纽约-诊断开发人员迅速制作了可以检测和区分SARS-CoV-2的Omicron变体的研究使用分析方法。美国食品和药物管理局周三宣布，它现在将接受变种基因分型检测的紧急使用授权提交，许多这些公司现在将寻求这一选择。
此前，据报道，FDA曾告诉开发人员，变异基因分型检测不会对EUA进行审查，但鉴于高传染性的Omicron变体，该机构已经调整了路线。
在周三与开发商的市政厅会议上，FDA代表说该机构将向对变异基因分型分析感兴趣的开发人员提供验证建议。
FDA发言人Jim McKinney在一封电子邮件中进一步指出:“我们欢迎来自测试开发人员的大量基因分型测试和全基因组测序测试的EUA请求。”
测序是发现和跟踪病毒变异的决定性方法，被广泛用于监测。但pcr变异的基因也可用于快速检测种群中的已知变异。变异基因分型的周转时间为几个小时，有可能对每一个covid阳性样本进行快速表征。
实验室一直在使用s基因靶失败(SGTF)来跟踪Omicron，部分原因是一些分析——比如赛默飞世尔科学的TaqPath和其他人-碰巧表现出SGTF的也有EUA，并被广泛用于诊断测试。
然而，一种新发现的被称为“隐形Omicron”的Omicron变种的亚菌株不包含导致典型SGTF的69/70缺失。尽管Omicron在两次EUA检测中也表现出n基因靶向失败(NGTF)，但FDA周三表示，使用SGTF和NGTF来明确区分Omicron是“不理想的”。
RUO套件已准备就绪
罗氏、Eurofins、Seegene、Aldatu、DiaCarta、EliTech等检测开发商和许多其他公司已经启动了用于Omicron监测的研究用变异基因分型测试。
TIB Molbiol的创始人Olfert Landt说，他的公司——罗氏诊断部门新收购的子公司——在过去10天内向120多家实验室出售了超过15万份omicron特异性检测试剂盒。他说，自2020年12月以来，该公司总共卖出了590万份PCR检测结果。
Omicron的检测使用了该公司的VirSNiP技术，并可与SARS-CoV-2诊vwin德赢ac米兰合作断检测相结合，通过在高通量检测系统中将样本分成两个反应，提供同步诊断和变体识别。
Landt说，这些检测与罗氏诊断系统一起工作，但也与其他qPCR仪器一起工作。
TIB Molbiol能够使用VirSNiP化学试剂快速推出新的检测方法，Landt指出，在过去的一年里，该公司已经开发和销售了50多种不同的检测方法。
然而，病毒的主要变异可以迅速转移，因此“VirSNiP检测的生命周期有时只有几周，”他说，并指出这一实用窗口可能“比典型的IVD注册程序短得多。”
尽管如此，从流行病学和接触者追踪的角度来看，这些检测可能“相当有用”，他说，尽管它们目前没有用于临床决策。
同样，Eurofins Technologies的IVD检测试剂盒开发子公司金标准诊断公司(Gold Standard Diagnostics，简称GSD)已经推出了一种欧米克隆特异性检测试剂盒，称为GSD NovaType Detect + Select K417N SARS-CoV-2检测试剂盒。
据GSD产品开发和创新高级总监海蒂·伯森(Heidi Bursen)说，该测试检测到病毒的N1和N2基因靶点，以及被认为是Omicron变体特有的K417N突变。
Bursen在一次采访中表示，该试剂盒仅供研究使用，并在Eurofins的全球实验室和外部客户中提供。
然而，该公司去年提交给EUA的诊断试剂盒在FDA的队列中处于劣势，所以Eurofins目前只提供其作为EUA实验室开发的测试在美国Eurofins实验室。
在监测方面，“在Omicron之前，美国的战略是直接进行测序，”Bursen说，“但现在政府有了一些兴趣……所以我们将尝试再次与美国政府接触。”
美国公共卫生实验室和一些欧洲国家一直在使用SGTF的解决方案，但布尔森说，这种方法可能会错过欧米克隆的隐形血统。
“我们的基本原理是使用一种可以用于检测Omicron的特定测试，”她说。
该团队已经对K417N突变进行了单一的检测，因此将其与SARS-CoV-2筛选检测结合到一个单管反应中。
布尔森说，根据大流行的过程，产品可能会被标记为CE IVD。
但是，“如果Omicron序列发生了变化，也许在某种程度上，用它制造CE产品就不再有意义了，”她补充说。
为此，该公司每天查询GISAID数据库，并在硅片中运行用上传的3000多个Omicron序列进行测试分析。
早在Alpha变体引起关注的时候，由于单克隆抗体的一种治疗效果较差，人们提出了变体测试的临床效用理由。奥米克隆公司目前需要3天左右的时间，等待一周进行全基因组测序并不理想。布尔森说，基于pcr的方法可能在控制传播方面具有优势，可能通过隔离患者和追踪接触者。
EliTech最近还推出了一种名为SARS-CoV-2 Extended ELITe MGB Kit的测试，通过熔体曲线分析，在单一的多重PCR中检测和区分Alpha、Beta、Gamma、Delta和Omicron变体。该公司在一份声明中表示，研究使用测试可以在公司的ELITe InGenius系统上运行，也可以在ABI 7500 FDx、QuantStudio 5和Bio-Rad CFX96上运行。
