芝加哥(GenomeWeb)——经过5年多的运营，法国生物医学分析初创公司OmicX最近做出了一个关键的商业决策。
2018年加入OmicX的首席信息官Philippe Berenguel说:“去年年底，我们开始让这个平台变现。该平台是一个搜索组学相关知识的多层次搜索引擎，现在采用的是免费增值模式。
Berenguel解释说:“你可以从谷歌找到我们的大多数页面，登陆它并访问数据，但你没有像那样的所有导航和额外的数据方面。”“如果你想使用它，你必须付费。”
该公司总部位于法国鲁昂附近的勒珀蒂-奎维利(Le-Petit-Quevilly)，现在提供24小时通行证和年度订阅服务，这是基于用户倾向于偶尔返回的观察。
“用户不会每周都回来，但他可能每季度或每两个月回来一次。当他这样做的时候，他往往会非常强烈地使用这个平台来寻找某个特定问题的答案。”
OmicX创始人兼首席执行官Arnaud Desfeux表示，鉴于过去十年数据量的爆炸式增长，该公司的使命是为生物学家和生物医学研究人员提供更好的见解。“生物学家分析数据的能力不如生成数据的能力，”拥有生物学博士学位的德斯弗说。
至于平台本身，OmicX采用人工策展和人工智能在互联网上搜索医学文献，并检索免费的生物信息学工具，该公司称之为“动态分析生态系统”。基于挖掘“集体智慧”来揭示科学洞见。
“几年来，我们已经收集了尽可能多的生物信息工具，我们可以在文献中找到，并将它们分类在数据库中。通过这些人工策划的生物信息工具，我们能够重现生物学家和生物信息学家如何进行分析，”Desfeux说，并将该平台比作谷歌Maps通过找到已发表文献中描述的路径来导航大型生物医学数据集。
“(使用导航应用程序)，当你想从a点到B点时，你必须通过不同的检查点，”他说。OmicX也做了类似的事情，它向用户展示了哪些工具和途径可以用来回答他们的研究相关问题。
德斯弗说:“我们给生物学家带来了大量的时间，因为他们不必自己找到所有的出版物来进行分析，现在他们可以在我们的网站上点击一下就可以进行分析。”
“我们能够创造分析数据的新方法。当我们从各种出版物中收集到所有这些信息时，我们还可以根据在文献中看到它的频率来整理它们。我们可以创建独特的协议或规则管道来分析生物学家拥有的数据，”Desfeux说。
据该公司负责研发和AI开发的分子生物学家Aurélien Quillet称，对于执行复杂文献搜索的机构来说，节省的时间可以在几个月内计算出来。
“假设你正在寻找乳腺癌的突变分析，”奎利特在GenomeWeb的在线技术演示中说。vwin德赢ac米兰合作“然后你就会得到我们提供给生物学家的各种资源的清单。”这包括其他人用于研究该主题的软件类型，或者OmicX通过手动管理将其分类为适合此类应用程序的软件类型。
OmicX AI已经自动分析了科学文献中描述的协议，以找到那些可以用于此类研究的协议。
“我们还用不同的疾病、基因或任何已经研究过的分子组对该出版物进行了注释。这样，通过我们的搜索引擎，我们就能够理解这份出版物被用于研究乳腺癌的突变，它可以给你如何分析自己的数据的想法，”奎利特说。
公司官员说vwin德赢ac米兰合作，这项技术远远优于PubMed和消费者搜索引擎。不过，OmicX在这个领域并不是唯一的;其他提供基因组搜索引擎的公司包括IQvia的Linguamatics部门Genomenon和Saphetor。
Berenguel说:“你移除了很多来自像谷歌这样的搜索引擎的背景噪音。”他指出，一般的搜索引擎根据受欢迎程度对搜索结果进行排名，这意味着没有被广泛引用的论文可能会被深埋在搜索结果中。“有了像我们这样的自动提取工具，即使在文献中有哪怕一次提到它，我们也会找到它，”他说。
使用谷歌，“你必须浏览搜索引擎将给你的所有出版物列表，阅读它们，分析它们，获得正在使用的所有工具和可能性，然后尝试它，”奎利特说。这就造成了一个乏味的反复试验的循环。
据奎利特说，OmicX试图减少这些额外的工作，不仅寻找异常值，而且在寻找乳腺癌突变系研究管道时列出概率，帮助研究人员了解科学共识。
“在研究中，你必须证明你所使用的方法是目前为止你所能找到的最好的方法。我们为你们提供这个证据，因为我们向你们提供了与你们的研究和方案相关的所有出版物。”“我们会给你提供参考资料，所以如果你需要证明什么，你可以根据文献来做出选择，而不仅仅是我们告诉你的东西。”
首席运营官Marion Denorme是一名神经科学家，此前曾是法国国家卫生与医学研究所(INSERM)的研究员，他说OmicX迄今为止已经在其网站上索引和列出了10万多页关于研究人员可获得的软件、协议和数据集的原始内容。
据德斯弗介绍，OmicX每年约有100万名用户，超过2.5万名用户，其中计算机科学家和生物学家各占一半。他说，该公司每月约有2,000名新用户。
Berenguel表示，大多数用户都是学术研究人员。大约三分之一来自欧洲，三分之一来自美洲，其余来自亚洲。他表示，美国和中国代表着两个最大的特定国家用户群体。
自2013年以来，OmicX已经筹集了450万欧元(510万美元)的资金和风险投资。消息来源包括法国诺曼底地区的一个技术vwin德赢ac米兰合作基金、欧盟的地平线2020研究和创新项目，以及瑞士的一些未指明的私人投资者。
Berenguel说，虽然目前的OmicX产品专注于搜索，但该公司也在为其索引的数据提供分析服务，并开发一个应用程序编程接口，以便第三方可以基于OmicX的数据开发自己的应用程序。
目前，OmicX主要与开放获取的论文合作，因此该公司也将探索如何对受出版商付费墙保护的文献内容进行索引。