜索，他们表示，这样的表位可能成为免疫疗法和其他癌症药物的潜在靶点。
“我们的研究为发现新抗原提供了一种完全不同的方式，”通讯作者、圣路易斯华盛顿大学医学院医学教授王廷(Ting Wang)说。他补充说，由于该项目在各种癌症类型中发现了新的抗原，这也可能为开发泛癌症疫苗铺平道路。
他们的研究已经发表在自然遗传学周一，王和同事们对33种TCGA(癌症基因组图谱)肿瘤类型的11086个样本、30种基因型-组织表达(GTEx)成人组织的11686个样本和675个癌细胞系的te嵌合转录本进行了全面筛选。
他们在样本中发现了26816个te嵌合转录本，并使用严格的过滤标准将列表缩小到所有癌症类型的2297个独特转录本。
“我们研究了这些转录本会产生什么样的蛋白质，”主要作者Nakul Shah说，他是王实验室的一名医学院学生。他补充说:“我们发现，数千个这样的转录本可以形成只存在于癌细胞而不是正常细胞中的独特序列。”
随后的实验使用质谱验证了这些蛋白质在癌细胞HLA分子上的存在。然而，人类免疫系统是否能识别这些抗原的问题仍然没有答案，这也是这项研究的局限性之一，Shah说。
分析还发现，TP53突变的肿瘤更有可能有te嵌合转录本。这一发现表明TP53突变可以起到作用作为一种有前途的生物标志物，可以优先考虑te为重点的治疗干预。
与此同时，研究人员还发现，一些te嵌合转录物成为癌细胞中跨膜蛋白的一部分。作者指出:“这为使用基于抗体或CAR - t细胞疗法开辟了潜在的治疗途径，而不需要限制性地将te -嵌合肽呈现在HLA分子上。”
王还指出，这项研究可能会引发另一种思考癌症治疗的方式，即表观遗传操纵。“毕竟，是表观遗传对TEs的放松管制导致了所有这些下游影响。这给了我们希望，我们可以通过表观遗传学控制这些(嵌合)抗原的产生。”