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巴尔的摩 - 由康奈尔大学的研究人员开发的一种新的血基无细胞DNA甲基化测序测定，他们的合作者可以早期检测或预测同种异体造血细胞移植（HCT）的主要并发症，有助于改善干细胞移植患者的护理。
开发商已经提交了与该技术相关的专利，康奈尔正在向未公开的公司许可。vwin德赢ac米兰合作
在概念上的验证学习上周发布国家科学院的诉讼程序，Iwijn de Vlaminck，康奈尔生物医学工程副教授，他的团队描述了一种测定，使用血液硫化物测序从血液中使用血液序列来同时扫描同种异体HCT后的常见并发症：移植物与宿主疾病（GVHD），感染，移植物失败和疾病复发。
此前，De Vlaminck参与了证明CFDNA作为指标的研究心那肺和肾移植排斥。这些研究的潜在原则是，当发生排斥时，移植器官的细胞和组织受到伤害，将DNA脱落到血液中。因此，通过量化供体DNA的量，研究人员可以推断移植排斥。
“这基本上是什么激发了目前的研究，”De Vlaminck说。“我们一直在思考我们可以制定抑制[在同种异体HCT]中的血液测试的方式。”
与固体器官移植不同，干细胞移植或GVHD后排斥反应，可以在受体的身体中的任何地方发生，可能影响任何组织类型，De Valaminck说。他补充说，同种异体HCT患者通常是“深度免疫抑制”，因此经常处理许多其他并发症，例如感染或移植失败。
为了检测GVHD，该团队使用浅亚硫酸氢盐全基因组测序对血液中CFDNA进行甲基化分析。“这允许我们获得有关组织类型对[CFDNA]有关的信息，因为不同的组织具有不同的甲基化型材，”De Vlaminck指出。
同时，随着Metagenomic CFDNA分析，肿瘤特异性染色体畸变的分析，以及量化施主和特异性的CFDNA比例，通过相同的测序数据分别能够分别推断感染，癌症复发和接枝衰竭。
对于他们的研究，他们在从移植前后的多个时间点，从27个同种异体HCT接受者收集的170名血液样本上的测定。他们发现源自固体组织的CFDNA可以帮助预测HCT后一个月早期GVHD的未来发病。他们还发现样品中的烧伤症，塞细胞病毒，疱疹病毒6，Epstein-Barr病毒和多马病毒的频繁存在。此外，测定有效预测接枝衰竭和疾病复发后移植。
该研究测序了Illumina序列仪上的CFDNA样品，但De Vlaminck表示该方法“将与任何测序平台兼容”。
本文是“太棒”，斯坦福大学生物工程教授斯蒂芬地震说，唐·扎克伯格BioHub网络总裁。“剪掉你的心脏和肺一件事是一件事，然后再煮一个人，”他说。“尝试抹黑你的免疫系统并给你一个新的东西是另一件事。”他指出，这篇论文有助于证明“液体活检具有巨大的数量，向有干细胞移植的人提供。”
在加入康奈尔之前，De Vlaminck在斯坦福斯坦福的Quake的实验室中是一个邮政编码，他在那里刺激了CFDNA测定以预测固体器官移植排斥。
2014年，CAREDX许可通过Quake的实验室发明的CFDNA方法来检测心脏移植抑制。同年，Caredx收购了Quake的移植诊断启动Immumetrix。
去年12月，Caredx发表了两项研究一体化肾移植排斥反应的Allomap肾脏基因表达试验的临床验证，另一个关于组合肾脏的长期性能结果，其供体衍生的CFDNA测定进行移植后排斥反应。
除了CareDx之外，NARTA还在提供基于CFDNA的测定，称为Prossiana，以检测肾脏，心脏和肺移植中的排斥。另一家公司，移植基因组学，Eurofins Scientific的一部分，一直为肾脏和肝移植拒绝提供CFDNA检测试剂盒。
尼尔逊昭，血液学恶性肿瘤院长和杜克大学医学院的细胞治疗部门表示，这项研究背后的概念是“非常出色”。他说，在目前的临床实践中，GVHD的诊断仅依赖于临床特征。例如，为了检查肠道的GVHD，可以需要内窥镜检查以及上GI或更低的GI活检。“显然，这是非常侵入的，”赵说。为了确认感染，目前的临床方法使用PCR或培养。潮气说，虽然PCR相对较快，但培养大多数细菌需要48〜72小时。此外，在大多数情况下，找出复发的方式“只是时间”。
然而，他说，研究的结果需要在更大的队列中确认。“关键问题是大型数据集会发生什么。”
De Vlaminck表示，自试点以来，他的团队已经招募了“更多患者”，并补充说“我们打算做的一件事是看更多的样本并更多地分析方法的稳健性。”
测定的另一个限制可能是缺乏参考甲基化型材。将研究中的CFDNA甲基化谱与来自特定细胞和组织类型的参考甲基化谱进行比较。“在组织水平上，我会说[参考甲基化型材]已经饱和很好，”斯坦福的地震说。“虽然在细胞类型水平上，而不是那么多。”
de Vlaminck同意，补充说“参考文献越好，我们可以提出的分析越好。”
另外，由于测定使用基于DNA的测序，因此它对RNA病毒以及缺乏参考基因组的微生物也不敏感。
De Vlaminck表示，该试验目前每种样本成本为“几百美元”，其中大部分与DNA测序的成本有关。
向前迈进，他表示，他的团队计划进一步验证该测定，以便在GVHD方面量化不同组织的参与程度，“我们在此阶段只有外观证据。”此外，他希望通过“开发进一步的生物信息学”并通过在工作流程期间进一步消除环境DNA污染来继续优化该方法。
“在这里和那里之间有很多工作，”Quake说，暗指到了测定的潜在商业化。但研究“劝告人们......我们应该做一个真正的临床试验，以验证[分析]并将其作为对人的真正诊断。”