芝加哥——IBM加入了不断增长的开发新信息技术的公司名单,以加快对新型SARS-CoV-2冠状病毒的研究,希望找到COVID-19的治疗方法。vwin德赢ac米兰合作
IBM研究院表示,该公司一直在“积极开发”基于云和人工智能的新技术,以帮助研究人员加快药物发现和治疗,以应对COVID-19大流行。在与IBM Watson Health的合作中,该公司宣布了一系列免费的信息学工具,以寻求答案。
蓝色巨人发布了“深度搜索”工具允许用户查询多个公共和授权数据库的数据,包括白宫的数据库COVID-19开放研究数据集(CORD-19)、ClinicalTrials.gov、DrugBank和国立卫生研究院的GenBank。另一个工具是人工智能引擎该公司表示,该公司提供了关于3000个具有“与covid相关特性”的分子的信息,旨在帮助研究人员确定潜在治疗方法的“理想特性”。
IBM还允许用户免费访问其功能性基因组平台,这是一个基于云的交互式数据存储库,存储了超过3亿个微生物基因组序列。功能基因组平台(Functional Genomics Platform)以前被称为OMXware,是一个关系数据库,旨在帮助研究人员将所有这些序列的基因型与表型联系起来,这些序列来自GenBank和Sequence Read Archive等来源。
IBM注释这些序列以识别每个基因和蛋白质,深入识别蛋白质结构域,然后分配标准化代码来描述每个结构域的相关分子功能和生物过程。
首席生物信息学家克里斯汀·贝克4月1日在斯坦福人类中心人工智能研究所主办的虚拟会议上表示,IBM在该平台上处理了超过2.5万个病毒基因组,包括SARS-CoV-2和其他冠状病毒。SARS-CoV-2集合包含300多万个基因、基因组、蛋白质和功能域,IBM在发布公开的冠状病毒序列时继续处理这些序列。
该平台包括一个开发人员工具包,因此研究机构可以将Functional Genomics platform的搜索整合到他们自己的计算系统和工作流程中,并与其他研究人员分享他们的发现。贝克表示,IBM希望根据冠状病毒研究人员的研究成果,产生新的人工智能算法。
该公司还向临床医生开放了Micromedex药物目录和DynaMed搜索工具。IBM Watson health副总裁兼首席健康信息官Anil Jain说:“让Micromedex和DynaMed联合免费提供给一线临床医生是一种方式,我们可以利用我们在整合不同信息方面的专长,让临床医生以一种自然的方式获取信息。”
“我们认为,需要进入的是一线临床医生。他们最不需要的就是设置障碍来获取这些信息。在某些情况下,这可能是救命稻草。”
杰恩本人是一名医生,他指出,许多公共数据库的组织方式都不能最好地帮助研究人员。疫情加速了科学方法的应用。
贾恩在谈到支持寻求治疗和疫苗的COVID-19研究和分析时说:“这还为时尚早,但进展非常、非常快。”
他继续说:“我们看到的是一个高度紧张的环境,一切都发生得快得多,包括合作。”“我们一直关注的其他一些事情不仅仅是实际的工具本身,而是我们如何使用开源笔记本使工具更具合作性,人们可以在那里共享信息和类似的东西。”
这项工作与他的工作相吻合COVID-19高性能计算联盟该组织是白宫上个月创建的,目的是将政府、行业和学术合作伙伴聚集在一起,应用计算资源抗击疫情。该小组由美国能源部和IBM、白宫科技政策办公室和担任美国首席技术官的迈克尔·克拉齐奥斯(Michael Kratsios)领导。vwin德赢ac米兰合作
“COVID-19不是一个单独的公司或一个单独的实验室或学术研究小组可以解决的。这将需要一个社区来做,”Jain在谈到该联盟时说。
