纽约——尽管液体活检公司Biocept销售ctDNA临床分析已有数年，但本月标志着该公司首次在科学媒体上公布其专有的背景阻断PCR方法的细节或其分析和临床有效性的数据。
这一举措来得正是时候，因为Biocept希望将其业务从通过CLIA实验室进行测试扩展到提供循环肿瘤DNA检测技术vwin德赢ac米兰合作研究只使用工具其他实验室可以验证和利用。
在这项研究中在《公共科学图书馆•综合》本月早些时候，该公司的研究人员对该公司的目标选择器方法进行了详细描述，其中包括一种被该公司称为“开关阻断器”的野生型抑制方法。他们还报告了5个基因的强重复性、分析敏感性和特异性，与其他一些高灵敏度PCR方法非常接近，这些方法也在临床使用和/或作为试剂盒产品销售。
该研究数据反映了一个标准的分析验证，使用人工样本，其中一定数量的已知突变DNA被插入到野生型DNA的背景中。总的来说，该公司在这一过程中检测了3000多个样本，重点检测了三个基因中的五个“重要的和临床可操作的靶点”，这些靶点都在其提供的临床测试菜单中。
作者写道，超过600个样本被用于证明分析敏感性，研究的5个靶点- EGFR外显子19缺失、L858和T790突变、BRAF V60和KRAS G12/G13 -均证明分析敏感性为0.02%或更好。在进行的667次测试中，BRAF试验只观察到一次假阴性。
另外进行了560次测试来计算分析特异性，Biocept报告所有目标改变的分析特异性都大于99%。在完成完整的qPCR临床检测方案后，该公司在整个检测过程中出现了两次假阳性，随后进行了桑格测序和熔体曲线温度截断，该公司使用这些方法来筛选任何非特异性扩增产物。
Biocept研发副总裁兼该研究的第一作者Jason Poole本周表示:“我们希望这突显出目标选择器技术的优势。”vwin德赢ac米兰合作“一旦你有了一个优化的检测方法，它就是一个非常强大的检测方法，”他解释说。
在这项研究中，Biocept还进行了一项小型临床特异性实验，对来自健康个体的20个样本进行了每种分析。令人振奋的是，在这一组中没有检测到突变。
虽然20个对照似乎很小，但普尔认为，至少在主要是技术验证的背景下，回报是递减的，其目标是再次检查测试是否被无细胞DNA的大小限制所迷惑。
“你可能会找到一个理由，在数百名患者中进行测试。但是有20个病人，你就能很好地知道你的检测方法是否适用于细胞游离DNA的片段大小范围，也就是170个碱基对的范围。”
目前的研究没有包括任何临床有效性数据，这是作者在论文中警告的。不过，普尔和他的合著者在目前的研究中参考了其他临床表现数据——对过去几年Biocept在临床测试中的准确性提供了更间接的看法。
“对我来说，这是论文的主要部分，”普尔说。“这不是一个真正的临床验证……但对我来说，这是某种程度上的验证，证明这项测试正在发挥应有的作用。”
总体而言，该研究的作者写道:“CLIA实验室使用描述的靶选择ctDNA分析对2000多例患者样本进行检测的集体结果……与文献中发现的相应突变的患病率相比，检出率相似。”
在其他细节中，Poole和同事写道，靶向选择KRAS的检出率在Biocept的临床试验历史中为20.16%，与报道的组织KRAS突变的流行率非常吻合，在西半球，KRAS突变的流行率在20%到25%之间。
类似地，“对于BRAF V600E，频率为1 - 2%，”作者补充道，“而目标选择器BRAF检测率观察到为1.69%。”
普尔还强调，该公司已经能够在种族亚人群中收集数据，进一步证实Biocept已经成功检测到预期的突变率，因为它已经对患者进行了临床测试。
“不同背景的人会有不同水平的EGFR激活突变，”普尔解释说。“在亚洲(或拉丁美洲)，这个比例可能是35%到40%……但如果是欧洲裔美国人，这个比例可能只有10%到15%。”
普尔补充说:“由于北美，特别是美国是一个大熔炉，除非你有所有患者的种族，否则几乎不可能知道你的EGFR激活突变率会是多少。”尽管如此，根据已经完成的大型研究，“我们确实与你在北美的预期结果相吻合”。
