纽约(基因组网)-总部位于加拿大多伦多的生物技术初创公司Ranomics正在将潜在致病变异的功能vwin德赢ac米兰合作数据商业化，这些变异尚未在临床试验中发现，但可能与疾病发展有关。
Ranomics致力于提供人类疾病基因中可能发生的所有可能变异的功能数据。不过，该公司首席执行官Cathy Tie告诉GenomeWeb，从BRCA1开始，该公司目前的目标是在未来几年里对大约20到25个常见遗传癌症基因的突变进行表征。本周，该公司推出了Ranomics Ring-Domain数据库，这是一个内部进行的2000个BRCA1潜在突变的高通量功能研究数据库。BRCA1是乳腺癌和卵巢癌中最常见的突变基因之一。这些研究评估了这些突变对模型生物(如酵母)患者的可能影响。
该公司对临床测试实验室和组学数据供应商的宣传是，功能分析为这些变异提供了强有力的实验信息，如果它们确实出现在基因测试结果中，将帮助他们更快地对它们进行分类和分类。“很多基因测试都是不确定的，因为对这些测试中分析的很多基因变异没有足够的信息，”Tie说。像ClinVar这样的数据库提供了在临床病例中出现的突变的信息，并基于临床标准进行了分类，但“有很多罕见或独特的突变是[研究人员]以前从未见过的，所以他们不知道它对人体有什么影响。”她指出，这些数据库也没有提供这些变体的功能信息
Ranomics估计，大约60%的遗传性癌症基因检测发现了没有可用基因型或表型信息的新突变。2014年，来自纪念斯隆·凯特林医院、梅奥诊所和其他机构的研究人员发起了多重检测的前瞻性注册该计划的部分目的是捕捉在下一代测序面板测试中发现的意义未知的变体的信息。
去年，Quest Diagnostics和法国Inserm成立了公司BRCA分享为临床实验室提供一个分享BRCA数据的论坛，并帮助加快对基因中罕见突变的分类。当时，GenomeWeb报道称，Inserm的通用突变数据库(Universal Mutation Database)是该实验室数据的计划归宿，包含约7200个BRCA1变体的数据，其中约1400个被归类为VUS。
另一方面，Myriad Genetics公司声称，与竞争对手相比，它的VUS率最低，在BRCA1基因中发现VUS的测试只有0.6%，根据2013年的数据．Myriad公司的专有数据库中有大约46000种基因变体，这些变体来自迄今为止对200多万名患者的检测，其中大约17000人来自BRCA1和brca2。但是，“即使我们对地球上的每个人进行测序，由于每个人的DNA不同，人们总是会有更多罕见和独特的突变，”Tie说。
功能研究可以帮助研究人员评估这些突变的影响，是预测算法和家族测试的有价值的补充。她说:“总是会出现以前从未见过的罕见或独特的突变，这就是我们的切入点。”
Tie解释说，Ranomics使用了一种基于pcr的方法来产生所有可能发生在基因特定区域每个位置的氨基酸变化。在BRCA1案例中，该公司专注于环域在乳腺癌和卵巢癌病例中，该基因的一个区域通常会发生突变。该公司用于产生突变的确切机制是专利，但Ranomics首席技术官Leo Wan通过电子邮件解释说，研究人员使用寡核苷酸引物来交换基因中每个位置的氨基酸。
下一步是将突变基因插入模型生物中，然后分析产生的表型，以确定突变是否有害。对于BRCA1突变，Ranomics的研究人员使用酵母细胞作为模型生物，并测量细胞的生长来评估功能的获得或丧失。Tie解释说，与良性突变相比，有害的基因突变会导致酵母更强的生长表型，而良性突变不会导致那么多的生长。
Ranomics的研究人员通过比较酵母试验的生长曲线和已知的良性和致病性突变的生长曲线，量化了突变的致病性。他们根据化验结果和临床生长曲线的吻合程度，对变异进行了从0到1的评分。0分意味着该变异可能是良性的，而1分意味着该变异可能是致病的。
“我们可以提供每一种可能的基因突变的数据，而不仅仅是临床突变，”她说。“我们提供了这组独特的数据，这些数据来自对这些人们从未见过的罕见或独特变体的功能研究。我们能够在实验室中生成它们，并在模型生物中测试它们，而不是等待它在真实的人身上看到，然后收集临床数据，这是其他数据库所做的。”
