生物信息学初创公司KBioBox基于其核心专利搜索引擎技术推出了两款新的应用程序，旨在帮助工业界和学术界的研究人员设计和运行基因编辑实验。vwin德赢ac米兰合作
在所谓的KBioBox生物信息学门户网站上可以使用的新应用程序是“3-click”基因编辑脱靶分析程序和“3-click”基因编辑生物设计程序。基因编辑脱靶分析解决方案，顾名思义，旨在帮助研究人员提出CRISPR设计，并识别基因组中潜在的脱靶位点。
新的基因编辑设计分析解决方案生成了一个基于基因位置、搜索类型和基因编辑类型的10个生物设计的排名列表。它让已经拥有CRISPR设计的客户检查他们的设计是否会对基因组的其他区域产生意想不到的影响。两种解决方案都返回简单的带注释的报告，其中包括可视化和轨迹信息。该公司还开发了一款用于识别人类样本中的病原体的应用程序，计划晚些时候推出。
这两个应用程序都利用了KBioBox的基因组搜索引擎，该引擎使用的专有算法能够在几分钟内搜索整个基因组。KBioBox创始人兼首席执行官Kryngle Daly告诉GenomeWeb，他开发这个引擎是为了响应对搜索下一代测序数据的工具的需求，以改善Blast搜索。“你如何在千兆字节的数据中寻找大海捞针?”科学家们已经建立了很多非常好的量化算法，一旦你找到(针)，就可以处理它们，并得到真正好的结果，但缺少的是搜索能力，”他最近告诉GenomeWeb。
例如，Blast搜索可能需要长达一周的时间来完全解析完整的人类基因组，而BioEngine可以在几秒钟内浏览完整的基因组。戴利说，这不仅意味着生物信息学家可以在更短的时间内更深入地搜索单个或多个基因组。他说:“我们的系统的巧妙之处在于，因为我们可以如此快速而准确地搜索整个基因组，我们可以在一分钟内对CRISPR或任何类型的基因编辑进行全基因组脱靶扫描。”“你得到的不是近似值或热力学预测。你实际上得到了参考序列中所有实际潜在的外位点的列表。”除了基因编辑任务，BioEngine还可以用于肿瘤学环境中执行变异分析和注释基因组。
目前，KBioBox专注于开发在其平台上销售的其他应用程序，比如利用其核心技术发布的基因编辑应用程序。vwin德赢ac米兰合作戴利表示，除了内部开发工作，该公司正在寻找愿意为KBioBox平台贡献应用程序的第三方开发者。他说:“目前，我们正在寻找拥有现有生物信息学算法的科学家，或正在开发的算法，这些算法将受益于更好的搜索能力。”例如，像CosmosID和One Codex这样开发了良好的病原体检测和分析定量算法的公司，可以使用BioEngine来提高其平台的搜索能力，从而为用户提供更好的报告。其他应用程序可以专注于提供高度特定的变异分析、保守区域识别和跨物种同源性搜索。
Daly说，KBioBox计划明年开始提供生物引擎的打包版本，其中将包括构建应用程序所需的所有功能。在此期间，有兴趣在该公司的BioEngine上实现他们的应用程序的研究人员可以直接在KBioBox的门户网站上实现，也可以在外部系统上构建它们，并将它们链接到门户网站。
与此同时，客户可以选择通过网站门户访问KBioBox，或者使用公司的应用程序编程接口，将其解决方案集成到他们现有的工作流程中。客户可以按分析付费，也可以授权使用软件。对于基因编辑脱靶分析应用程序，KBioBox对单次脱靶分析收费595美元，并附带分析包折扣——三次脱靶分析收费1595美元，五次分析收费2380美元。对于基因编辑设计方案，该公司收费为单次设计995美元，三次设计2685美元，五次设计3980美元。
该公司还提供基因编辑包。一个包含一个基因编辑设计和三个脱靶分析的包售价为2495美元;第二个包包括三种基因编辑设计和五种脱靶分析，价格为4695美元;第三个包包括5个基因编辑设计和9个脱靶分析，售价为7195美元。客户可以直接访问该公司的应用程序，也可以通过合作伙伴访问，比如transosagen Biopharmaceuticals，后者转售KBioBox的脱靶分析，作为其细胞系包的一部分。
transosagen销售用于药物研究的改良细胞系和啮齿动物模型。transosagen公司的技术销售专家马修·古德温(Matthew Goodwin)告诉GenomeWeb:“我们使用了很多技术，有脱靶的风险。”“我们的客户很担心这一点，当时，我们内部没有任何专业知识来提供这类分析。”
因此，他的公司在2014年与KBioBox签署了一项协议，为客户提供工具，以评估他们细胞系的基因编辑风险，并检查编辑后的结果。古德温说:“我认为对许多公司和学术研究人员来说，这是一个日益增长的要求。”他说，随着许多使用基因编辑技术的研究转向临床试验，“在编辑CRISPR技术之前和之后的检查对于任何类型的FDA批准和类似事情来说都是至关重要的，所以要确保他们的项目符合要求，所以很多公司都有这一要求。”“事实上，如果没有KBioBox的帮助，我们可能就无法获得一些客户的业务。”
除了现成的产品，KBioBox还可以根据客户的需求定制工具。戴利说，例如，它们可以适应新的基因编辑化学物质。他告诉GenomeWeb:“我们只需要半周的时间就能在那里找到一种新型的化学物质。”“我们所要做的只是改变应用程序中的一些参数，我们根本不需要改变生物引擎。目前，我们已经为几位客户提供了这种服务。”
KBioBox计划在其平台上推出其他应用程序，但由于该公司目前正在为其部分功能寻求专利保护，戴利拒绝提供大部分计划中的应用程序的细节。不过，他确实表示，该公司打算发布第三款CRISPR应用程序，扩展基因编辑脱靶分析应用程序的功能。该应用程序将为每个潜在脱靶分析应用程序提供一个引物列表，以便研究人员进行测试实验，看看预测的脱靶相互作用是否真的发生。
该公司还开发了至少另一种用于检测人类样本中存在的病原体的应用程序，戴利希望最终能够将其用于诊断。然而，戴利说，该公司不会发布该应用程序，直到该应用程序获得必要的诊断用途的批准。
他解释说:“这真的是一个问题，我们需要什么资源来做这件事，以及我们什么时候需要做这件事。”他说:“如果我们能找到一些有资源和经验的人或公司来合作，那就太好了。这些人或公司有与(美国食品和药物管理局)打交道的资源和经验，或者能获得医疗技术，而我们目前还做不到这一点。”“有了合适的合作伙伴，我们真的可以很快完成这项工作。”