纽约(GenomeWeb)——Trace Genomics是一家初创公司，以其之前的名称PathoGn参与了Illumina公司的加速器计划，已经筹集了400万美元的种子投资，并推出了其第一项服务——一个测试12种导致生菜和草莓作物疾病的土壤病原体的小组。
该公司的联合创始人Diane Wu和Poornima Parameswaran告诉GenomeWeb，该公司最初的目标是加州中央山谷的种植者，但任何人都可以订购该测试。吴说，除了种植者之外，像可口可乐这样与农民合作提高生产力的国际企业集团可能对该公司的检测服务感兴趣。
该公司总部位于旧金山，有8名全职员工，但它正在迅速发展，吴说。
Trace Genomics的测试使用Illumina下一代测序技术，但真正的进步与分子生物学、样本准备、定量和生物信息学的专有技术有关，这使得它不仅仅是一个即插即用的测序测试，联合创始人说。
此外，虽然最初提供的产品可以筛查影响草莓和生菜的12种病原体，但其基础技术与作物无关，该公司计划扩展到更广泛的病原体和作物，因为它瞄准了40亿美元的全球农业检测市场。vwin德赢ac米兰合作
该测试费用为199美元，周转时间为两到三周。
Parameswaran说，目前，大多数土壤检测实验室依靠基于培养的方法和PCR来诊断病原体。但这些测试依赖于培养微生物的能力，而许多细菌无法培养。她说，他们还假定了解特定的菌株，并且一次只测试一种病原体。
使用NGS的优点是能够不可知地同时观察多种病原体。然而，Parameswaran说，土壤是一种具有挑战性的基质。“它含有很多抑制测序的化合物。”此外，分离细胞和提取遗传物质的方法也至关重要。
他们拒绝透露他们为样品制备方法开发的技术的细节，但表示他们正在与学术合作者合作验证这些方法，并将在同行评审的期刊上发表。
Parameswaran说，测序本身是有针对性和广泛方法的“混合”。虽然目前交付给客户的读数主要集中在12种病原体上，但Paramaswaran说，测序方法本身超出了靶向方法，尽管她说这也不是一种霰弹枪测序方法。“一种方法是解决不了问题的，”Parameswaran说。Wu补充说，该方法是公司内部开发的，是一个“大保护伞”，使公司不仅可以检测致病微生物，还可以检测有益微生物。
Trace Genomics也在继续开发其分子生物学技术，Wu说，并准备提供一种检测有益微生物组的测试。