芝加哥——作为美国最大的私人医疗保健系统，一个在保险和医疗服务提供方面紧密结合的系统，Kaiser Permanente长期以来一直被奉为医疗改革和结果改善的典范。现在，在技术合作伙伴BC平台和微软的帮助下，vwin德赢ac米兰合作Kaiser正在寻求改善基因组学研究和临床护理之间的整合。
今年5月，Kaiser和BC平台获得了微软健康创新奖，他们将来自微软Azure云平台多个站点的临床和基因组数据整合在一起，创建了一个“虚拟生物银行”。这些信息很快就会被Kaiser Permanente在全国所有9个地区的研究人员使用，最终也会被组织外的人使用。
该生物银行被称为凯撒永久研究银行(KPRB)，有38万参与者，他们提供了生物样本并完成了调查，以帮助衡量健康风险。KPRB数据协调核心的主任Alan Bauck说，收集的数据包括研究人员可从Kaiser患者获得的基因组数据，如基因分型阵列数据以及全外显子组和全基因组测序数据，其中最常见的类型是较小的面板。
Kaiser Permanente Research副总裁兼KPRB临时执行董事Elizabeth McGlynn表示，总部位于加州奥克兰的Kaiser正在通过阵列对生物银行的所有参与者进行基因分型，并将来自电子健康记录和调查的信息合并到BC平台环境中，尽管COVID-19大流行在一定程度上抑制了这一努力。由于基因组数据集很大，将会有一些归因。
McGlynn说:“我们的想法是创建一个飞地，让使用收集的数据进行各种不同类型基因组研究的研究人员可以进入一个安全的环境，并拥有可用的数据和分析工具。”这个集成的虚拟空间将允许Kaiser跟踪研究人员是否在使用他们只被授予访问权限的数据。
McGlynn说:“我们试图解决的是基因组工具的存储和可用性，让我们在整个企业范围内工作，回答任何数量的不同类型的问题。”
总部位于瑞士苏黎世的BC平台全球业务发展执行副总裁Nino da Silva表示，Kaiser求助于该公司来管理、规范化、保护和管理其生物银行数据，以支持高级分析。他说，该项目主要是为了解锁生物银行中的数据。
在新加坡工作的da Silva表示，像KPRB和UK Biobank这样的大型存储库不得不花费大量时间进行人工数据管理，这是为了分析目的而规范化和格式化数据的必要步骤。“策展是一个瓶颈。实际上，这是主要的瓶颈。”
BC平台正在帮助改变这种状况。在过去的两年里，该公司与Debiopharm合作创建了BC|Match，这是一个自动筛选系统，可以将数据集与观察医疗结果伙伴关系(OMOP)公共数据模型或分析巨头SAS等标准框架进行比较。
系统会自动整理并提供错误列表。然后作为一个用户，你可以进入系统，教系统下一次如何解释它，每教一次系统，它就会变得越来越自动化，直到它达到一个很高的程度。”
虽然BC平台与所有主要的云主机都有合作，但da Silva表示，微软的奖项更多的是关于供应商与Kaiser的合作，而不是技术本身。vwin德赢ac米兰合作
Bauck表示，Kaiser之所以选择Azure云，是因为在公司内部安装这类计算平台成本不高。BC平台和Azure还提供了在未来大幅扩展该研究环境范围的灵活性。
KPRB数据被锁在一个安全的环境中，研究人员必须为特定目的申请访问。da Silva说:“整个平台的目的是建立一个安全、高质量、可分析的协作环境，当然还有管理数据。”他补充说，数据永远不会离开Kaiser的控制。
研究人员可以搜索数据库，建立队列，然后申请进入队列。da Silva说:“当他们登录时，他们只能根据应用程序中提供的条款使用数据，一旦他们使用完，合成队列就消失了。”该虚拟生物库符合美国HIPAA和欧盟通用数据保护条例(GDPR)的安全标准。
根据da Silva的说法，在可控的环境中，如果没有管理良好的高质量数据，人工智能和机器学习是相当无用的。“你可以拥有最漂亮的算法。你可以拥有最奇妙的研究概念，”他说。“但除非你的数据得到了良好的管理和治理，否则你无法做到这一点。”
Da Silva表示，BC平台拥有跨国合作的背景，包括多发性硬化症研究的MultipleMS平台;欧洲心脏骤停网络:面向预防、教育和新的有效治疗(ESCAPE-NET);以及糖尿病研究平台IMI-SUMMIT。“在过去15年的这些项目中，我们学会了如何创建数据组合并安全地管理它们，”他说。
