Ambry Genetics的研究人员发布了该公司去年秋天在其遗传性癌症检测服务中添加的靶向RNA-seq的重要验证数据，得出的结论是，获得与DNA平行的RNA剪接数据可以识别出仅用DNA检测可能会遗漏或被归类为不确定的致病变异。
十月推出，最近批准在纽约州临床实验室评估计划(CLEP)的帮助下，+RNA Insight测试了18个基因，这些基因是根据RNA可以发现或帮助更好分类的剪接变异类型的倾向而选择的，此外还有该公司现有的34个基因CancerNext DNA面板或更小的定制面板。
在这项新研究中，上周出版在NPJ精密肿瘤学研究人员对提交给该公司实验室的1000个疑似遗传性癌症综合征患者的样本使用了DNA和RNA同步测序技术，得出的结论是，与该公司之前的纯DNA管道相比，RNA的添加使诊断率提高了9.1%。
该研究的第一作者、Ambry科学家泰勒·兰德里斯本周表示:“研究结果非常有希望，让我们感到兴奋，因为这是我们第一次尝试这种特定的靶向小组方法进行RNA基因检测。”
“还有其他一些基于反射或基于整个转录组的工作流程。但这是我们第一次尝试这种并行的、可扩展的、有针对性的方法。看到它像我们希望的那样起作用是令人兴奋的。”他补充道。
在以前的回顾性研究、橱柜已经可以展示了吗在DNA剪接变异本身无法确定为致病或良性的情况下，事后进行的RNA分析可以对高达90%的不确定结果进行重新分类。基于这些数据，作者预测，前期并行RNA分析可能影响43个人中的1人。
在这项新研究中，研究人员描述了他们最初开发的18基因捕获RNA测序面板，这是+RNA洞察的基础，其中包括分析345个健康供体样本的剪接谱，以创建一个参考对照数据集，与未来临床样本的RNA剪接谱进行比较。
作为初步测试，研究小组分析了25个个体的RNA数据，这些个体之前被鉴定为具有已知的种系变异，这些种系变异会影响与遗传性乳腺癌和卵巢癌、结直肠癌易感性或遗传性弥漫性胃癌相关的基因剪接。
该小组计算了所有测试变量的百分比拼接指数(PSI)，并发现这大于控制组的平均值PSI。然后，他们使用第二个正交方法学CloneSeq验证了结果，该方法学涉及对RT-PCR产品产生的克隆转录本进行测序，发现25个阳性对照的结果在CloneSeq和+RNA Insight捕获方法之间是一致的，用于所有临床重要的剪接事件。
为了验证的主要目的，该团队随后将他们的捕获RNA-seq方法应用于临床环境，同时对1000名连续患者进行DNA分析，这些患者被转到Ambry进行临床遗传性癌症易感性检测。
在进行连续的DNA测序和RNA-seq后，总共有84人获得了阳性结果(致病或可能致病的变异分类)，研究人员预计，如果单独进行DNA测序，他们只能将这些结果返回给77人。计算结果显示，诊断率相对增加了9.1%。
虽然其他遗传性癌症检测公司是否制定了政策和管道使用RNA测序来解决不确定的DNA剪接变异，Ambry是第一家将这种测试作为预先并行过程的公司。
正如去年所描述的，RNA的添加没有额外的成本，并且不会改变Ambry现有DNA平台的典型周转时间。
这项服务也不会从本质上改变医生收到的结果的结构或性质。Ambry发言人在一封电子邮件中说，该公司仍在返回被定义为致病、可能致病、意义不明的变异、可能良性或良性的结果，并在“DNA水平上”报告它们。它只是能够将更多以前未知的结果分类到一个或另一个更明确的类别中。
在这项研究中，该公司的研究人员强调了1000名患者试点中的两个病例，他们写道，这两个病例“证明了”+RNA Insight在识别遗传性乳腺癌和卵巢癌易感性基因BRCA1的致病变异方面的“效用”。
第一个病例是一名女性，两次被诊断为乳腺癌，然后又一次被诊断为高级别乳头状浆液性卵巢癌，她在过去18年里进行了多次遗传性癌症检查，均未得出结论。
Ambry的RNA剪接谱分析发现了内含子2的帧外部分保留，这在对照组中没有检测到。对DNA的分析确定了BRCA1内含子2上游9个核苷酸的胞嘧啶到鸟嘌呤的取代，为此在网上数据预测了重大后果。
在第二个案例中，一名德系犹太血统的女性先证者在49岁时被诊断出患有乳腺癌，检测显示出外显子17的跳跃性，这在对照组中没有出现。在DNA数据中，该小组能够在外显子17下游的6个核苷酸上找到相应的BRCA1变体，预计下游效应将导致一种无功能蛋白质。
队列中其他剪接谱阳性病例包括2例ATM变异，根据RNA证据从不确定重新分类为阳性。第一种是在一名西班牙裔女性身上发现的，第二种是在一名33岁的白人女性身上发现的，她被诊断患有浸润性乳腺导管癌。
其他有趣的结果包括MUTYH基因的部分内含子7保留，在一名31岁的女性身上，没有个人癌症史。他们将剪接片段与基因外显子8上游的腺嘌呤-鸟嘌呤取代5个核苷酸联系起来，之前在Ambry实验室中发现，该剪接片段与两名严重遗传性结直肠息肉患者的创始致病性MUTYH变异p.G396D共同发生。
根据研究作者的说法，9.1%的诊断率相对增加代表了临床显著的改善，这与遗传癌症基因组学管道引入DNA拷贝数变异分析所看到的改善相匹配，如果没有超过的话。
兰德里思说，现在更精确地定义了这种影响，应该“有助于支持医疗保健提供者做出是否实施这种检测的决定。这可能是一些支持数据，帮助他们做出决定。”
为了暗示观察到的诊断改善如何反过来影响患者的预后，研究人员还写道，根据他们的计算，7例rna -seq相关检测结果呈阳性的病例中，有6例意味着需要根据当前的指导方针对医疗管理进行重大改变，“不仅是对先证者，而且对检测呈阳性的家庭成员”。
例如，BRCA1和BRCA2中的致病性变异“不仅对几种相关癌症类型的早期发现和风险降低有影响，而且有可能告知PARP抑制剂治疗的资格，”该小组写道。“同样，对于携带PMS2(致病性变异)的个体，建议早期发现和预防选择;对于携带致病性ATM变异的个体，建议增加乳腺癌监测。”
根据Ambry的说法，该公司没有跟踪这些隐含的变化是否在当前的研究中实际实施。也就是说，该公司“正在积极研究多基因小组检测对患者管理的影响，通过订购供应商进行检测前/后调查。”
随着公司继续对个体进行临床测试，Ambry应该能够进一步细化是否有特定的基因或表型亚群，其RNA面板似乎在改善致病剪接畸变的识别方面提供了最大的好处，可以解释遗传模式，并为个人及其大家庭的临床管理提供信息。
兰德里斯说:“在这项研究中，我们发现的大多数基因都是遗传性乳腺癌和卵巢癌相关的基因……因此，初步研究的结果表明，我们将在遗传性乳腺癌和卵巢癌领域看到巨大的影响。”
在一封电子邮件中，Ambry的一位发言人称+RNA战略是一个很大的区别。“在一次测试中获得DNA和RNA信息的好处已经被医学界广泛接受，[不仅是因为]提高了诊断率，而且还减少了不确定的结果。”