Tie和Wan在2014年联合创立了Ranomics——“罕见”和“基因组学”的合成词。他们在多伦多大学(University of Toronto)读书时就有了创建这家公司的想法。当时，帖雅娜是一名生物信息学专业的本科生，她正在用酵母菌试验研究人类BRCA1突变的表达，这时她遇到了万，后者正在该校分子遗传学专业攻读博士学位。
从那以后，帖木儿离开了学校，专注于Ranomics的业务发展。她是贝宝(Paypal)联合创始人彼得·蒂尔(Peter Thiel)的蒂尔奖学金(Thiel fellowship)的获得者，该项目为22岁或22岁以下的学生提供10万美元的助学金，让他们休学或辍学两年，去创业。该公司还从风险投资和投资管理公司SOSV运营的加速器项目IndieBio筹集了10万美元。该公司还从天使投资者和风险投资公司筹集了种子资金，具体金额不详。
Tie和Wan最初对基因检测领域感兴趣是在消费者时代基因检测公司23andMe由于未能解决其直接面向消费者服务的临床和分析有效性的问题，该公司与美国食品和药物管理局发生了冲突。泰告诉GenomeWeb，这家检测公司与FDA的麻烦让Ranomics的联合创始人开始思考基因检测行业面临的挑战，其中之一就是应对VUS。
到目前为止，至少有两家公司与Ranomics签署了合作协议。该公司联系了法国生物信息公司Interactive Biosoftware和总部位于纽约的SolveBio，两家公司都同意向各自平台的客户提供BRCA1数据的访问权限。交互式Biosoftware销售Alamut软件套件工具，用于分析、注释和解释遗传变异，而SolveBio提供来自公共和专有资源的精心策划的数据集，包括基因、蛋白质、代谢物、药物化合物、临床试验和不同疾病的关系。
Ranomics在基因检测市场的新方法吸引了Solve Bio首席执行官兼联合创始人马克·卡加诺维奇。“这是我所熟悉的为数不多的对人们感兴趣的基因中意义未知的变异进行这种综合性实验的模型之一，”他告诉GenomeWeb。他相信，随着测试变得更有针对性，这种模式将得到推广。“显然，临床观察可能是人们可以为不同的分类提供的最有力的证据，但如果不能获得这些类型的临床观察……实验证据是有用的，总比没有好。”
对于Interactive Biosoftware的创始人和首席执行官André Blavier来说，高通量功能分析是产生有用数据的有价值的工具，可用于更准确的临床诊断。“多年来，人们一直在研究在网上预测变异的功能影响，但这一进展非常缓慢，并不能提供非常可靠的信息，”他告诉GenomeWeb。“功能分析为临床应用提供了更有力的证据，所以这让一切都变得非常有趣。”由于Ranomics尚未公布任何数据，Blavier表示，他的公司将监测客户对Ranomics Ring Domain数据库的反应，并评估他们对在未来几个月接收该公司更多数据的兴趣。“我们想看看临床医生会怎么说，以及他们是否发现功能数据与他们自己的发现相关联，”他说。
Tie说，Ranomics确实计划在未来的某个时候公布其研究数据。该公司目前正在与美国的一些临床实验室合作，其中包括Veritas Genetics。Ranomics最近与Veritas完成了一项试点研究，对临床实验室提供的BRCA1变体进行了功能研究。Ranomics表示，该研究旨在证明在变异分类工作中功能研究的“强度和可靠性”。Veritas现在在其变异分类过程中使用Ranomics的功能数据，成为第一个这样做的临床实验室。
与此同时，该公司正在为BRCA1变体生成更多功能数据。Tie表示，该公司目前正在使用人类细胞系试验对该基因进行更多功能研究。她说，该公司还在开发另一种用于TP53功能研究的检测方法，TP53是另一种常见突变的遗传性癌症基因。
临床测试实验室可以直接从Ranomics公司的网站上购买该公司的变体数据，该公司在网站上对每个变体收费100美元。以这个价格，客户会收到一份变异报告，其中包括功能评分和建议的有关变异的致病或良性分类。Ranomics还提供批量订阅选项，根据实验室的规模和需求，价格从每年1500美元到2500美元不等。Ranomics还为那些希望将其数据包含到产品中的软件公司提供了应用程序编程接口。
这篇文章已经更新，以纠正彼得·蒂尔的名字的拼写。