纽约(基因组网)——上个月在《美国科学》杂志上发表了一项研究临床肿瘤学杂志一个国际团队的成员已经为一种新的表观遗传分析奠定了基础，它可以帮助临床医生利用尿液样本评估前列腺癌的风险——这一进步可以帮助患者避免不必要的活组织检查和其他后续程序。
这项研究中,是1月14日在网上出现的吗他描述了该团队的Epicapture(尿液中表观遗传前列腺癌试验)方法，该方法通过PCR检测6个前列腺癌相关基因(GSTP1, SFRP2, IGFBP3, IGFBP7, APC和PTGS2)的异常甲基化。
研究人员报告说，在检测所有前列腺癌、仅高级别癌和高危癌时，该测试分别达到了0.64、0.86和0.83的受试者工作特征曲线下的面积。尽管目前使用的前列腺特异性抗原检测对整体癌症的敏感性没有太大提高，但对这些不同临床分类的高危肿瘤的表现优于PSA。
都柏林大学学院遗传学和细胞生物学助理教授Antoinette Perry说JCO她在一次采访中说，她和她的同事们现在正致力于临床验证该测试，为潜在的临床应用做准备，他们正在寻找方法使该检测更容易商业化，更适用于广泛的前列腺癌筛查。
目前，分析需要在直肠指诊后采集尿液样本，这将导致前列腺物质释放到尿液中。较少涉及的抽样过程可能使检测更容易转化为临床，特别是在筛查的背景下。该集团目前还有爱尔兰企业(Enterprise Ireland)资助的第二阶段项目。
她说:“我们正寻求在另一个大型的独立患者队列中临床验证这些结果，以表明我们可以重现这些发现，可能还会查看来自患者的附加临床数据……可能会添加其他特征，如患者的年龄……但现在基本上是希望证明我们刚才所展示的，我们可以再次重现它。”
据佩里介绍，Epicapture签名的创建和验证是由胡子月基金会提供的资金催化的，该基金会将佩里与其他欧美机构的合作者联系起来，以汇集资源和样本。
佩里说:“他们有许多GAP研究，这是一项全球行动计划，第一个重点是前列腺癌生物标志物，可以区分侵袭性疾病和临床惰性疾病。”除了尿液，胡子月GAP项目还资助了研究血液和外泌体等物质，这些努力的结果也正在最终确定并发表，她补充说。
在他们的报告中，Perry和她的合著者引用了一个观察结果作为他们努力的动力，即前列腺特异性抗原(PSA)检测的广泛使用显著增加了对临床表现可能性很小的低风险癌症的检测和过度治疗。
虽然PSA的准确性已经通过结合不同蛋白质亚型的算法的发展得到了提高，但对生物标志物的不满继续转化为对预后替代品的需求，这是Epicapture背后的国际团队试图填补的。
一些公司已经提供了与Epicapture相似的临床功能的商业测试，其他一些公司表示，他们正在开发基于尿液或血液的风险分析，其他各种商业和学术成果的报告将为Epicapture团队的前进奠定基准。例如，MDx Health自2016年以来提供了一种前列腺癌风险分层尿检SelectMDx。
该公司尚未打入大部分预期市场，但它提出了各种数据去年，为了帮助说服社区相信这项测试的实用性，该测试报告称，接受者工作曲线特征下的面积为0.89。
MDx Health总裁兼首席执行官Jan Groen本周表示，该公司最近报告称，与2017年相比，2018年的SelectMDx检测增长了58%。他在一封电子邮件中写道:“自从两年多前推出这项(测试)以来，我们已经测试了3万多名患者。”
外来体诊断也销售一种基于尿液的化验方法ExoDx前列腺IntelliScore (EPI)前列腺癌检测，该检测三种外泌体RNA生物标记物，并致力于证明其临床效用并推动健康计划覆盖。
学术团队已经发表了各种改善PSA的预后，如密歇根大学的Mi前列腺评分，它结合检测血清PSA中的TMPRSS2-ERG融合和PCA3转录本，并提供高达0.78的aus来检测高级别癌症。