根据Nall的说法，Biocept与一家大型制药合作伙伴达成协议，能够在拉丁美洲人群中进行大量测试是很幸运的，据此Biocept的测试被用于使那里的患者获得获得靶向治疗的资格。
在这项研究中，Poole和他的合著者将该公司使用目标选择器在墨西哥和哥伦比亚患者的12个月期间观察到的EGFR突变频率与2015年发表在《柳叶刀》杂志的一篇论文中报道的频率进行了比较胸部肿瘤学杂志其中包括数千个肿瘤组织测试的数据。
Biocept在墨西哥的EGFR激活突变率为39.87%，在哥伦比亚为26.56%，与引用研究中描述的组织流行率密切相关:墨西哥为36.7%，哥伦比亚为25%。
根据Nall的说法，Biocept决定开发和销售其目标选择器测试套件版本的部分原因是，它相信CLIA实验室的经验真正巩固了其技术的有效性，使其对在其他人手中的表现有很高的信心。vwin德赢ac米兰合作
“拥有CLIA实验室和在临床世界拥有所有这些经验的好处是，(你可以确保)在把测试交给别人之前，测试是经过压力测试的。所以现在我们有了试剂盒，我想我们都非常确信，它已经准备好在世界各地进行常规的临床使用。”
作为液体活检试剂盒供应商，Biocept将与一系列不同的公司竞争，而不是在CLIA检测市场上所面临的竞争。最类似的竞争对手包括Bio-Rad，它的液滴数字PCR (ddPCR)已经被梅奥诊所等机构用于临床液体活检检测，以及其他高灵敏度的工具，如Sysmex Inostics的beam(一种基于磁珠的数字PCR平台)和Biocartis的实时定量PCR技术Idylla。vwin德赢ac米兰合作
随着来自临床的信号表明液体活检现在可能会被广泛采用，一些不同的产品现在已经开始进行面对面的测试。一个研究今年6月例如，他们比较了smile和Idylla KRAS试剂盒，发现它们在很大程度上是一致的，尽管在低等位基因片段上存在差异，这可能具有临床意义。
上个月的另一篇论文将smile与ddPCR进行对比，显示两者之间有良好的一致性，“提示临床应用有足够的重现性”。
普尔说，到目前为止，Biocept的目标选择器测试还没有成为这种直接技术比较的一部分。vwin德赢ac米兰合作“作为最初使用液体活检的人之一，我们到目前为止的很多工作都是与组织进行比较。但现在人们开始更常规地使用(液体活检)，我认为时机已经成熟。”
普尔补充说，从其他平台比较中得出的一件有趣的事情是，在最近的头对头比较中，聚合酶链反应(PCR)检测似乎彼此非常接近，而下一代测序液体活检检测的比较有时会发现令人不安的不一致．“这是我欣赏目标选择器的原因之一，它更有深度，而不是广度，”他说。
除了一致性之外，Poole还认为用户在选择一个平台而不是另一个平台时可能会考虑其他原因。例如，在这项研究中，他和他的合作者强调Biocept方法在NGS的广度和ddPCR等工具的灵敏程度之间提供了一个中间地带。
“虽然ddPCR是一种极其敏感的方法，但它需要在一个热点区域内设计和测试每个特定的突变。例如，评估KRAS外显子2(密码子12和13)中最常见的7个突变需要进行至少7个单独的测试。每个SNV都需要输入DNA，这可能耗尽可用的样本。相比之下，一个单一的目标选择试验覆盖了相同的双密码子热点，对所有snv都具有敏感性，”该小组写道。
“这是一个很好的(中间地带)……在液滴数字PCR的单一等位基因之间，如果你有一个像KRAS这样的目标，你需要对20个不同的标记进行测试，(但)你用完了样本……与NGS相比，NGS可以测试70个基因，但没有获得所需的灵敏度。”
由于Biocept正在寻求采用其试剂盒的理由，特别是当它将菜单扩展到EGFR以外时，Nall同意，该公司内部CLIA测试的临床有效性数据也可以帮助它提高。
“作为一家小公司……我们不像大型律所那样只有一个团队致力于此。我们的临床和科学事务几乎是由同样的人做所有的工作，”Nall说。“但我希望在相对较短的时间内，我们能够在同行评议的出版物上发表这些数据，”他补充说。