芝加哥——来自生物信息学初创公司Allelica的研究人员已经证明，与仅观察低密度脂蛋白(LDL)的公认方法相比，多基因风险评分可以帮助提供更准确的冠状动脉疾病(CAD)风险图像。
在一个研究信发表在循环上周，他们在一个欧洲队列中表明，LDL的CAD风险被多基因风险所改变。
该公司表示，虽然还需要进一步的研究和验证，但这一发现可能会颠覆心血管疾病预防的传统智慧，并导致护理标准的改变。
在这篇论文中，Allelica团队从英国生物银行(UK Biobank)提取了15433例冠状动脉疾病病例的数据集，运行了该公司的多基因风险评分算法，然后考虑了来自队列的表型数据，其中主要包括欧洲血统的人。研究人员发现，在大约10%的受试者中，多基因风险改变了冠状动脉疾病的总体风险，这表明多基因风险得分高的人尤其可以从他汀类药物和其他降低低密度脂蛋白胆固醇的药物中受益。
“低密度脂蛋白胆固醇对每个人的影响都不一样，”Allelica首席执行官佐丹诺Bottà说，他是该研究的通讯作者。“人们认为的平均低密度脂蛋白胆固醇(水平)并不是每个人的平均水平，”他特别提到了那些有家族性高胆固醇血症的人。对于这个亚组，任何LDL高于190毫克/分升的人都应该是他汀类药物的候选者。
Bottà说:“即使那些我们确定的低密度脂蛋白(LDL)水平平均但(多基因)风险高的人，也可能应该像高胆固醇血症患者一样服用他汀类药物。”
的循环研究信暗示，多基因风险评分最终可能成为评估心脏病发作易感性的护理标准的一部分。然而，据Bottà网站报道，Allelica的研究对象主要是白人，因此有必要在更多样化的人群中进行进一步的研究。
作者在研究信中写道:“重要的下一步是了解这些结果如何在其他潜在队列和不同祖先的人群中推广。”“因为从年轻的时候就可以量化PRS，它可以提供信息，以降低即使是中度(低密度脂蛋白胆固醇)暴露对冠状动脉疾病患者造成的终生风险升高。”
Allelica，刚刚把总部从罗马搬到了纽约因为175万美元的种子融资据Bottà网站介绍，该软件可以“提高多基因评分目录中每个PRS的预测能力”。多基因评分目录是一个精心策划的风险评分汇编，他把它比作全基因组关联研究目录。
Discover通过一种采用堆叠聚类和阈值(SCT)算法的新方法获得其多基因风险评分。SCT能够使用全基因组关联研究总结统计数据和验证数据集来学习新的单核苷酸多态性(SNP)权重，而其他方法只能识别最佳超参数循环文章解释道。
Bottà表示，Allelica的软件允许医疗保健系统和遗传学实验室独立地进行自己的多基因风险评分分析。它针对Illumina iScan微阵列进行了优化，但该技术适用于任何低覆盖率的全基因组序列。vwin德赢ac米兰合作
这种微阵列的成本和直接面向消费者的基因检测一样低。Allelica实际上可以使用23andme和Ancestry等公司的原始数据，尽管该公司不会提供自己的DTC测试。
Bottà说:“PRS在临床环境中提供了最高的价值，医生在规划预防策略方面发挥着关键作用。”“我们真的很想(直接)进入诊所，因为现在医生可以有效地利用这些信息。”
用户将原始测序或阵列数据上传到Discover软件即服务平台，然后该平台运行分析管道，包括基于每个人的祖先的质量控制和风险调整，以产生一个规范化的多基因风险评分，医生可以据此采取行动。Bottà表示，风险调整允许个人得分符合共享分布，以完善评分系统。
“我们[想]让每个人都明白，不能孤立地考虑多基因风险评分。你需要整合其他风险因素，因为这只是拼图的一部分，”他说。