该联盟还包括科技巨头亚马逊网络服务、谷歌云、惠普、微软和英伟达,以及来自麻省理工学院、伦斯勒理工学院、德克萨斯大学、卡耐基梅隆大学等31个成员,目前拥有380万个CPU核,总计418千万亿次的超级计算能力。vwin德赢ac米兰合作
IBM的一位发言人告诉GenomeWeb,截至周三,该小组已经收到了来自研究人员的55份提案,其中29份与超级计算机系统匹配。其中23个实验已经开始。
项目主要分为三大类:提高对SARS-CoV-2冠状病毒蛋白质结构的了解;应用人工智能来精确定位细胞结合位点或识别用于药物发现的候选分子;预测大流行的传播。
贾恩说:“我们的重点是如何利用我们一段时间以来一直在研究的一些工具,重新将精力集中在COVID-19上,或者将不同的碎片组合在一起,使COVID-19信息库更加可用和免费。”
在一个博客上周,高性能计算联盟的联合主席、IBM研究部主任Dario Gil和能源部负责科学的副部长Paul Dabbar讨论了迄今为止被接受的一些提议。
其中一项研究由阿贡国家实验室的计算生物学家领导,试图应用人工智能来提高对冠状病毒和相关呼吸道疾病“基本生物机制”的理解,以寻找潜在的治疗方法。德国人工智能公司Innoplexis也有类似的计划,该公司目前由于工厂关闭而无法使用自己的许多计算资源,其目标是生成用于研发新药的新分子。
麻省理工学院的一个研究小组正在试图模拟ACE2受体在网上"通过计算进化出可溶性受体诱饵"来减少潜在疗法的副作用。ACE2酶是SARS-CoV-2的主要受体。
由美国国家航空航天局(nasa)的生物科学家领导的第四个小组正在寻求利用该机构的艾姆斯超级计算机来分析COVID-19的整个基因组,以确定风险群体。根据联盟领导人的说法,美国宇航局的研究人员想要确定易患急性呼吸窘迫的患者,这可以为临床试验登记提供信息。
另外,IBM还加入了一个由区块链驱动的数据控制和通信联盟MiPasa用于COVID-19疫情监测。Jain说,这个网络可以帮助公司识别哪些数据源是可信的,哪些是不可信的,并帮助保护病人的隐私。
IBM是响应白宫科技政策办公室3月16日“行动呼吁”的众多公司之一,目的是创建一个机器可读的数据集,以了解COVID-19。vwin德赢ac米兰合作作为行动呼吁的一部分,艾伦人工智能研究所、陈·扎克伯格倡议、乔治城大学安全与新兴技术中心、微软和美国国家医学图书馆 上个月发布了CORD-19文献集。vwin德赢ac米兰合作
贾恩说,在中国武汉出现首例人感染COVID-19病例后不久,IBM于去年年底开始研究这种新型冠状病毒及其基因组。IBM计算平台还吸收了有关SARS-CoV-1和MERS-CoV基因组的数据,因此研究人员有可能从早期的冠状病毒疫情中学习。
这些平台包括由大数据分析公司Explorys开发vwin德赢ac米兰合作的技术,直到2015年IBM在沃森健康(Watson Health)业务部门推出时收购了这家公司,杰恩一直是这家公司的联合创始人和首席营销官。一年后,IBM收购了Truven Health Analytics,为Watson Health提供医疗管理数据功能。这些碎片正在帮助进行疾病监测。
通过专注于vwin德赢ac米兰合作像Explorys这样的临床数据和像Truven这样的管理方面的技术,IBM及其合作伙伴开始了解COVID-19程序代码何时可用和信息系统在患者护理过程中何时开始捕获这些代码之间的时间滞后。Jain认为,这有助于突出特定地区的COVID-19检测、诊断和治疗率。
这些知识还可以帮助管理医疗系统的能力。
在COVID-19病例激增的设施或地区,“告诉糖尿病患者进来让他们的医生检查可能是不合适的”。“如果他们感觉不舒服,你现在进行远程健康检查可能会更好。”