芝加哥(GenomeWeb) -转化基因组学研究所(TGen)成为了希望之城国家医疗中心的附属机构2016年11月，旨在开发精准医疗项目，更快地发现疾病，提高患者的生活质量和生存期。
位于加州杜阿尔特的希望之城尤其被TGen在基因组分析和生物信息学方面的专业知识所吸引。支撑该技术的是TGen总部的高性能计算中心，该中心拥有3000多个处理核和3pb的存储空间。
这种合作关系与TGen的主要使命相一致，即将实验室的发现转化为患者的治疗方法。首席信息官詹姆斯•洛伊(James Lowey)表示:“它让我们更接近护理流程和规模，而以前我们做的是精品类工作。”
这家总部位于凤凰城的研究机构实际上运行了一个混合云环境，以处理对计算能力的需求激增，但大多数数据处理都是在内部完成的。洛伊说:“如果你必须有足够大的工作量和可预测的工作量，如果你知道怎么做，你通常可以自己做，比在亚马逊上更便宜。”
在他为TGen工作的16年里，Lowey目睹并监督了高性能计算和生物医学信息学领域的大量变化，包括他负责HPC的9年。2015年底，他成为首席信息官。
“当我刚开始的时候，我认为可能有四到五种药物，你实际上可以说，‘嘿，这是需要这种药物的基因畸变，’”洛伊说。现在，有60多家。
“我最初是来制造高性能计算机的，这是我最关心的事情。随着时间的推移，我现在的角色已经演变为首席信息官，负责所有IT事务，”他回忆道。“有趣的是，现在我花了很多时间试图弄清楚如何重新把更多时间花在计算和真正的增值上。”
Lowey在上个月于佛罗里达州奥兰多举行的医疗信息与管理系统协会(HIMSS)会议上接受采访时表示，随着下一代测序技术的出现，分子数据量已经“停滞”。
两年前Illumina公司推出NovaSeq系列后，TGen又迎来了一次飞跃，该系列产品每27小时可以生成8tb的数据，促进了高性能计算基础设施的改进，以应对预期的未来需求。
Lowey说:“今天，我们做的测序量还不足以说我们需要10个这样的(NovaSeqs)。”不过，他已经建立了处理这类数据的基础设施。“我想改变这一点，我们正在与希望之城和其他一些公司的合作伙伴一起努力改变这一点。”
TGen免费与研究界分享其数据。与希望之城的合作协议规定，基因组学中心可以自由地与其他机构合作，以促进医学的总体利益。
TGen是作为Dell EMC的合作伙伴出席HIMSS的，Dell EMC是Dell Technologies的计算基础设施部门。自2009年TGen安装Isilon高性能存储技术以来，该机构一直与戴尔EMC的前身公司合作。vwin德赢ac米兰合作前EMC在2010年收购了Isilon，然后在2016年与戴尔合并。Isilon品牌名称经久不衰。
去年，TGen决定用Isilon单元取代其用于高性能计算基础设施的基于并行的Lustre文件系统，Isilon单元具有快速访问数据的闪存。“我们推动Isilon基础设施……尤其是它的性能极限，”洛伊说。
在Lowey亲自邀请戴尔科技公司创始人兼首席执行官迈克尔·戴尔(Michael Dell)参与测试后，TGen成为了Isilon F800全闪存存储节点的alpha测试员。
“flash节点的引入为我们提供了满足工作负载所需的性能，”Lowey回忆道。他说:“我们对它进行了基准测试，发现它的运行速度和Lustre系统一样快，如果不是更快的话。”“我没有一个大的团队，所以能够运行尽可能少的技术堆栈是非常可取的。”vwin德赢ac米兰合作
洛伊表示，信息学是TGen的“核心”，但IT支持方面的规模相当小。
TGen的临床测序部门为City of Hope和一些较小的医院客户进行了一些测序。自NovaSeq问世以来，实验室已经将全外显子组面板作为标准。
“vwin德赢ac米兰合作科技在进步。我们的想法是能够建立一个系统，然后我们可以更快速地迭代。问题是，我们通过测序学到的东西正在指导我们明天要做的事情，”洛伊说。
Lowey指出，Isilon对Hadoop分布式文件系统(Hadoop Distributed File System)有本地支持，这是一种在商用硬件上管理存储和处理能力的开源软件，当计算需求经常变化时，这是一个重要的考虑因素。
他说，戴尔EMC“帮助我们将测序和序列数据的处理提升到一个新的水平，我们现在希望再次这样做。最初，TGen与戴尔EMC技术合作的动机是一个成神经细胞瘤项目，但与希望之城的合作极大地扩展了该组织的工作范围vwin德赢ac米兰合作。
洛伊现在管理着一个由25名技术人员组成的团队，并与该研究所的50名左右的生物信息学家密切合作。“我们宁愿有科学家。生物信息学——我们宁愿花钱雇一群生物信息学人员，而不是那么多IT人员。”他说。信息技术已经成为一种商品，但生物信息学家的需求量仍然很大。
生物医学研究的性质也发生了变化。洛伊说:“刚开始的时候，实验室的人都穿着白大褂，拿着移液管。”“现在，他们可能穿白大褂，也可能没有，但他们随身携带笔记本电脑。所有东西都移到了在网上洛伊说。