da Silva说，虽然KPRB在研究对象数量上不是BC平台最大的实施项目，但它是世界上最庞大的生物银行之一。此外，这也是这家欧洲软件公司在Azure云上完成的第一次大规模实现。这是一个两年的努力，需要开发一个新的数据模型，不仅支持当前的需求，而且支持未来的环境，可以采用更广泛的全外显子组和全基因组测序数据。
da Silva说:“一旦你有了这个平台，能够以这种安全的方式在内部和外部建立合作，那么像Kaiser这样的实体的下一个合乎逻辑的步骤就是与不同的实体建立泛美或全球合作。”这是可能的，因为数据从未离开Kaiser的控制，即使在分析阶段。
Kaiser是BC平台的开发合作伙伴之一，为该安装创建的创新现在也可用于其他BC平台客户。
Da Silva指出，鉴于Kaiser Permanente的规模和地理足迹，该平台的快速实施是一项创新。虽然工作已经进行了两年，但部署于2020年初开始，并将于今年秋季结束。他预计该系统将在明年全面投入生产，这意味着它将向Kaiser的所有研究人员和外部合作者开放。
Kaiser Permanente在美国9个市场拥有1250万会员，2019年营收845亿美元。综合医疗服务系统包括一个健康计划、39家医院、700多家门诊设施和9个研究中心。
不过，Kaiser主要在其运营的研究方面使用BC平台。“这是关于分析数据，建立平台以便我们可以分析和使用数据，而不是直接与患者互动，”Bauck说。
McGlynn说，用于研究分析的临床数据与告知护理提供的操作数据至少有两个步骤的区别。她说，目前的模式最适合研究，因为Kaiser投入了大量的工作，以确保其临床数据的质量、有效性和完整性可以回答广泛的研究问题。然而，研究项目演变成更专注于临床的东西并不是不可能的。
该生物库支持的研究主要是通过传统来源，特别是美国国立卫生研究院资助的。McGlynn说，该生物库主要支持发现性研究，包括研究特定基因突变是否可以预测疾病风险的工作。
McGlynn说:“我们希望把所有这些信息汇集在一起，我们可以越来越多地回答与这些发现的临床意义有关的问题。”
KP研究所感兴趣的一个关键领域是少数民族社区，包括健康差异。McGlynn说大约三分之一的KPRB参与者是非白人，但她希望进一步扩大研究范围。她说:“我们知道，迄今为止许多基因组学研究的局限性之一是，它们主要是在(白人)人群中进行的。”
McGlynn说:“如果我们想为我们非常多样化的会员服务，我们必须非常确定，从临床的角度来看，我们提出的各种见解实际上适用于我们多样化的人群。”“当我们加深对基因在疾病风险和治疗这些疾病中所起作用的理解时，我们真的非常致力于确保我们不会让人们掉队。”
McGlynn说Kaiser正在用BC平台建立一个类似于“沙盒”的平台，这样生物银行就可以在一个受控的环境中测试数据集成，然后再将其引入临床应用，尽管这不在近期的计划中。
虽然KPRB是一个广泛的资源，Bauck说，生物银行有一个癌症队列和一个怀孕队列。它还收集了一些关于COVID-19的数据，正努力将这些数据与NIH评估遗传学和COVID的更大努力整合在一起。
McGlynn说，许多生物银行的参与者是出于可能造福后代的利他动机而自愿加入的，而不是为了实现对自身健康的任何直接好处。
然而，成员可以从研究遗传和环境之间的联系中短期受益。提到本月肆虐美国西海岸的野火，McGlynn表示，这些数据可以帮助研究遗传对与空气质量差有关的疾病的影响，Kaiser的一些研究人员正在计划这项研究。
McGlynn说:“我们在这个国家的许多不同地区，确实有机会拥有一个相当丰富的数据集，这将帮助我们了解我们的见解在多大程度上适用于更广泛的人群。”她表示希望这一信息将被纳入卫生系统更广泛的人口健康管理战略。
“这是一个长期的赌注。这不是一件立竿见影的事情，但它确实是在努力利用我们的研究，以确保为未来临床决策所做的数据和信息适用于我们不同的会员。”
McGlynn补充道:“我们在实施科学中经常谈论的事情是，在发现一项可以帮助Kaiser成员的创新和将其投入常规使用之间，尽量缩短时间。”“我们如何使研究、临床和运营企业之间的联系更加无缝?”