启用化学反应和工作流
还有一些开发商，如Aldatu, DiaCarta, Seegene和Qiagen已经使用独特的专有化学试剂和快速检测开发管道开发了变异基因分型检测方法。
例如，Aldatu的泛简并扩增和适应(PANDAA)化学技术就是专门用来检测频繁突变的病毒的，比如艾滋病毒而且拉沙热．
Aldatu联合创始人、首席执行官兼首席技术官伊恩·麦克劳德(Iain MacLeod)表示，PANDAA技术可以弥补引物/探针的不匹配，因此它可以检测到vwin德赢ac米兰合作SARS-CoV-2，尽管基因组发生了任何变化。
“你可以把它称为针对未知的保险单，因为你不需要在未来改变你的测试设计来补偿这些变化，”MacLeod说。
他说，使用同样的技术，Aldavwin德赢ac米兰合作tu还可以快速区分变体，该公司最近推出了PANDAA qDx SARS-CoVar变体基因分型测试试剂盒，用于研究用途。
“我们能够检测和区分12种不同的变异，”麦克劳德说，特别是通过S基因的6个突变的组合，包括K417N，在两个反应中运行的试验。麦克劳德说，使用96孔板，可以在“几个小时”内对46个样品进行表征。
该公司最初的SARS-CoV-2检测方法也得到了迅速发展，并在撒哈拉以南非洲大流行早期得到采用，该公司在那里有现有的关系。麦克劳德说，该测试也是美国首批使用的测试之一，波士顿的医院于2020年3月18日首次使用该测试。
Aldatu于去年5月提交了EUA测试，但最终在2021年3月被告知FDA拒绝审查其申请。
MacLeod说:“我们被告知，我们的自适应PCR技术——该技术确保在新vwin德赢ac米兰合作变体出现时对SARS-CoV-2进行强有力的检测——不是优先考虑的问题，而且对检测的影响‘有限’。”尽管由于PANDAA化学成分的质量，该检测不需要针对新变体进行更新。
MacLeod说，尽管如此，该公司现在正在考虑为其变体测试寻求EUA。
与此同时，它还提供其变异检测试剂盒和实验室检测服务，因为它继续致力于病毒出血热分析。
Aldatu目前还在开发一种泛冠状病毒多重检测，可以检测和区分所有已知的α和β冠状病毒，如SARS-CoV-1和CoV-2、中东呼吸综合征和引起普通感冒的冠状病毒。因此，使用该试验的泛靶标阳性结果对已知的靶标病毒也是阴性的，这将标志着某种新的东西的存在，可能是一种新病毒。疾病X，然后就可以优先排序了。
与此同时，诊断开发公司DiaCarta使用了一种名为XNA的独特化学物质，它声称可以显著提高PCR检测的特异性。
DiaCarta商业运营高级副总裁Ramanathan Vairavan表示，当Omicron被发现时，该公司已经开发了其SARS-CoV-2变体检测试剂盒，并很快指出，该试剂盒可能会通过突变N501Y、T478K和K417N的独特组合来检测Omicron。
Vairavan说，总的来说，DiaCarta的XNA合成和引物和探针的最终确定花了一周的时间，然后又花了两周的时间来优化分析，并在该公司的CLIA实验室作为LDT进行验证。
该公司变异检测的主要目标客户现在是执行监测的国家和州实验室，该公司强调，其基于pcr方法的每个样本的成本约为测序的五分之一。
但Vairavan说，如果某些疫苗对Omicron的效果较差，也可能有潜在的诊断应用。
到目前为止，“国际市场对变异检测测试有很大的兴趣，”他说。
DiaCarta目前正在为FDA提交其变体测试的EUA生成数据，并将很快提交。
Seegene还能够迅速开发出一种名为Novaplex SARS-CoV-2变种VII的检测方法，该方法能够检测到奥米克隆和隐形奥米克隆以及其他已知的变种。
据Seegene Technologies的总裁海伦·罗伯茨(Helen Roberts)说，该公司在两天内开发出了针对omicron的测试，然后在两周内用硅胶进行了验证，并通过了初步实验室分析。
她说，这种针对至少三个突变的检测的快速多重检测设计在业内是独一无二的，她指出，这些是RT-PCR检测，可以报告每个靶点的Ct值。
Seegene的营销副总裁Bruno Larida指出，Variant VII检测通过69/70缺失、E484A和N501Y突变的组合以及RdRp基因的存在来检测Omicron和隐形Omicron。
罗伯茨说，Seegene的SARS-CoV-2变体检测已经在印度尼西亚、以色列、威尔士、捷克共和国和智利“之前或代替NGS”在全国范围内展开，以筛查Omicron。
在美国，Larida说，迈阿密的心脏病实验室使用Seegene变异检测发现了第一例Omicron本地病例。
罗伯茨说，美国也有医疗系统使用Seegene测试进行反射测试和变异的流行病学追踪。她没有被授权透露这些卫生系统的名称，但她说，其中一个使用Seegene检测发现了一个疑似奥米克隆病例，大约两周后，该病例在一个州公共卫生实验室的测序中得到了确认。
罗伯茨说，变种测试缺乏补偿仍然是一个限制。然而，如果变异基因分型最终获得EUA或成为明确的临床需要，那么经济学可能会发生变化。
与此同时，Qiagen公司发言人说，Qiagen公司与biomers.net公司合作提供QIAprep&病毒RNA试剂盒，该试剂盒使用qPCR基因分型方法检测Omicron病毒变体。