还有其他商业公司，比如MDNA而且先兆生物医学在过去几年里，两家公司都采取了一些行动，试图通过分析线粒体DNA变化或对循环肿瘤突变进行测序的策略进入这一领域，不过目前两家公司都没有在其网站上列出非侵入性前列腺癌检测方法。
格伦说，MDx健康认为，它报告的98%的负面预测价值SelectMDx仍然是行业领先的。
在他们的研究中，Perry和同事们开始使用Illumina微阵列分析存档组织样本中的6个基因甲基化特征，以确认相关基因的甲基化确实与前列腺癌相关，并且这种表观遗传改变随着侵袭性的增加而增加。
基于这一努力的阳性结果，研究小组随后将该特征转化为一种定量甲基化特异性PCR检测，并将其应用于一个多中心队列的约450名男性的尿液样本，该队列由PSA升高和/或升高或可疑的直肠检查提示，计划进行超声引导活检。
该小组使用319名队列成员(70%)的训练集创建了逻辑回归模型，然后评估这些模型正确预测其余30%的整体癌症、高级癌症或高危癌症的能力。
佩里和她的合作者写道:“把所有六个基因放在一起分析，[测试]的表现始终优于单个基因或它们的组合。”她补充说，研究设计的一个重要方面是，该团队决定评估检测性能，不仅是在检测前列腺癌的整体，而且在预测由泌尿科医生广泛使用的临床定义工具定义的高风险和高级别肿瘤方面。
佩里说:“格里森评分是一个很好的预后指标……但还有其他风险分层工具也在临床中使用……我们在研究中使用的是D’amico或CAPRA。”“这些工具所做的是，它们包含格里森评分，但它们也引入了其他功能。达米科使用格里森，使用PSA，然后使用疾病的临床阶段。CAPRA也做同样的事情，但它也会根据病人的年龄给出一个权重以及活检核呈阳性的百分比。
她补充说:“它们只是比只看格里森评分更有信息性或更全面一点，而且……我们想，好吧，让我们看看(我们的测试)不仅使用格里森评分，而且使用这些临床使用的风险分层工具有多好。”
对于一般的前列腺癌，Epicapture测试的AUC仅为0.64，这与PSA相比并没有真正的改善。但在检测由Gleason评分、D’amico工具和CAPRA分层定义的高级别癌症时，分别上升到0.86、0.83和0.80。
作者写道，这转化为所有三个预后终点的敏感性为0.85、0.70和0.67,NPV大于0.94。
最后，研究小组对队列中的训练集部分进行评估，以选择一个Epicapture评分分界点，该分界点将最好地告知医生是否进行前列腺活检的决定。
作者写道:“应用(产生的阈值)比PSA的肿瘤特异性提高了79%。”
总体而言，研究小组得出结论，Epicapture代表了“现有的患者分层和确定是否需要进行活检的方法的潜在改进，可检测85%的高级别肿瘤，(阴性预测值)为98%。”
此外，作者写道，由于研究队列较年轻，活组织检查是评估测试的唯一终点，考虑到一些活组织检查结果为阴性或低级别的epicapture阳性个体实际上有可能被活组织检查遗漏的侵袭性癌症，假阳性率也有可能被降低。
当前研究中的一例患者SJH149就说明了这一点，该患者的活检结果风险相对较低:“Gleason评分为6分的腺癌微小病灶”，尽管Epicapture评分为“强烈阳性”。重复的活检显示右侧核心有40%的肿瘤高度癌变。
作者写道:“这一发现可能表明，尿液中分析的肿瘤DNA的来源可能是高级别肿瘤，而原始活检中没有采样。”
对于研究中的假阴性，Perry和她的同事写道，分析表明，该检测未能检测到异常甲基化，因为这些病例的尿液中存在不足或无法检测到的前列腺细胞，这可能是由于生物学差异或样本采集方式的差异。据作者说，未来的工作可能允许在检测中加入前列腺特异性标记物，这将标记出用于分析的前列腺细胞含量不足的样本。