Bottà表示，发现平台可以识别谁应该优先进行风险评分分析。“理想情况下，我们希望对每个人进行基因分型，但我们知道，有些类别的人的成本效益更高，”他说。
一个集合队列方程可以基于传统风险因素评估心血管风险，以确定中间风险，特别提到美国心脏病学会的动脉粥样硬化性心血管疾病风险评估器Plus，它基于来自医疗记录的表型因素，如吸烟、糖尿病和胆固醇，筛选10年心脏病发作的风险。然而，添加多基因风险评分提供了更精确的评估，将原本处于中等风险的患者根据其基因组划分为更高或更低的类别。
斯坦福大学医学院正在做的就是这个与另一家软件供应商英国Genomics plc合作。
Bottà说:“这一切都是为了指导治疗干预。”“医生们要求有一种工具，可以指导他们以数据驱动的方式开出干预处方。”
将最近的研究结果整合到临床决策支持系统并最终应用到临床实践还需要一些时间，但成立于2018年的Allelica已经开始在医疗保健系统中进行一些试点。Bottà以保密协议为由，目前拒绝透露任何公司的名称。
“在美国，我们正在评估多基因风险评分应该如何整合，以及沟通和返回结果的最佳方式，”他说，暗示即将出现的与电子健康记录系统整合的新闻。
Bottà表示，该公司也在寻求在其软件工具中建立成本效益。
利用最近的资金，Allelica刚刚聘请了一位健康经济学家，以及一位在基于价值的医疗保健领域有经验的商业运营高级副总裁。据Bottà网站介绍，这些招聘人员将有助于该公司更好地解释大规模使用多基因风险评分的重要性，不仅可以改善患者的预后，还可以帮助卫生系统和支付方节省资金。
他说，Allelica将很快发布一项研究，证明其多基因风险评分在预防心脏病和为医疗保健系统节省资金方面的有效性。
“基因分析一直被视为昂贵的东西，不是每个人都能做的，”Bottà说。“在这里，我们建议它适用于所有人，因为你真的可以增加价值。”
据Bottà报道，该公司目前还没有与付款人进行任何试点，但未来将寻求此类合作。
专业医学协会和特定疾病倡导团体将是验证和接受Allelica多基因风险评分的关键。Bottà说，该公司正在与美国心脏协会合作循环他说，在这些发现导致护理标准的改变之前，还需要更多的证据。
Bottà说:“他们真的希望看到这在科学和经济上都是大规模可行的。”
Allelica还在研究乳腺癌和前列腺癌的多基因风险评分。Bottà表示，该公司已在2018年的一份报告中描述，“提高了PRS对乳腺癌的预测能力”共识声明发表在《美国人类遗传学杂志．
他说，该公司已经将多基因风险评分集成到考虑多种风险因素的模型中，包括来自电子病历的表型数据。Bottà说:“我们可以获得建立绝对风险模型所需的数据。”“根据他们的指导方针，我们提供10年、5年或终生的风险。”
然后，Allelica需要将风险评估与美国心脏协会(American Heart Association)等组织的护理指南所需的参数相匹配。他说:“我们提供的遗传风险在你的一生中都是稳定的，然后根据你在特定时间点的风险因素(调整)到总体风险。”
Allelica的团队包括CSO和联合创始人乔治·巴斯比(George Busby)。今年1月，巴斯比辞去了牛津大学大数据研究所翻译基因组学高级助理研究员的职位，全职加入了该公司。首席技术官兼联合创始人Paolo Di Domenico是一位资深的软件工程师。
“我们意识到，将分析集中在一个实验室的商业模式是一种旧的商业模式，并不能真正提供医疗系统需要和想要的价值，”Bottà说。他说，卫生系统可以在中心实验室对患者进行基因分型，然后Allelica可以为肿瘤科或心脏科等个别科室提供针对每个专业的多基因风险评分。
他说:“我们想要授权医疗系统在内部运行分析，同时保持独立。”