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PetaGene将阿斯利康的交易视为基因组数据压缩软件的验证

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芝加哥- PetaGene最近扩大了其全球业务范围,并展示了其PetaSuite基因组数据压缩软件的价值,在过去一个月左右的时间里,在亚洲和其他地区签署了两份分销协议,并与一家大型制药公司合作成为客户。

本月早些时候,PetaGene宣布阿斯利康(AstraZeneca)选择PetaSuite为该制药公司的基因组研究中心压缩基因组数据集,该中心寻求在2026年之前分析200万个基因组。到目前为止,基因组学研究中心已经处理了大约20万个数据集,在这个过程中产生了超过1拍字节的数据。

总部位于英国剑桥的PetaGene表示,其PetaSuite无损压缩软件可以将存储成本和数据传输时间比BAM和gzip FASTQ文件减少60%至90%。据该公司vwin德赢ac米兰合作称,该技术与现有的生物信息学管道和存储基础设施集成,包括云平台。

全球基因组学与健康联盟表示CRAM文件格式在过去九年中储存了4pb压缩的基因组数据。首席商务官兼联合创始人Vaughan Wittorff通过电子邮件告诉GenomeWeb,在过去的12个月里,客户已经购买了足够的PetaGene服务来压缩21pb的BAM和gzip的FASTQ文件。

PetaGene希望其软件能够使阿斯利康的研究中心实现76%左右的文件无损压缩,将传输时间减少类似数量,并有效地将存储容量增加四倍。该软件供应商表示,在PetaSuite的帮助下,阿斯利康将能够在24小时内压缩超过20万份BAM文件。

PetaGene美国业务总经理、高级副总裁Michael Hultner表示,与阿斯利康的交易是PetaSuite在这种规模上的首次使用。

Hultner说:“事实证明,我们可以在这样的规模下工作,我们也可以在不中断任何正常流程或数据使用的生产环境中工作。”“这是对我们技术和产品的肯定。vwin德赢ac米兰合作我们为他们提供了显著的压缩优势。”

值得注意的是,阿斯利康获得了安全哈希算法PetaGene联合创始人兼首席执行官Dan Greenfield表示,这项技术vwin德赢ac米兰合作的256位(SHA-256)认证对PetaGene来说是一项新技术。SHA-256是一种验证协议,旨在保证数据在压缩和扩展时的完整性。

PetaGene成立于2016年4月,此前曾将PetaSuite验证为MD5算法。胡尔特纳说,SHA-256在本质上做着同样的事情,但通过不同的计算过程。

“他们想要额外的完整性检查……这样当你尝试访问文件时,你就能得到和你输入的相同的文件。他们希望在法律合规性等方面得到额外的验证。”

胡尔特纳说,阿斯利康还在亚马逊网络服务云上部署了PetaSuite,以“并行化”压缩技术。vwin德赢ac米兰合作这就是制药商每天处理这么多文件的原因。

胡尔特纳说,预计几周后会有一个关于这个装置的案例研究。

今年早些时候,该公司推出了一种加密和访问管理系统PetaSuite保护今年4月,该产品在“2019 Bio-IT World大会”上被评为“最佳展示”。PetaSuite Protect采用高级加密标准256位(AES-256)加密,使数据管理人员能够授权访问基因组数据文件的特定区域,而不是向所有用户开放整个文件。

Greenfield说,历史上,数据管理员会传输加密文件并发送解密密钥,但不知道其他人对整个文件做了什么。PetaSuite Protect有一个“透明层”,可以为文件的特定区域请求特定用途的密钥,并监控访问和使用情况。

格林菲尔德说:“数据管理员对那里的活动有完整的审计跟踪。他对这尚未成为基因组数据管理的标准做法表示失望,但他怀疑一直缺乏这项技术。vwin德赢ac米兰合作

Hultner说:“即使有人复制文件并试图在以后使用它,如果我们的库到位,数据所有者也会意识到这一点。”

格林菲尔德说,这个过程是“透明的”,这意味着拥有解密密钥的最终用户将收到一个常规的BAM文件,但有限制访问权限的人只能看到基因组的某些区域。其余部分为空白。

他说,这项技术有助于组织遵守隐私和安vwin德赢ac米兰合作全标准,包括美国的HIPAA和欧盟的通用数据保护条例(GDPR),以及符合CLIA标准。

与此同时,PetaGene继续进军其他地理市场。印度公司Genique Lifesciences9月底成为PetaGene的PetaSuite基因组数据压缩软件在印度的独家经销商。十月中旬,PetaGene命名总部位于迪拜的Alliance Global作为PetaSuite在中东、非洲、中亚以及巴基斯坦、孟加拉国和斯里兰卡等南亚国家的独家经销商。

格林菲尔德说:“对于其中一些产品,我们以前在市场上销售过,但我们意识到,最好是由分销商接管那里的客户关系,扩大销售。”

Wittorff表示,PetaGene在日本和韩国等其他地区也有业务,但正在选择独家分销商。

在财务方面,格林菲尔德表示,该公司尚未盈利,但“正在接近盈利”。

该公司去年年底完成了210万美元的融资至此,该公司获得的风险投资总额达到320万美元。PetaGene目前拥有约17名全职员工,并正在招聘。

格林菲尔德表示,管理层实际上接受的资金比投资者提出的要少,但公司希望控制其增长。

“我们正在扩张和增长,这增加了我们的成本。我们的投资者更希望我们尽可能地保持增长和扩张,尽可能地接受更多的资金。”“我们不一定这么看。”

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