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初创公司MNM Bioscience着眼于基于人工智能算法的癌症药物靶点发现

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芝加哥——波兰裔美国创业公司MNM Bioscience最初是一家生物信息学公司,负责整理数据,然后构建基于人工智能的算法,但现在它正寻求将业务拓展到肿瘤药物靶点发现。

首席执行官帕维尔·扎瓦兹基说:“我们已经意识到,如果你对数千个基因组进行非常详细的分析,你就会突然发现,现有的任何疗法都无法解决大量患者的问题。”

大约6个月前,管理层得到了他所说的“启发”,即公司可以在这个新领域开展工作,因为MNM发现约30%的三阴性乳腺癌患者的肿瘤具有独特的基因组特征。

“我们开始深入挖掘,然后我们意识到,我们认为我们知道这个特定签名的来源。这一群体有一个特别的缺陷。”虽然这些数据尚未发表,但该公司目前正在与实验室伙伴合作,以验证其在细胞系上的初步发现,这是一种反向翻译研究的形式。

扎瓦兹基说:“我认为在12或18个月内,我们将成为一家成熟的制药公司,使用我们自己的专有战略来产生靶标、验证靶标,并验证和确定使用特定药物的人群。”

临床验证正在进行中。MNM上周表示,它已经做到了收到一份欧洲之星资助80万美元目的:开发一种卵巢癌患者分层的软件工具。几天后,该公司宣布已经为其预测癌症肿瘤对包括PARP和CDK4/6抑制剂在内的化合物的治疗反应的算法提交了临时专利申请。

根据这项为期两年的拨款,该公司将与合作伙伴Macrogen Europe合作开发一种名为PARPiNDx的产品,该产品将把人工智能应用于全基因组测序数据,以发现可能对PARP抑制剂有反应的患者,以及那些对该药物家族有内在耐药性的患者。欧洲之星资助也将帮助MNM公司临床验证为PARP抑制剂开发的算法。

这项拨款仅限于卵巢癌,但扎瓦兹基说,这项技术适用于任何类型的癌症。vwin德赢ac米兰合作

MNM开发的第二个算法是评估palbociclib和其他CDK4/6抑制剂的有效性,据Zawadzki说,目前还没有人在这个领域发现任何预测生物标志物。这种算法被Zawadzki称为公司迄今为止最大的成功,已经被授权给美国一家主要的分子实验室公司,MNM根据合同禁止命名该公司的名称。

现在,MNM也在与实验室合作伙伴(Zawadzki拒绝透露公司名称)合作,以验证从全基因组测序中获得的见解,有时将其发现与实验室中基于面板的数据进行比较。

Zawadzki说,MNM决定专注于整个基因组,因为该公司希望从基因组的非编码区域获得知识。他说:“这些见解来自人们多年来一直忽视的部分。”“这实际上是一开始创办公司的动力。”

该公司于2018年从波兰波兹南的亚当·米基维奇大学(Adam Mickiewicz University)发展而来,一年前扎瓦兹基在该校成立了一个专注于DNA修复的研究小组。扎瓦兹基此前在英国牛津大学做了7年的DNA技术博士后研究员。vwin德赢ac米兰合作

在成立的头两年里,MNM专门致力于整理数据。该公司现在拥有超过5000个完整的肿瘤基因组数据集。Zawadzki说,由于MNM没有自己的分子实验室,大约一半的基因组来自开放的数据库,而其余的是由合作伙伴生成的专利基因组。

该公司最近将总部迁至马萨诸塞州的剑桥市。扎瓦兹基称波士顿地区是“生物技术的中心”,是一个非常吸引人的地方,不容忽视。他还表示,该公司目前的大多数客户都在美国和加拿大。

MNM将把工程人员留在波兰,同时在美国运营其业务开发和科学运营。

公司名称的意思是“突变不再”。“刚开始的时候,我们的想法是肿瘤充满了突变,”扎瓦兹基解释说。“当我们意识到,如果你了解这些突变,实际上,你可以把它变成对抗肿瘤的武器,所以我们认为这是一个合适的公司名称,试图了解突变的模式,并把(知识)转化为诊断工具和新的疗法。”

Zawadzki表示,联合创始人兼首席运营官Katarzyna Zawadzka在剑桥大学开发了类似的算法。该公司的第三位联合创始人,哈佛大学生物医学信息学家dominic Glodzik,利用全基因组测序数据建立了一个基于人工智能的分类器,并在一份报告中详细介绍了他的工作2017自然医学

MNM侧重于患者队列的特征。尽管该技术可以支持研究vwin德赢ac米兰合作,Zawadzki说MNM的商业案例是在诊断领域。

虽然从MNM分析中得到的见解可以为药物开发提供信息,但Zawadzki说:“使用它最直接的方法是为特定的治疗方法对患者进行实际分层。”

通过将转录组学和医学成像纳入分析,MNM已经开始将目光超越基因组学。据Zawadzki说,最终,该公司希望包括表观基因组学和甲基组学数据。

Zawadzki表示,该公司正致力于在验证后将其前两种算法投入临床实践。通过高通量筛选对其算法的初步验证应该在仲夏完成。据这位CEO说,目前MNM的开发流程中还有大约五到六种算法。

对于它的药物项目,MNM并不打算开始自己的药物研发业务,而是将与中型制药公司和合同研究机构合作。

Zawadzki说:“我们在铅的优化方面没有经验。“我们有细胞系和靶点临床前验证的经验,这就是我们打算部分在内部、部分通过CRO进行的工作。”先导优化和实际的临床研究将在合作实验室进行。

除了欧洲之星补助金,MNM基本上是基于收入的自举。扎瓦兹基说,扩大药物项目将耗资巨大。预计MNM会在目标开发起步时考虑风险投资,但不会在该公司拥有足够高质量的数据来吸引顶级投资者之前。

Zawadzki表示,该公司的目标是用brca1和2合成致命性。他说:“如果我们成功开发出一种抑制剂,我们认为我们将处于一个有利的位置,可以实际筹集资金来支持这个项目。”

作为典型的新兴生物信息公司,MNM的员工数量大约每年翻一番。扎瓦兹基说,该公司目前有近40名员工,在竞争激烈的劳动力市场上大量招聘科学和业务开发人员。

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