纽约——根据德克萨斯大学安德森癌症中心的一项新研究，掉落在癌细胞旁边的看似正常的组织可能含有大量的体细胞拷贝数变化(sCNAs)，这些变化可能与来自同一个体的肿瘤中发现的组织一致，也可能不一致。
当他们报道昨天在自然生物技术vwin德赢ac米兰合作在美国，研究人员依靠一种被称为hapLOH的算法，从癌症基因组图谱项目参与者的数千个肿瘤邻近组织或血液样本中基于阵列的SNP数据中搜索sCNAs的迹象。该分析基于父母的单倍型解析等位基因数据，结果表明，体细胞拷贝数的转移在从一个组织到另一个组织的频率和位置上可能存在显著差异，有时与附近肿瘤组织的改变同时发生。
更一般地说，这项工作“为检测、表征和比较人类组织和来自同一捐赠者的组织内的sCNAs提供了一个框架，”第一作者兼通信作者Yasminka Jakubek和她的同事写道，Yasminka Jakubek是资深作者Paul Scheet在MD Anderson癌症中心的流行病学实验室的博士后研究员。
过去的研究表明，体细胞嵌合体在血液和其他组织中非常明显，特别是在老年人的样本中。研究小组解释说，尽管特定组织中出现的体细胞变化与血癌风险的增加有关，但这种变化也与其他类型的情况有关，有时也在健康组织中发现，这使得了解它们在癌症风险中的作用变得棘手。
使用来自TCGA的hapLOH算法和Affymetrix SNP阵列数据，研究人员从超过24个癌症位点和7149个TCGA血液样本中寻找来自sCNAs的微妙的等位基因失衡，这些样本被归类为“正常出现的肿瘤邻体”或NAT。420名TCGA参与者使用NAT和血液样本进行了分析。
研究小组的分析发现，在身体27个部位的1.8%的血液样本和4.6%的NAT样本中有数百个scna。这包括研究人员用样本子集的外显子组序列数据验证的改变。
特别是头颈部鳞状细胞癌、乳腺浸润性癌或肾透明细胞癌周围的正常组织，其sCNA表现出与其他组织类型的NATs明显不同。sCNAs也出现在膀胱尿路上皮癌、肉瘤、胃腺癌和卵巢癌附近的NAT样本中，但在结肠癌附近的样本中未发现。
头颈部鳞状细胞癌患者大约四分之一的NAT带有scna，包括复发性染色体9q改变——这种改变也出现在膀胱尿路上皮癌附近的NAT中。正常血液样本包含13号染色体或20号染色体的部分缺失，而在胃腺癌邻近组织中出现20号染色体的增加。
当他们关注近4100个血液样本和800多个来自女性的NAT样本的X染色体改变时，研究人员追踪到超过36个血液样本，其中包含67个涉及X染色体的sCNAs。他们还在18个nat中发现了另外32个X染色体scna。
在某些情况下，肿瘤中发现的相同拷贝数的克隆似乎会转移到附近的组织中，这与克隆连接一致。但作者解释说，情况并非总是如此，他们指出，分析发现了“NAT组织和肿瘤组织同时从不同的亲本单倍型中获得相同的癌基因的实例。”