纽约-一项新的研究发现，去年COVID-19病例的激增与新的SARS-CoV-2变种的出现同时出现。
根据约翰霍普金斯大学COVID-19仪表盘，自2020年3月首次宣布为大流行以来，SARS-CoV-2已在世界各地传播，造成约1.29亿例COVID-19病例和280万人死亡。
通过研究大流行早期的SARS-CoV-2样本，加州大学戴维斯分校的研究人员开发了一种被他们称为病原体基因组特征(GENI)评分的指标，用于测量病毒的遗传多样性。SARS-CoV-2仅含有15个基因，突变率很高，最近几个月出现了B.1.351、B.1.1.7和P.1等令人担忧的变异。
当研究人员将他们的GENI得分与其他经典的流行病学测量方法结合起来分析时，他们发现，在韩国病例呈指数增长之前，GENI得分上升，他们使用英国的数据重复了这一发现。他们在报告中指出一篇发表于科学报告这表明他们的工具可以为公共卫生当局提供早期预警，以应对COVID-19病例的增加。
加州大学戴维斯分校兽医学院人口健康与生殖教授巴特·韦默在一份声明中说:“随着变异的出现，你将会得到新的爆发。”
这种方法可以用来预测病例可能会在哪里上升，并帮助官员们决定何时实施公共卫生干预措施。韦默说:“通过这种方式，你可以在新的疫情爆发时获得非常早期的预警。”“这是一个如何做到这一点的秘诀。”
GENI评分衡量了流行病毒序列与暴发参考序列之间的遗传差异，在本例中为武汉- hu -1 NC_045512.2。
与此同时，研究人员根据十多个国家两天或七天的连续间隔，得出了截至2020年3月的瞬时繁殖数(R)——衡量病原体的传播。根据两天的估计，这一数值在意大利为8.0，美国为4.3，中国为1.6。
他们指出，这种流行阶段的差异进一步反映在不同地区的流行曲线或曲线上。他们将epic曲线分为四个阶段:指数、起飞、指数和下降。2020年3月，52个国家处于指数阶段，5个国家处于起飞阶段，3个国家处于指数阶段，1个国家处于下降阶段。
然后，研究人员将他们的GENI评分与新加坡疫情指数阶段和韩国疫情指数阶段的其他测量方法结合起来进行了检查。这两个地区的GENI得分不同——新加坡为2分，而韩国为4分——这表明GENI可以区分这两个阶段。
他们进一步将这种方法应用于2020年2月至4月期间英国病毒激增期间收集的2万多个病毒基因组的数据。他们再次发现，增加的GENI得分与疫情激增相一致，并补充报告称，即使为了减缓疫情爆发而实施了封锁等措施，英国样本中的基因组变异也有所增加。
韦默在一封电子邮件中指出，这种方法可以进一步帮助官员评估他们的大流行控制措施的有效性。
此外，他说该团队正在完成一篇后续论文，该论文使用了额外的时间、序列和变体模型以及额外的数据。