荷兰信息公司Bluebee的管理团队来自IT领域的不同部门,它可能看起来不像典型的基因组分析供应商,但它对碎片化市场有着远大的愿景,承诺为大批量测序客户提供速度和规模。
“我们认为我们可以做得更快、更便宜,我们可以坚持黄金标准算法,”在基因组分析方面,蓝蜂首席营销官瓦莱丽·莫雷尔告诉GenomeWeb。
该公司的前提是将基因组分析同时放在云端和最新最快的一代超级计算机中。
Moel表示:“我们将加速与分销结合起来,以提高速度和吞吐量。”她指出,Smith-Waterman算法在蓝蜂平台上的运行速度比英特尔至强处理器快15倍。她说:“它不仅对一个病人的基因组更快,而且我们的吞吐量使大型研究更快。”“我们可以同时做更多的事情。”
总部位于荷兰代尔夫特的Bluebee正在接受这种性能承诺,并将其推销给生成大量测序数据的机构。它已经与德国癌症研究中心签约成为客户,并计划在短期内扩展到整个欧洲,在长期内扩展到美国和其他地方。
高通量基因组分析的市场是高度分散的,有非常不同的技术或技术的组合可供选择,它们的发展方向也不同。例如,布罗德研究所提供其基因组分析工具包供下载,和Edico基因组将下一代测序分析算法直接集成到英特尔芯片中。
为了帮助进入市场,Bluebee最近从代尔夫特理工大学和帝国理工学院分离出来vwin德赢ac米兰合作180万欧元落地(190万美元)的融资来自Buysse & Partners和代尔夫特理工大学。vwin德赢ac米兰合作
莫雷尔表示,该公司在许多方面都有所不同。蓝蜂的平台是基于云的,由专为加速硬件设计的专有软件驱动,并以服务的形式提供。
加速硬件可以允许一个作业在多个处理器上并行运行,提高处理速度;然而,它需要专门为这种类型的计算机开发的软件。为更传统的计算机编写的软件无法在加速的硬件上运行。这是蓝蜂平台的关键,也是该公司宣称其服务透明度和完整性的关键。
莫雷尔说:“有很多竞争对手以不同的方式解决这个问题,他们编写自己的算法,计算速度(比同行评审的算法)更快。”这实际上是为分析创建了一个黑箱。“这不是我们选择的道路,”她说。莫雷尔说,其他使用本地计算或亚马逊网络服务的竞争对手无法以与Bluebee相同的成本提供速度和可扩展性。
蓝蜂有一个完全自动化的标准化平台,可以直接将测序器连接到其在云端运行的超级计算集群上。该公司还提供科学咨询人员,帮助用户定制管道,以满足他们的特定需求。
该公司为基因组数据提供端到端管道的能力在于莫雷尔所说的“服务连接器”,这是一种本地安装的软件,在将数据传输到Bluebee的平台之前,它可以对数据进行认证、保护和压缩。
在分析数据时,用户可以登录以监视进展,但一旦数据由服务连接器发送,计算就会自动触发。一旦分析完成,数据将以VCF文件的形式通过服务连接器发回,以便与任何解释软件一起使用。用户可以将这些数据与其他研究人员或应用程序共享。
加速硬件是基因组分析等计算密集型工作的未来,莫雷尔说。为此,Bluebee加入了OpenPower联盟,与硬件供应商合作,了解他们硬件的开发方式,并确定开发的方向。
Morel表示,Bluebee已经在美国、加拿大、香港和欧洲建立了数据中心,这对遵守当地的医疗数据法律非常重要。随着产品准备就绪,莫雷尔表示,公司正集中精力与客户签订合同。
目前,该公司有一个5人的销售团队,专注于在欧洲推广服务,主要集中在德国、法国、英国和比荷卢地区,计划于2016年在美国推出。Bluebee的目标是研究和临床机构以及制药研发部门的高容量测序设备。
“临床试验中的基因组数据是我们瞄准的一个大领域,”莫雷尔说。“我们在这方面发现了强烈的兴趣。在三到四年内,我们希望在这些国家拥有5%到10%的市场份额。”
销售团队正在寻求直接销售模式,不过Morel表示,公司可以通过分销商或其他第三方提供服务。她不愿透露这些服务的成本,但提到价格是基于每次运行,或针对大客户的数量。
以合适的价格吸引合适的客户将是该公司成功的关键,该公司与学术生物信息学几乎没有联系。创始人科恩·伯特尔斯和韦恩·卢克是计算机工程教授。首席执行官汉斯·科本有电信行业的经验,他和首席技术官库尔特·弗洛斯都曾在金融服务软件领域工作过。
但如果蓝蜂将基于云的服务、加速硬件、用户友好的界面和锁定安全功能结合在一起的效果如宣传的那样好,该公司可能会发现自己成为基因组分析领域的固定设备。
本文已更新,包括Bluebee平台的基准测试信息。